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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1437 | |||||||||
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タイトル | Sindbis virus conformational changes induced by a neutralizing anti-E1 monoclonal antibody. | |||||||||
マップデータ | angel | |||||||||
試料 |
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生物種 | unidentified (未定義) / Sindbis virus (シンドビスウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Paredes AM / Hernandez R / West M / Brown DT | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2008 タイトル: Sindbis virus conformational changes induced by a neutralizing anti-E1 monoclonal antibody. 著者: Raquel Hernandez / Angel Paredes / Dennis T Brown / 要旨: A rare Sindbis virus anti-E1 neutralizing monoclonal antibody, Sin-33, was investigated to determine the mechanism of in vitro neutralization. A cryoelectron microscopic reconstruction of Sindbis ...A rare Sindbis virus anti-E1 neutralizing monoclonal antibody, Sin-33, was investigated to determine the mechanism of in vitro neutralization. A cryoelectron microscopic reconstruction of Sindbis virus (SVHR) neutralized with FAb from Sin-33 (FAb-33) revealed conformational changes on the surface of the virion at a resolution of 24 A. FAb-33 was found to bind E1 in less than 1:1 molar ratios, as shown by the absence of FAb density in the reconstruction and stoichiometric measurements using radiolabeled FAb-33, which determined that about 60 molecules of FAb-33 bound to the 240 possible sites in a single virus particle. FAb-33-neutralized virus particles became sensitive to digestion by endoproteinase Glu-C, providing further evidence of antibody-induced structural changes within the virus particle. The treatment of FAb-33-neutralized or Sin-33-neutralized SVHR with low pH did not induce the conformational rearrangements required for virus membrane-cell membrane fusion. Exposure to low pH, however, increased the amount of Sin-33 or FAb-33 that bound to the virus particles, indicating the exposure of additional epitopes. The neutralization of SVHR infection by FAb-33 or Sin-33 did not prevent the association of virus with host cells. These data are in agreement with the results of previous studies that demonstrated that specific antibodies can inactivate the infectious state of a metastable virus in vitro by the induction of conformational changes to produce an inactive structure. A model is proposed which postulates that the induction of conformational changes in the infectious state of a metastable enveloped virus may be a general mechanism of antibody inactivation of virus infectivity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1437.map.gz | 21 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1437-v30.xml emd-1437.xml | 9.4 KB 9.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1437.gif | 95.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1437 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1437 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1437_validation.pdf.gz | 254.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1437_full_validation.pdf.gz | 253.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1437_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1437 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1437 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1437.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | angel | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Sin-33 Fab treated Sindbis virus
全体 | 名称: Sin-33 Fab treated Sindbis virus |
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要素 |
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-超分子 #1000: Sin-33 Fab treated Sindbis virus
超分子 | 名称: Sin-33 Fab treated Sindbis virus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 45 MDa / 手法: STEM mass measurements Brookhaven, NY. |
-超分子 #1: Sindbis virus
超分子 | 名称: Sindbis virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 11034 / 生物種: Sindbis virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Culex (カ) / 別称: INVERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Envelope / 直径: 680 Å / T番号(三角分割数): 4 |
ウイルス殻 | Shell ID: 2 / 名称: Nucleocapsid / 直径: 400 Å / T番号(三角分割数): 4 |
-分子 #1: Fab
分子 | 名称: Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 20 mM MOPS, 100 mM NaCl |
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グリッド | 詳細: holey carbon film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 110 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: plunger / 手法: Blot holey carbon grid from behind |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 4000EX |
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温度 | 平均: 110 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 60,000 times magnification |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 16 µm / 実像数: 6 / 平均電子線量: 5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 400 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: CTF correction of each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MRC 詳細: Final map was calculated from 19 class averages using EMAN and imposing icosahedral symmetry 使用した粒子像数: 858 |
最終 2次元分類 | クラス数: 19 |