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PDBj>EM Navigator>詳細ページ - EMDB-5275

4.4 Angstrom Cryo-EM Structure of an Enveloped Alphavirus Venezuelan Equine Encephalitis Virus

単粒子再構成法による, 4.8Å分解能

ムービー

方向:

#1: 表面図(断面を密度値に従い着色), 表面レベル: 2, UCSF CHIMERAにより作成

#2: 表面図(半径に従い着色), 表面レベル: 2, UCSF CHIMERAにより作成

#3: あてはめたモデルとの重ね合わせ, 原子モデル: PDB-3j0c, PDB-3j0g, 表面レベル: 2, UCSF CHIMERAにより作成

#4: 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル:PDB-3j0c, Jmolにより作成

#5: 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル:PDB-3j0g, Jmolにより作成

エントリ情報
概要
データベース名・IDEM DATA BANK (EMDB) / 5275
タイトル4.4 Angstrom Cryo-EM Structure of an Enveloped Alphavirus Venezuelan Equine Encephalitis Virus
マップデータThis is a portion of the original 3D density map (size 800x800x800 pixels) of Venezuelan Equine Encephalitis Virus TC-83 strain.
試料Venezuelan Equine Encephalitis Virus, TC-83 Strain
キーワードalphavirus, bioweapon, cryoEM, modeling, VEEV
著者・データ登録者Zhang R, Hryc CF, Cong Y, Liu X, Jakana J, Gorchakov R, Baker ML, Weaver SC, Chiu W
日付登録: 2011-04-15, 付随情報の公開: 2011-04-19, マップデータの公開日: 2011-08-16, 更新日: 2011-08-16
EMDBのサイトEMDB @PDBe (EU), EMDB @RCSB (USA)
構造の表現
ムービームービーページ

#1: 表面図(断面を密度値に従い着色), 表面レベル: 2, UCSF CHIMERAにより作成

#2: 表面図(半径に従い着色), 表面レベル: 2, UCSF CHIMERAにより作成

#3: あてはめたモデルとの重ね合わせ, 原子モデル: PDB-3j0c, PDB-3j0g, 表面レベル: 2, UCSF CHIMERAにより作成

#4: 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル:PDB-3j0c, Jmolにより作成

#5: 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル:PDB-3j0g, Jmolにより作成

添付画像
構造ビューア万見, PeppeRを起動 (PeppeRの解説), Volume viewer (RCSB, PDBe)
関連構造データ
関連するエントリ

PDB-3j0c

CiteFit

PDB-3j0g

CiteFit

Cite: 同じ文献を引用しているデータ

Fit: あてはめた結果として得られたモデル

類似構造 (beta)
類似構造データの一覧 Omokageシステムについて
文献
引用 - Primary
文献EMBO J., Vol. 30, Issue 18, Page 3854-63, Year 2011
タイトル4.4 Å cryo-EM structure of an enveloped alphavirus Venezuelan equine encephalitis virus.
著者Rui Zhang, Corey F Hryc, Yao Cong, Xiangan Liu, Joanita Jakana, Rodion Gorchakov, Matthew L Baker, Scott C Weaver, Wah Chiu
Graduate Program in Structural and Computational Biology and Molecular Biophysics, Baylor College of Medicine, Houston, TX, USA.
キーワードAnimals, Cryoelectron Microscopy, Encephalitis Virus, Venezuelan Equine (ultrastructure), Horses, Models, Molecular, Viral Proteins (ultrastructure), Viral Vaccines, Virion (ultrastructure), Virulence
リンクDOI: 10.1038/emboj.2011.261, PubMed: 21829169, PMC: PMC3173789
マップデータ
ファイルemd_5275.map.gz ( map file in CCP4 format, 65537 KB )
投影像・断面図画像のサイズ:
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
256 pix
1.07 A/pix
= 273.92 A
256 pix
1.07 A/pix
= 273.92 A
256 pix
1.07 A/pix
= 273.92 A

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

密度
表面のレベル:2 (by author), 2 (ムービー #1)
最小 - 最大: -4.94263 - 10.6478
平均 (標準偏差): -8.421e-09 (1)
データのタイプImage stored as Reals
空間群1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions256256256
Origin-18-108-348
Limit237147-93
Spacing256256256
単位格子A= B= C: 273.92 A
Alpha=beta=gamma: 90 degrees
ピクセルのサイズX= Y= Z: 1.07 A
CCP4マップヘッダ情報
modeImage stored as Reals
A/pix X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z273.920273.920273.920
alpha/beta/gamma90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-62-62-62
NX/NY/NZ125125125
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-108-18-348
NC/NR/NS256256256
start NC,NX/NR,NY/NS,NZ
NC,NX/NR,NY/NS,NZ
D min/max/mean-4.94310.648-0.000
注釈・詳細This is a portion of the original 3D density map (size 800x800x800 pixels) of Venezuelan Equine Encephalitis Virus TC-83 strain.
添付情報
画像
画像
試料
構成要素の数4
名称Venezuelan Equine Encephalitis Virus, TC-83 Strain
オリゴマーの状態E1-E2-E3-CP complex
分子量(理論値)52MDa
詳細The viruses were purified from infected Baby hamster kidney (BHK) cells
構成要素 #1: ウイルス - VEEV
科学的な名称Venezuelan equine encephalitis virus
別名VEEV
分子量(理論値)52 MDa
生物種の科学的名称Venezuelan equine encephalitis virus
生物種の別名VEEV
NCBI taxonomy11036
詳細The VEEV virus has 240 copies of E1, E2, and CP arranged in icosahedral symmetry
中空かNo
エンベロープを持つかYes
単離STRAIN
クラスVIRION
由来(天然)NCBI taxonomy: 9796
Host Species: Equus caballus
Host Category: VERTEBRATES
ID: 1 , 直径: 700 A, T Number: 4
実験
試料調製
試料・支持膜の詳細400 mesh Quantifoil R 1.2/1.3 copper grids
試料の状態particle
緩衝液pH: 7
急速凍結
手法2 blots, each blot 2 seconds before plunging
凍結剤ETHANE
詳細Vitrification instrument: Vitrobot
湿度100
装置FEI VITROBOT
温度100 Kelvin
撮影
顕微鏡JEOL 3200FSC
日付09-APR-2008
電子銃
電子線源FIELD EMISSION GUN
加速電圧300 kV
電子線照射量18 e/A**2
照射モードFLOOD BEAM
レンズ
倍率公称値: 100000
非点収差(補正)objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
球面収差(Cs・公称値)3.2 mm
撮影モードBRIGHT FIELD
デフォーカス400 nm - 2500 nm
エネルギーフィルタEnergy Filter: Omega Filter
試料ホルダ
ホルダEucentric
モデルJEOL 3200FSC CRYOHOLDER
温度96 K
カメラ
ディテクターGENERIC GATAN (4k x 4k)
カメラ長200
解析
手法単粒子再構成法
3次元再構成
アルゴリズムprojection matching
ソフトウェアEMAN
CTF補正Each frame
分解能4.8 A
分解能の評価方法FSC 0.5
単粒子
クラス平均像の数1000
投影像の数37000
原子モデルのあてはめ
モデル #0
詳細Protocol: Rigid Body
精密化のプロトコルrigid body
精密化に使用した空間REAL
PDB-ID3N40
あてはめた原子座標
PDB-ID
ダウンロード
EMDBの登録データ
ヘッダ(付随情報, XML型式)emd-5275.xml (8 KB)
マップデータemd_5275.map.gz (59.2 MB)
画像emd_5275_1.png (477 KB)
FTPディレクトリftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5275
ムービー関連ファイル
ムービー #1
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.5 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.9 MB
UCSF-Chimera用 セッションファイル, 26.7 KB
ムービー #2
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.4 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.9 MB
UCSF-Chimera用 セッションファイル, 26.6 KB
ムービー #3
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.7 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 5.3 MB
UCSF-Chimera用 セッションファイル, 3.4 MB
ムービー #4
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 4 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 5.5 MB
ムービー #5
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 2.8 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 3.8 MB