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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1418 | |||||||||
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タイトル | Binding of a neutralizing antibody to dengue virus alters the arrangement of surface glycoproteins | |||||||||
マップデータ | This is a map of Fab 1A1D-2 complexed with Dengue virus | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / blood microparticle / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity ...immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / blood microparticle / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / extracellular exosome / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Dengue virus 2 (デング熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Lok SM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2008 タイトル: Binding of a neutralizing antibody to dengue virus alters the arrangement of surface glycoproteins. 著者: Shee-Mei Lok / Victor Kostyuchenko / Grant E Nybakken / Heather A Holdaway / Anthony J Battisti / Soila Sukupolvi-Petty / Dagmar Sedlak / Daved H Fremont / Paul R Chipman / John T Roehrig / ...著者: Shee-Mei Lok / Victor Kostyuchenko / Grant E Nybakken / Heather A Holdaway / Anthony J Battisti / Soila Sukupolvi-Petty / Dagmar Sedlak / Daved H Fremont / Paul R Chipman / John T Roehrig / Michael S Diamond / Richard J Kuhn / Michael G Rossmann / 要旨: The monoclonal antibody 1A1D-2 has been shown to strongly neutralize dengue virus serotypes 1, 2 and 3, primarily by inhibiting attachment to host cells. A crystal structure of its antigen binding ...The monoclonal antibody 1A1D-2 has been shown to strongly neutralize dengue virus serotypes 1, 2 and 3, primarily by inhibiting attachment to host cells. A crystal structure of its antigen binding fragment (Fab) complexed with domain III of the viral envelope glycoprotein, E, showed that the epitope would be partially occluded in the known structure of the mature dengue virus. Nevertheless, antibody could bind to the virus at 37 degrees C, suggesting that the virus is in dynamic motion making hidden epitopes briefly available. A cryo-electron microscope image reconstruction of the virus:Fab complex showed large changes in the organization of the E protein that exposed the epitopes on two of the three E molecules in each of the 60 icosahedral asymmetric units of the virus. The changes in the structure of the viral surface are presumably responsible for inhibiting attachment to cells. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1418.map.gz | 59.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1418-v30.xml emd-1418.xml | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1418.gif | 118.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1418 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1418 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1418_validation.pdf.gz | 361.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1418_full_validation.pdf.gz | 361.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1418_validation.xml.gz | 6.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1418 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1418 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1418.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 89 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is a map of Fab 1A1D-2 complexed with Dengue virus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.74 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Fab Fragment of MAb 1A1D-2 complexed with Dengue 2 virus
全体 | 名称: Fab Fragment of MAb 1A1D-2 complexed with Dengue 2 virus |
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要素 |
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-超分子 #1000: Fab Fragment of MAb 1A1D-2 complexed with Dengue 2 virus
超分子 | 名称: Fab Fragment of MAb 1A1D-2 complexed with Dengue 2 virus タイプ: sample / ID: 1000 集合状態: The Fab molecule binds to two of the three E proteins in the icosahedral assymmetric unit Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: Dengue virus 2
超分子 | 名称: Dengue virus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: DENV / NCBI-ID: 11060 / 生物種: Dengue virus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: DENV |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: envelope / 直径: 240 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: Fab fragment of MAb 1A1D-2
分子 | 名称: Fab fragment of MAb 1A1D-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: 1A1D-2 / コピー数: 2 / 集合状態: heterodimer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: House mouse / 細胞: hybridoma |
分子量 | 実験値: 50 MDa / 理論値: 50 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.6 / 詳細: 12 mM Tris-HCl, 120 mM NaCl, 1 mM EDTA |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Vitrification instrument: Guillotine-style plunge freezeing device 手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine ...手法: A small vial of ethane is placed inside a larger liquid nitrogen reservoir. The grid holding a few microliters of the sample is held in place at the bottom of a plunger by the means of fine tweezers. Once the ethane in the vial is completely frozen, it needs to be slightly melted. When the liquid ethane is ready, a piece of filter paper is then pressed against the sample to blot of excess buffer, sufficient to leave a thin layer on the grid. After a predetermined time, the filter paper is removed, and the plunger is allowed to drop into the liquid ethane. Once the grid enters the liquid ethane, the sample is rapidly frozen, and the grid is transferred under liquid nitrogen to a storage box immersed liquid nitrogen for later use in the microscope. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI/PHILIPS CM200T |
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温度 | 平均: 98 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: live FFT |
詳細 | low dose |
日付 | 2007年3月21日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 平均電子線量: 24 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 51040 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.37 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.27 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: spider,XMIPP / 使用した粒子像数: 2885 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID - 0: 2 / Chain - Chain ID - 1: R / Chain - Chain ID - 2: 2 / Chain - Chain ID - 3: 9 |
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ソフトウェア | 名称: EMFIT |
詳細 | Protocol: Rigid body |
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-2r6p: |