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万見
- EMDB-1122: Visualizing tmRNA entry into a stalled ribosome. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1122
タイトルVisualizing tmRNA entry into a stalled ribosome.
マップデータthis is a ribosome consisting 70S + Psite tRNA + mRNA + EF-Tu.GDP + alanylated tmRNA + SmpB + Kirromycin + S1
試料
  • 試料: 70S-Psite tRNA - mRNA - EF-Tu.GDP - alanylated tmRNA - SmpB - Kirromycin - S1
  • 複合体: 70S Ribosomeリボソーム
  • RNA: tRNA転移RNA
  • タンパク質・ペプチド: EF-Tu
  • タンパク質・ペプチド: SmpB
  • リガンド: tmRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


TmRNA / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
SsrA-binding protein / SsrA-binding protein, conserved site / Small protein B / SmpB protein / SsrA-binding protein. / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain ...SsrA-binding protein / SsrA-binding protein, conserved site / Small protein B / SmpB protein / SsrA-binding protein. / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
SsrA-binding protein / Elongation factor Tu-A
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Valle M / Gillet R / Kaur S / Henne A / Ramakrishnan V / Frank J
引用ジャーナル: Science / 年: 2003
タイトル: Visualizing tmRNA entry into a stalled ribosome.
著者: Mikel Valle / Reynald Gillet / Sukhjit Kaur / Anke Henne / V Ramakrishnan / Joachim Frank /
要旨: Bacterial ribosomes stalled on defective messenger RNAs (mRNAs) are rescued by tmRNA, an approximately 300-nucleotide-long molecule that functions as both transfer RNA (tRNA) and mRNA. Translation ...Bacterial ribosomes stalled on defective messenger RNAs (mRNAs) are rescued by tmRNA, an approximately 300-nucleotide-long molecule that functions as both transfer RNA (tRNA) and mRNA. Translation then switches from the defective message to a short open reading frame on tmRNA that tags the defective nascent peptide chain for degradation. However, the mechanism by which tmRNA can enter and move through the ribosome is unknown. We present a cryo-electron microscopy study at approximately 13 to 15 angstroms of the entry of tmRNA into the ribosome. The structure reveals how tmRNA could move through the ribosome despite its complicated topology and also suggests roles for proteins S1 and SmpB in the function of tmRNA.
履歴
登録2005年3月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2005年4月11日-
マップ公開2005年4月11日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 42
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 42
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-1zc8
  • 表面レベル: 42
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-1zc8
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1122.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1122.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈this is a ribosome consisting 70S + Psite tRNA + mRNA + EF-Tu.GDP + alanylated tmRNA + SmpB + Kirromycin + S1
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.82 Å
密度
表面レベル1: 54.899999999999999 / ムービー #1: 42
最小 - 最大-147.485000000000014 - 313.886000000000024
平均 (標準偏差)2.87458 (±28.770199999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-70-70-70
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 394.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.822.822.82
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z394.800394.800394.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-220-220-220
NX/NY/NZ441441441
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-70-70-70
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean-147.485313.8862.875

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 70S-Psite tRNA - mRNA - EF-Tu.GDP - alanylated tmRNA - SmpB - Kir...

全体名称: 70S-Psite tRNA - mRNA - EF-Tu.GDP - alanylated tmRNA - SmpB - Kirromycin - S1
要素
  • 試料: 70S-Psite tRNA - mRNA - EF-Tu.GDP - alanylated tmRNA - SmpB - Kirromycin - S1
  • 複合体: 70S Ribosomeリボソーム
  • RNA: tRNA転移RNA
  • タンパク質・ペプチド: EF-Tu
  • タンパク質・ペプチド: SmpB
  • リガンド: tmRNA

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超分子 #1000: 70S-Psite tRNA - mRNA - EF-Tu.GDP - alanylated tmRNA - SmpB - Kir...

超分子名称: 70S-Psite tRNA - mRNA - EF-Tu.GDP - alanylated tmRNA - SmpB - Kirromycin - S1
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 5

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超分子 #1: 70S Ribosome

超分子名称: 70S Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 詳細: Thermus thermophilus / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)

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分子 #1: tRNA

分子名称: tRNA / タイプ: rna / ID: 1 / 詳細: P site / 分類: TRANSFER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)

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分子 #2: EF-Tu

分子名称: EF-Tu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)

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分子 #4: SmpB

分子名称: SmpB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)

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分子 #3: tmRNA

分子名称: tmRNA / タイプ: ligand / ID: 3 / 組換発現: No
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 25 mM Hepes-KOH pH 7.5, 30 mM NH4Cl, 7mM MgCl2, 2 mM ATP, 6 mM PEP, 10g/ml PK
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: two side blotting plunger / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.45 µm / 倍率（公称値）: 49000
試料ステージ試料ホルダー: Cryo transfer / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 93 K
日付2002年8月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 44 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / Od range: 1.2 / ビット/ピクセル: 12
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: defocus groups
最終 角度割当詳細: SPIDER definition
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 27644

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: manual
詳細Protocol: Rigid Body. The domains were separately fitted by manual docking using program O
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: cross correlation coefficient
得られたモデル

PDB-1zc8:
Coordinates of tmRNA, SmpB, EF-Tu and h44 fitted into Cryo-EM map of the 70S ribosome and tmRNA complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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