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Structural model for the mannose receptor family uncovered by electron microscopy of Endo180 and the mannose receptor.

単粒子再構成法による, 33Å分解能

ムービー

方向:

#1: 表面図(断面を密度値に従い着色), 表面レベル: 3.489813226, UCSF CHIMERAによる画像

#2: 表面図(半径に従い着色), 表面レベル: 3.489813226, UCSF CHIMERAによる画像

エントリ情報
概要
データベース名・IDEM DATA BANK (EMDB) / 1213
タイトルStructural model for the mannose receptor family uncovered by electron microscopy of Endo180 and the mannose receptor.
マンノース受容体 可溶性状態 - マウス由来
マップデータThis a 3D reconstruction of the soluble fragment of the mannose receptor
試料Soluble Form of Mouse Mannose Receptor
著者・登録者Boskovic J, Arnold JN, Stilion R, Gordon S, Sim RB, Rivera-Calzada A, Wienke D, Isacke CM, Martinez-Pomares L, Llorca O
日付登録: 2006-02-09, 付随情報の公開: 2006-04-03, マップデータの公開日: 2006-04-03, 更新日: 2011-05-26
EMDBのサイトEMDB @PDBe (EU), EMDB @RCSB (USA)
構造の表現
ムービームービーページ

#1: 表面図(断面を密度値に従い着色), 表面レベル: 3.489813226, UCSF CHIMERAによる画像

#2: 表面図(半径に従い着色), 表面レベル: 3.489813226, UCSF CHIMERAによる画像

添付画像
構造ビューア万見, PeppeRを起動 (PeppeRの解説), Volume viewer (RCSB, PDBe)
関連構造データ
類似構造
類似構造データの一覧 Omokage searchOmokageシステムについて
文献
引用 - Primary
文献J. Biol. Chem., Vol. 281, Issue 13, Page 8780-7, Year 2006
タイトルStructural model for the mannose receptor family uncovered by electron microscopy of Endo180 and the mannose receptor.
著者Jasminka Boskovic, James N Arnold, Richard Stilion, Siamon Gordon, Robert B Sim, Angel Rivera-Calzada, Dirk Wienke, Clare M Isacke, Luisa Martinez-Pomares, Oscar Llorca
Centro de Investigaciones Biológicas, Consejo Superior de Investigaciones Científicas, Ramiro de Maeztu, 9, Campus Universidad Complutense, 28040 Madrid, Spain.
キーワードEndo180, Hydrogen-Ion Concentration, Imaging, Three-Dimensional, Lectins, C-Type (chemistry), Mannose-Binding Lectins (chemistry), Microscopy, Electron, Models, Structural, Protein Conformation, Protein Structure, Tertiary, Receptors, Cell Surface (chemistry), Receptors, Mitogen (chemistry), mannose receptor
リンクDOI: 10.1074/jbc.M513277200, PubMed: 16452473
マップデータ
ファイルemd_1213.map.gz ( map file in CCP4 format, 433 KB )
投影像・断面図画像のサイズ:
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
48 pix
5.3 A/pix
= 254.4 A
48 pix
5.3 A/pix
= 254.4 A
48 pix
5.3 A/pix
= 254.4 A

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

密度
表面のレベル:1.88, 3.4898132 (ムービー #1)
最小 - 最大: -3.7008 - 9.32741
平均 (標準偏差): 1.75807e-09 (1)
データのタイプImage stored as Reals
空間群1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions484848
Origin-24-24-24
Limit232323
Spacing484848
単位格子A= B= C: 254.4 A
Alpha=beta=gamma: 90 degrees
ピクセルのサイズX= Y= Z: 5.3 A
CCP4マップヘッダ情報
modeImage stored as Reals
A/pix X/Y/Z5.35.35.3
M x/y/z484848
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z254.400254.400254.400
alpha/beta/gamma90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-96-96-96
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-24-24-24
NC/NR/NS484848
start NC,NX/NR,NY/NS,NZ
NC,NX/NR,NY/NS,NZ
D min/max/mean-3.7019.3270.000
注釈・詳細This a 3D reconstruction of the soluble fragment of the mannose receptor
添付情報
画像
画像
試料
名称Soluble Form of Mouse Mannose Receptor
オリゴマーの状態monomer
構成要素の数1
分子量(実験値)0.16MDa
分子量(理論値)0.18MDa
分子量測定の手法Gel Filtration Chromatography
構成要素 #1: タンパク質 - MR
科学的な名称Mannose Receptor
別名MR
分子量(理論値)0.16 MDa
分子量(実験値)0.18 MDa
オリゴマー状態の詳細Monomer
コピー数1
生物種の科学的名称Mus musculus

生物種の別名Mouse
NCBI taxonomy10090
詳細MR(CD206) is a member of mannose receptor family of transmembrane receptors which acts as a molecular scavenger that binds and internalises potentially harmful glycoproteins and may also mediate phagocytosis of a wide variety of microbes.
組み替え発現Yes
由来(天然)細胞器官: Supernatant
Cell Location: membrane
由来(合成)ベクター: pMH
Expression system: 293T
実験
試料調製
試料濃度0.2 mg/ml
染色Protein was adsorbed to glow-discharged carbon-coated grids and negatively stained with 2% w/v uranyl acetate
試料・支持膜の詳細400 mesh copper-rhodium grid
試料の状態particle
緩衝液詳細: 10mMTris,140mM Nacl,10 mM CaCl2
pH: 7.4
急速凍結
凍結剤NONE
撮影
顕微鏡JEOL 1230
詳細Electron microscope was JEOL JEM-120, 120kV. Specimen holder, JEOL type M: 207EM-11020. Images were colected in low-dose conditions
電子銃
電子線源TUNGSTEN HAIRPIN
加速電圧100 kV
照射モードFLOOD BEAM
レンズ
倍率公称値: 40000, 実測値: 38000
非点収差(補正)objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
球面収差(Cs・公称値)2.9 mm
撮影モードBRIGHT FIELD
試料ホルダ
ホルダEucentric
モデルOTHER
カメラ
ディテクターKODAK 4489 FILM
画像の取得
#1
サンプリングサイズ5.3
ビット数16
スキャナOTHER
詳細Minolta Dimage Scan Multi Pro. Scan at 2400 dpi
解析
手法単粒子再構成法
3次元再構成
アルゴリズムAngular refinement
ソフトウェアEMAN
分解能33 A
分解能の評価方法FSC 0.5
詳細Angular refinement using a blob as starting reference volume
単粒子
投影像の数7322
詳細Particles were selected using boxer program from EMAN (J.Struct.Biol. (1999) 128:82-97)
仮定した対称性C1 (非対称)
原子モデルのあてはめ
モデル #0
精密化のプロトコルrigid body
精密化に使用した空間REAL
詳細Protocol: Rigid Body. Fiting was performed manually using UCSF Chimera package (J. Comput. Chem. (2004: 24, 1605-1612)
PDB-ID1DQO, 2FN2, 2MSB, 1EGI
ダウンロード
EMDBの登録データ
ヘッダ(付随情報, XML型式)emd-1213.xml (8.4 KB)
マップデータemd_1213.map.gz (216.2 KB)
画像1213.gif (39.1 KB)
FTPディレクトリftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1213
ムービー関連ファイル
ムービー #1
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.4 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.9 MB
UCSF-Chimera用 セッションファイル, 19.7 KB
ムービー #2
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.2 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.4 MB
UCSF-Chimera用 セッションファイル, 19.7 KB