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万見
- EMDB-1283: Molecular architecture and conformational flexibility of human RN... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1283
タイトルMolecular architecture and conformational flexibility of human RNA polymerase II.
マップデータConformation 1
試料
  • 試料: human RNA Polymerase IIRNAポリメラーゼII
  • タンパク質・ペプチド: x 12種
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 20.0 Å
データ登録者Kostek SA / Grob P / De Carlo S / Lipscomb JS / Garczarek F / Nogales E
引用ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Molecular architecture and conformational flexibility of human RNA polymerase II.
著者: Seth A Kostek / Patricia Grob / Sacha De Carlo / J Slaton Lipscomb / Florian Garczarek / Eva Nogales /
要旨: Transcription by RNA polymerase II (RNAPII) is a central process in eukaryotic gene regulation. While atomic details exist for the yeast RNAPII, characterization of the human complex lags behind, ...Transcription by RNA polymerase II (RNAPII) is a central process in eukaryotic gene regulation. While atomic details exist for the yeast RNAPII, characterization of the human complex lags behind, mostly due to the inability to obtain large quantities of purified material. Although the complexes have the same protein composition and high sequence similarity, understanding of transcription and of transcription-coupled DNA repair (TCR) in humans will require the use of human proteins in structural studies. We have used cryo-electron microscopy, image reconstruction, and variance analysis to characterize the structure and dynamics of human RNAPII (hRNAPII). Our studies show that hRNAPII in solution parallels the conformational flexibility of the yeast structures crystallized in different states but also illustrate a more extensive conformational range with potential biological significance. This hRNAPII study will serve as a structural platform to build up higher-order transcription and TCR complexes and to gain information that may be unique to the human RNAPII system.
履歴
登録2006年10月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年10月28日-
マップ公開2006年10月28日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.32
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.32
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1283.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1283.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Conformation 1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.5 Å
密度
表面レベル1: 0.126 / ムービー #1: 0.32
最小 - 最大-0.158582 - 0.587113
平均 (標準偏差)0.0115372 (±0.0722153)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-60-60-60
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 300 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.52.52.5
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z300.000300.000300.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-60-60-60
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-0.1590.5870.012

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human RNA Polymerase II

全体名称: human RNA Polymerase IIRNAポリメラーゼII
要素
  • 試料: human RNA Polymerase IIRNAポリメラーゼII
  • タンパク質・ペプチド: Rpb1POLR2A
  • タンパク質・ペプチド: Rpb2POLR2B
  • タンパク質・ペプチド: Rpb3
  • タンパク質・ペプチド: Rpb4
  • タンパク質・ペプチド: Rpb5
  • タンパク質・ペプチド: Rpb6POLR2F
  • タンパク質・ペプチド: Rpb7
  • タンパク質・ペプチド: Rpb8
  • タンパク質・ペプチド: Rpb9
  • タンパク質・ペプチド: Rpb10
  • タンパク質・ペプチド: Rpb11
  • タンパク質・ペプチド: Rpb12

+
超分子 #1000: human RNA Polymerase II

超分子名称: human RNA Polymerase II / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 12 subunit complex / Number unique components: 12
分子量実験値: 500 KDa / 理論値: 520 KDa

+
分子 #1: Rpb1

分子名称: Rpb1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 220 KDa

+
分子 #2: Rpb2

分子名称: Rpb2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 130 KDa

+
分子 #3: Rpb3

分子名称: Rpb3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 30 KDa

+
分子 #4: Rpb4

分子名称: Rpb4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 20 KDa

+
分子 #5: Rpb5

分子名称: Rpb5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 20 KDa

+
分子 #6: Rpb6

分子名称: Rpb6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 10 KDa

+
分子 #7: Rpb7

分子名称: Rpb7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 20 KDa

+
分子 #8: Rpb8

分子名称: Rpb8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 20 KDa

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分子 #9: Rpb9

分子名称: Rpb9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 10 KDa

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分子 #10: Rpb10

分子名称: Rpb10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 10 KDa

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分子 #11: Rpb11

分子名称: Rpb11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 10 KDa

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分子 #12: Rpb12

分子名称: Rpb12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: human / 細胞: HeLa / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 10 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.9 / 詳細: 200mM (NH4)2SO4, 25mM Hepes, 0.2M EDTA, 0.05% NP-40
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: cryo-negative staining in a saturated solution of ammonium molybdate neutralized to a pH of 7.2. with 10 N NaOH
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 手法: stained with ammonium molybdate before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50280 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: side entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 90 K
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.3 µm / 実像数: 19 / 平均電子線量: 17 e/Å2 / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 14

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画像解析

CTF補正詳細: each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 3406

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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