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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5268 | |||||||||
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タイトル | Three-dimensional structure of Dengue virus serotype 1 complexed with HMAb 14c10 Fab | |||||||||
マップデータ | cryo-EM reconstruction of a complex of Dengue serotype 1 with 14C10 antibodies | |||||||||
試料 |
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キーワード | virus / dengue / serotype 1 / mature virus / human antibody / neutralizing / serotype specific / Fab | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Dengue virus 1 (デング熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Teoh EP / Kukkaro P / Teo EW / Lim A / Tan TT / Shi PY / Yip A / Schul W / Leo S / Chan SH ...Teoh EP / Kukkaro P / Teo EW / Lim A / Tan TT / Shi PY / Yip A / Schul W / Leo S / Chan SH / Smith KGC / Ooi EE / Kemeny DM / Ng G / Ng ML / Alonso S / Fisher D / Hanson B / Lok SM / MacAry PA | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2012 タイトル: The structural basis for serotype-specific neutralization of dengue virus by a human antibody. 著者: Ee Ping Teoh / Petra Kukkaro / En Wei Teo / Angeline P C Lim / Tze Tong Tan / Andy Yip / Wouter Schul / Myint Aung / Victor A Kostyuchenko / Yee Sin Leo / Soh Ha Chan / Kenneth G C Smith / ...著者: Ee Ping Teoh / Petra Kukkaro / En Wei Teo / Angeline P C Lim / Tze Tong Tan / Andy Yip / Wouter Schul / Myint Aung / Victor A Kostyuchenko / Yee Sin Leo / Soh Ha Chan / Kenneth G C Smith / Annie Hoi Yi Chan / Gang Zou / Eng Eong Ooi / D Michael Kemeny / Grace K Tan / Jowin K W Ng / Mah Lee Ng / Sylvie Alonso / Dale Fisher / Pei-Yong Shi / Brendon J Hanson / Shee-Mei Lok / Paul A MacAry / 要旨: Dengue virus (DENV) is a mosquito-borne flavivirus that affects 2.5 billion people worldwide. There are four dengue serotypes (DENV1 to DENV4), and infection with one elicits lifelong immunity to ...Dengue virus (DENV) is a mosquito-borne flavivirus that affects 2.5 billion people worldwide. There are four dengue serotypes (DENV1 to DENV4), and infection with one elicits lifelong immunity to that serotype but offers only transient protection against the other serotypes. Identification of the protective determinants of the human antibody response to DENV is a vital requirement for the design and evaluation of future preventative therapies and treatments. Here, we describe the isolation of a neutralizing antibody from a DENV1-infected patient. The human antibody 14c10 (HM14c10) binds specifically to DENV1. HM14c10 neutralizes the virus principally by blocking virus attachment; at higher concentrations, a post-attachment step can also be inhibited. In vivo studies show that the HM14c10 antibody has antiviral activity at picomolar concentrations. A 7 Å resolution cryoelectron microscopy map of Fab fragments of HM14c10 in a complex with DENV1 shows targeting of a discontinuous epitope that spans the adjacent surface of envelope protein dimers. As found previously, a human antibody specific for the related West Nile virus binds to a similar quaternary structure, suggesting that this could be an immunodominant epitope. These findings provide a structural and molecular context for durable, serotype-specific immunity to DENV infection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5268.map.gz | 421.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-5268-v30.xml emd-5268.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5268_1.png | 412 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5268 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5268 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_5268_validation.pdf.gz | 396.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_5268_full_validation.pdf.gz | 395.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_5268_validation.xml.gz | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5268 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-5268 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5268.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 465.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo-EM reconstruction of a complex of Dengue serotype 1 with 14C10 antibodies | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Dengue virus serotype 1 with Fab fragment of human monoclonal ant...
全体 | 名称: Dengue virus serotype 1 with Fab fragment of human monoclonal antibody 14c10 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Dengue virus serotype 1 with Fab fragment of human monoclonal ant...
超分子 | 名称: Dengue virus serotype 1 with Fab fragment of human monoclonal antibody 14c10 タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 120 Fab molecules bind to one dengue virion / Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: Dengue virus 1
超分子 | 名称: Dengue virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Dengue 1 / 詳細: strain PVP 159 / NCBI-ID: 11053 / 生物種: Dengue virus 1 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Dengue 1 |
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宿主 | 生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 別称: INVERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 240 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: antibody Fab fragment
分子 | 名称: antibody Fab fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Fab / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 組織: blood / 細胞: CD22plus B cells / 細胞中の位置: secreted |
分子量 | 実験値: 50 MDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換プラスミド: pTT5 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 120 mM NaCl, 12 mM Tris-HCl, pH 8.0, 1mM EDTA |
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グリッド | 詳細: lacey carbon copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot / 手法: 1 second blotting |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 平均: 100 K |
日付 | 2010年9月27日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 341 / 平均電子線量: 16 e/Å2 / 詳細: 4k x 4k Gatan CCD / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.76 µm / 倍率(公称値): 47000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The particles were selected manually. |
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CTF補正 | 詳細: Each particle |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, MPSA / 使用した粒子像数: 2129 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: Chimera |
詳細 | Protocol: rigid body. The domains were fitted separately using Fit In Map feature in Chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation |
得られたモデル | PDB-3j05: PDB-4cau: |