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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1434
タイトルNautilus pompilius hemocyanin: 9 A cryo-EM structure and molecular model reveal the subunit pathway and the interfaces between the 70 functional units.
マップデータThis is a map of the hemocyanin from the mollusc Nautilus pompilius. Mass correlated threshold: 0.006
試料
  • 試料: Nautilus pompilius hemocyanin
  • タンパク質・ペプチド: Nautilus pompilius hemocyanin
生物種Nautilus pompilius (オウムガイ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 9.1 Å
データ登録者Gatsogiannis C / Moeller A / Depoix F / Meissner U / Markl J
引用ジャーナル: J Mol Biol / : 2007
タイトル: Nautilus pompilius hemocyanin: 9 A cryo-EM structure and molecular model reveal the subunit pathway and the interfaces between the 70 functional units.
著者: Christos Gatsogiannis / Arne Moeller / Frank Depoix / Ulrich Meissner / Jürgen Markl /
要旨: Hemocyanins are giant extracellular oxygen carriers in the hemolymph of many molluscs. Nautilus pompilius (Cephalopoda) hemocyanin is a cylindrical decamer of a 350 kDa polypeptide subunit that in ...Hemocyanins are giant extracellular oxygen carriers in the hemolymph of many molluscs. Nautilus pompilius (Cephalopoda) hemocyanin is a cylindrical decamer of a 350 kDa polypeptide subunit that in turn is a "pearl-chain" of seven different functional units (FU-a to FU-g). Each globular FU has a binuclear copper centre that reversibly binds one O(2) molecule, and the 70-FU decamer is a highly allosteric protein. Its primary structure and an 11 A cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure have recently been determined, and the crystal structures of two related FU types are available in the databanks. However, in molluscan hemocyanin, the precise subunit pathway within the decamer, the inter-FU interfaces, and the allosteric unit are still obscure, but this knowledge is crucial to understand assembly and allosterism of these proteins. Here we present the cryo-EM structure of Nautilus hemocyanin at 9.1 A resolution (FSC(1/2-bit) criterion), and its molecular model obtained by rigid-body fitting of the individual FUs. In this model we identified the subunit dimer, the subunit pathway, and 15 types of inter-FU interface. Four interface types correspond to the association mode of the two protomers in the published Octopus FU-g crystal. Other interfaces explain previously described morphological structures such as the fenestrated wall (which shows D5 symmetry), the three horizontal wall tiers, the major and minor grooves, the anchor structure and the internal collar (which unexpectedly has C5 symmetry). Moreover, the potential calcium/magnesium and N-glycan binding sites have emerged. Many interfaces have amino acid constellations that might transfer allosteric interaction between FUs. From their topologies we propose that the prime allosteric unit is the oblique segment between major and minor groove, consisting of seven FUs from two different subunits. Thus, the 9 A structure of Nautilus hemocyanin provides fundamentally new insight into the architecture and function of molluscan hemocyanins.
履歴
登録2007年9月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2007年9月26日-
マップ公開2011年9月30日-
更新2012年10月10日-
現状2012年10月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.0055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1434.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a map of the hemocyanin from the mollusc Nautilus pompilius. Mass correlated threshold: 0.006
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 473.6 Å
1.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 473.6 Å
1.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 473.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.85 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.0055 / ムービー #1: 0.0055
最小 - 最大-0.0368309 - 0.0538236
平均 (標準偏差)0.000232174 (±0.00402936)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 473.6 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.851.851.85
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z473.600473.600473.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ10110173
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0370.0540.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nautilus pompilius hemocyanin

全体名称: Nautilus pompilius hemocyanin
要素
  • 試料: Nautilus pompilius hemocyanin
  • タンパク質・ペプチド: Nautilus pompilius hemocyanin

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超分子 #1000: Nautilus pompilius hemocyanin

超分子名称: Nautilus pompilius hemocyanin / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Nautilus pompilius hemocyanin is a decamer of a 350 kDa subunit. Each subunit is composed by 7 paralogous O2 binding functional units.
Number unique components: 1
分子量理論値: 3.5 MDa

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分子 #1: Nautilus pompilius hemocyanin

分子名称: Nautilus pompilius hemocyanin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Nautilus pompilius hemocyanin / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Nautilus pompilius (オウムガイ) / 組織: hemolymph
分子量実験値: 3.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50mM Tris-HCl, 5mM CaCl2, 5mM MgCl2, 150mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo-EM, no stain
グリッド詳細: 400 mesh copper
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 86 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: home made. Vitrification carried out in 100 percent nitrogen atmosphere
手法: Single side blotting and rapid plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率(補正後): 49000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 1.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.3 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 49000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan single-tilt cryoholder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 86 K
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.86 µm / 実像数: 63 / ビット/ピクセル: 8
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: CTFFIND3 and TRANSFER, IMAGIC 5
最終 2次元分類クラス数: 5200
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC-5 / 使用した粒子像数: 16000
詳細The particles were selected using the automatic selection program boxer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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