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Structural model for the mannose receptor family uncovered by electron microscopy of Endo180 and the mannose receptor.

単粒子再構成法による, 33Å分解能

ムービー

方向:

#1: 表面図(断面を密度値に従い着色), 表面レベル: 3.489813226, UCSF CHIMERAによる画像

#2: 表面図(半径に従い着色), 表面レベル: 3.489813226, UCSF CHIMERAによる画像

エントリ情報
概要
データベース名・IDEM DATA BANK (EMDB) / 1213
タイトルStructural model for the mannose receptor family uncovered by electron microscopy of Endo180 and the mannose receptor.
マンノース受容体 可溶性状態 - マウス由来
マップデータThis a 3D reconstruction of the soluble fragment of the mannose receptor
試料Soluble Form of Mouse Mannose Receptor
著者・登録者Boskovic J, Arnold JN, Stilion R, Gordon S, Sim RB, Rivera-Calzada A, Wienke D, Isacke CM, Martinez-Pomares L, Llorca O
日付登録: 2006-02-09, 付随情報の公開: 2006-04-03, マップデータの公開日: 2006-04-03, 更新日: 2011-05-26
EMDBのサイトEMDB @PDBe (EU), EMDB @RCSB (USA)
構造の表現
ムービームービーページ

#1: 表面図(断面を密度値に従い着色), 表面レベル: 3.489813226, UCSF CHIMERAによる画像

#2: 表面図(半径に従い着色), 表面レベル: 3.489813226, UCSF CHIMERAによる画像

添付画像
構造ビューア万見, PeppeRを起動 (PeppeRの解説), Volume viewer (RCSB, PDBe)
関連構造データ
類似構造
類似構造データの一覧 Omokage searchOmokageシステムについて
文献
引用 - Primary
文献J. Biol. Chem., Vol. 281, Issue 13, Page 8780-7, Year 2006
タイトルStructural model for the mannose receptor family uncovered by electron microscopy of Endo180 and the mannose receptor.
著者Jasminka Boskovic, James N Arnold, Richard Stilion, Siamon Gordon, Robert B Sim, Angel Rivera-Calzada, Dirk Wienke, Clare M Isacke, Luisa Martinez-Pomares, Oscar Llorca
Centro de Investigaciones Biológicas, Consejo Superior de Investigaciones Científicas, Ramiro de Maeztu, 9, Campus Universidad Complutense, 28040 Madrid, Spain.
キーワードEndo180, Hydrogen-Ion Concentration, Imaging, Three-Dimensional, Lectins, C-Type (chemistry), Mannose-Binding Lectins (chemistry), Microscopy, Electron, Models, Structural, Protein Conformation, Protein Structure, Tertiary, Receptors, Cell Surface (chemistry), Receptors, Mitogen (chemistry), mannose receptor
リンクDOI: 10.1074/jbc.M513277200, PubMed: 16452473
マップデータ
ファイルemd_1213.map.gz ( map file in CCP4 format, 433 KB )
投影像・断面図画像のサイズ:
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
48 pix
5.3 A/pix
= 254.4 A
48 pix
5.3 A/pix
= 254.4 A
48 pix
5.3 A/pix
= 254.4 A

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

密度
表面のレベル:1.88, 3.4898132 (ムービー #1)
最小 - 最大: -3.7008 - 9.32741
平均 (標準偏差): 1.75807e-09 (1)
データのタイプImage stored as Reals
空間群1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions484848
Origin-24-24-24
Limit232323
Spacing484848
単位格子A= B= C: 254.4 A
Alpha=beta=gamma: 90 degrees
ピクセルのサイズX= Y= Z: 5.3 A
CCP4マップヘッダ情報
modeImage stored as Reals
A/pix X/Y/Z5.35.35.3
M x/y/z484848
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z254.400254.400254.400
alpha/beta/gamma90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-96-96-96
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-24-24-24
NC/NR/NS484848
start NC,NX/NR,NY/NS,NZ
NC,NX/NR,NY/NS,NZ
D min/max/mean-3.7019.3270.000
注釈・詳細This a 3D reconstruction of the soluble fragment of the mannose receptor
添付情報
画像
画像
試料
名称Soluble Form of Mouse Mannose Receptor
オリゴマーの状態monomer
構成要素の数1
分子量(実験値)0.16MDa
分子量(理論値)0.18MDa
分子量測定の手法Gel Filtration Chromatography
構成要素 #1: タンパク質 - MR
科学的な名称Mannose Receptor
別名MR
分子量(理論値)0.16 MDa
分子量(実験値)0.18 MDa
オリゴマー状態の詳細Monomer
コピー数1
生物種の科学的名称Mus musculus

生物種の別名Mouse
NCBI taxonomy10090
詳細MR(CD206) is a member of mannose receptor family of transmembrane receptors which acts as a molecular scavenger that binds and internalises potentially harmful glycoproteins and may also mediate phagocytosis of a wide variety of microbes.
組み替え発現Yes
由来(天然)細胞器官: Supernatant
Cell Location: membrane
由来(合成)ベクター: pMH
Expression system: 293T
実験
試料調製
試料濃度0.2 mg/ml
染色Protein was adsorbed to glow-discharged carbon-coated grids and negatively stained with 2% w/v uranyl acetate
試料・支持膜の詳細400 mesh copper-rhodium grid
試料の状態particle
緩衝液詳細: 10mMTris,140mM Nacl,10 mM CaCl2
pH: 7.4
急速凍結
凍結剤NONE
撮影
顕微鏡JEOL 1230
詳細Electron microscope was JEOL JEM-120, 120kV. Specimen holder, JEOL type M: 207EM-11020. Images were colected in low-dose conditions
電子銃
電子線源TUNGSTEN HAIRPIN
加速電圧100 kV
照射モードFLOOD BEAM
レンズ
倍率公称値: 40000, 実測値: 38000
非点収差(補正)objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
球面収差(Cs・公称値)2.9 mm
撮影モードBRIGHT FIELD
試料ホルダ
ホルダEucentric
モデルOTHER
カメラ
ディテクターKODAK 4489 FILM
画像の取得
サンプリングサイズ5.3
ビット数16
スキャナOTHER
詳細Minolta Dimage Scan Multi Pro. Scan at 2400 dpi
解析
手法単粒子再構成法
3次元再構成
アルゴリズムAngular refinement
ソフトウェアEMAN
分解能33 A
分解能の評価方法FSC 0.5
詳細Angular refinement using a blob as starting reference volume
単粒子
投影像の数7322
詳細Particles were selected using boxer program from EMAN (J.Struct.Biol. (1999) 128:82-97)
仮定した対称性C1 (非対称)
原子モデルのあてはめ
モデル #0
精密化のプロトコルrigid body
精密化に使用した空間REAL
詳細Protocol: Rigid Body. Fiting was performed manually using UCSF Chimera package (J. Comput. Chem. (2004: 24, 1605-1612)
PDB-ID1DQO, 2FN2, 2MSB, 1EGI
ダウンロード
EMDBの登録データ
ヘッダ(付随情報, XML型式)emd-1213.xml (8.4 KB)
マップデータemd_1213.map.gz (216.2 KB)
画像1213.gif (39.1 KB)
FTPディレクトリftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1213
ムービー関連ファイル
ムービー #1
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.4 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.9 MB
UCSF-Chimera用 セッションファイル, 19.7 KB
ムービー #2
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.2 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.4 MB
UCSF-Chimera用 セッションファイル, 19.7 KB