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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5294 | |||||||||
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タイトル | 3D reconstruction of frozen hydrated HIV-1 integrase dimer in complex with two Fabs. | |||||||||
マップデータ | This is 3D reconstruction of frozen hydrated HIV-1 integrase dimer in complex with 2 Fabs. | |||||||||
試料 |
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キーワード | HIV-1 integrase dimer / Fab | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu S / Avila-Sakar A / Kim J / Booth DS / Greenberg CH / Rossi A / Liao M / Alian A / Griner SL / Juge N ...Wu S / Avila-Sakar A / Kim J / Booth DS / Greenberg CH / Rossi A / Liao M / Alian A / Griner SL / Juge N / Mergel CM / Chaparro-Riggers J / Strop P / Tampe R / Edwards RH / Stroud RM / Craik CS / Cheng Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2012 タイトル: Fabs enable single particle cryoEM studies of small proteins. 著者: Shenping Wu / Agustin Avila-Sakar / JungMin Kim / David S Booth / Charles H Greenberg / Andrea Rossi / Maofu Liao / Xueming Li / Akram Alian / Sarah L Griner / Narinobu Juge / Yadong Yu / ...著者: Shenping Wu / Agustin Avila-Sakar / JungMin Kim / David S Booth / Charles H Greenberg / Andrea Rossi / Maofu Liao / Xueming Li / Akram Alian / Sarah L Griner / Narinobu Juge / Yadong Yu / Claudia M Mergel / Javier Chaparro-Riggers / Pavel Strop / Robert Tampé / Robert H Edwards / Robert M Stroud / Charles S Craik / Yifan Cheng / 要旨: In spite of its recent achievements, the technique of single particle electron cryomicroscopy (cryoEM) has not been widely used to study proteins smaller than 100 kDa, although it is a highly ...In spite of its recent achievements, the technique of single particle electron cryomicroscopy (cryoEM) has not been widely used to study proteins smaller than 100 kDa, although it is a highly desirable application of this technique. One fundamental limitation is that images of small proteins embedded in vitreous ice do not contain adequate features for accurate image alignment. We describe a general strategy to overcome this limitation by selecting a fragment antigen binding (Fab) to form a stable and rigid complex with a target protein, thus providing a defined feature for accurate image alignment. Using this approach, we determined a three-dimensional structure of an ∼65 kDa protein by single particle cryoEM. Because Fabs can be readily generated against a wide range of proteins by phage display, this approach is generally applicable to study many small proteins by single particle cryoEM. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5294.map.gz | 10.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5294-v30.xml emd-5294.xml | 11.2 KB 11.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5294_1.jpg | 20.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5294 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5294 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5294_validation.pdf.gz | 79.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5294_full_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5294_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5294 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5294 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5294.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is 3D reconstruction of frozen hydrated HIV-1 integrase dimer in complex with 2 Fabs. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HIV-1 integrase - Fab complex
全体 | 名称: HIV-1 integrase - Fab complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: HIV-1 integrase - Fab complex
超分子 | 名称: HIV-1 integrase - Fab complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 2 Fabs bind to one integrase dimer / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 160 KDa / 理論値: 160 KDa |
-分子 #1: integrase
分子 | 名称: integrase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: dimer, total molecular weight 65kDa / コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 別称: HIV-1 |
分子量 | 実験値: 32 KDa / 理論値: 32 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
グリッド | 詳細: 200 mesh Quantifoil |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2011年2月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F816 (8k x 8k) 平均電子線量: 30 e/Å2 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.1 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 80000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: CT3500 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Frealign / 使用した粒子像数: 14000 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Protocol: rigid body |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Protocol: rigid body |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |