+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-5132 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The reconstructed F120 amyloid fibril represents the structure of a selected subpopulation from the Abeta(1-40) fibril sample with a mean crossover distance of 120 nm. The F140 subpopulation with a mean crossover distance of 140 nm had been studied and deposited previously (EMDB accession no. 5008). | |||||||||
マップデータ | Cross-sectional density slice of the F120 amyloid fibril of 24 Angstrom thickness. F120 corresponds to a subpopulation of the Abeta(1-40) amyloid fibril sample with a mean crossover distance of 120 nm. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Alzheimer's disease / micromechanical properties / electron cryo-microscopy / amyloid fibrils | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 10.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Sachse C / Faendrich M / Grigorieff N | |||||||||
引用 | ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2010 タイトル: Nanoscale flexibility parameters of Alzheimer amyloid fibrils determined by electron cryo-microscopy. 著者: Carsten Sachse / Nikolaus Grigorieff / Marcus Fändrich / | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_5132.map.gz | 285.4 KB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-5132-v30.xml emd-5132.xml | 10.2 KB 10.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_5132_1.tif | 54.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5132 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-5132 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_5132.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 306.6 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cross-sectional density slice of the F120 amyloid fibril of 24 Angstrom thickness. F120 corresponds to a subpopulation of the Abeta(1-40) amyloid fibril sample with a mean crossover distance of 120 nm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human Abeta (1-40)
全体 | 名称: Human Abeta (1-40) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Human Abeta (1-40)
超分子 | 名称: Human Abeta (1-40) / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: helical / Number unique components: 1 |
---|---|
分子量 | 理論値: 4.33 KDa |
-分子 #1: Abeta
分子 | 名称: Abeta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Abeta / 組換発現: No / データベース: NCBI |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8.7 / 詳細: 50 mM Borate |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Blot for 7 seconds before plunging |
グリッド | 詳細: Quantifoil 400 mesh 1.3 micrometer holes |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 77.2 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Vitrification instrument: custom-built plunging apparatus. in coldroom at 277 K. 手法: Blot for 7 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
---|---|
温度 | 平均: 93 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification |
日付 | 2005年11月9日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 62 / 平均電子線量: 35 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 58333 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.9 µm / 倍率(公称値): 59000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The fibrils in the sample were selected based on their uniform width. 2. The F120 subset of limited crossover distances (110-130 nm) was chosen for the reconstruction. |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.8 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C2 (2回回転対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.1 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER |
CTF補正 | 詳細: Each particle CTFTILT |
最終 角度割当 | 詳細: one-degree sampling around helical axis, out-of-plane tilt 16 degree deviation (in 1 degree steps) |