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万見
- EMDB-5126: In vivo 70S E.coli ribosome with PSRP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5126
タイトルIn vivo 70S E.coli ribosome with PSRP1
マップデータ70S E.coli ribosome and PSRP1 in vivo
試料
  • 試料: In vivo 70S E.coli ribosome with PSRP1
  • 複合体: 70S Ribosomeリボソーム
  • リガンド: plastid specific ribosomal protein-1
キーワード70S / E.coli Ribosome / Cryo-EM PSRP1 / PSRP-1 / ribosomal protein / stress response factor.
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.1 Å
データ登録者Sharma MR / Donhofer A / Barat C / Datta P / Fucini P / Wilson DN / Agrawal RK
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2010
タイトル: PSRP1 is not a ribosomal protein, but a ribosome-binding factor that is recycled by the ribosome-recycling factor (RRF) and elongation factor G (EF-G).
著者: Manjuli R Sharma / Alexandra Dönhöfer / Chandana Barat / Viter Marquez / Partha P Datta / Paola Fucini / Daniel N Wilson / Rajendra K Agrawal /
要旨: Plastid-specific ribosomal proteins (PSRPs) have been proposed to play roles in the light-dependent regulation of chloroplast translation. Here we demonstrate that PSRP1 is not a bona fide ribosomal ...Plastid-specific ribosomal proteins (PSRPs) have been proposed to play roles in the light-dependent regulation of chloroplast translation. Here we demonstrate that PSRP1 is not a bona fide ribosomal protein, but rather a functional homologue of the Escherichia coli cold-shock protein pY. Three-dimensional Cryo-electron microscopic (Cryo-EM) reconstructions reveal that, like pY, PSRP1 binds within the intersubunit space of the 70S ribosome, at a site overlapping the positions of mRNA and A- and P-site tRNAs. PSRP1 induces conformational changes within ribosomal components that comprise several intersubunit bridges, including bridge B2a, thereby stabilizes the ribosome against dissociation. We find that the presence of PSRP1/pY lowers the binding of tRNA to the ribosome. Furthermore, similarly to tRNAs, PSRP1/pY is recycled from the ribosome by the concerted action of the ribosome-recycling factor (RRF) and elongation factor G (EF-G). These results suggest a novel function for EF-G and RRF in the post-stress return of PSRP1/pY-inactivated ribosomes to the actively translating pool.
履歴
登録2009年7月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年5月5日-
マップ公開2010年5月5日-
更新2013年5月22日-
現状2013年5月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 30
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5126_1.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5126.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈70S E.coli ribosome and PSRP1 in vivo
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.76 Å
密度
表面レベル登録者による: 30.0 / ムービー #1: 30
最小 - 最大-118.678520199999994 - 298.901794429999995
平均 (標準偏差)3.67785358 (±29.235464100000002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ130130130
Spacing130130130
セルA=B=C: 358.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.762.762.76
M x/y/z130130130
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.800358.800358.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS130130130
D min/max/mean-118.679298.9023.678

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : In vivo 70S E.coli ribosome with PSRP1

全体名称: In vivo 70S E.coli ribosome with PSRP1
要素
  • 試料: In vivo 70S E.coli ribosome with PSRP1
  • 複合体: 70S Ribosomeリボソーム
  • リガンド: plastid specific ribosomal protein-1

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超分子 #1000: In vivo 70S E.coli ribosome with PSRP1

超分子名称: In vivo 70S E.coli ribosome with PSRP1 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2
分子量実験値: 2.8 MDa / 理論値: 2.8 MDa

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超分子 #1: 70S Ribosome

超分子名称: 70S Ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: LSU 50S, SSU 30S
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 2.5 MDa / 理論値: 2.5 MDa

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分子 #1: plastid specific ribosomal protein-1

分子名称: plastid specific ribosomal protein-1 / タイプ: ligand / ID: 1 / Name.synonym: PSRP1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 別称: Spinach / Organelle: chloroplast
分子量実験値: 270 KDa / 理論値: 270 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
詳細: 20mM Hepes-KOH, 8.2mM MgCl2, 80mM NH4Cl, 4mM beta-mercaptoethanol
グリッド詳細: 300 mesh coper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Plunger / 手法: Blot for 3 seconds then plunge

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50760 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 37 / 平均電子線量: 24 e/Å2 / ビット/ピクセル: 12
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each Micrograph
最終 2次元分類クラス数: 15
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Spider / 使用した粒子像数: 18317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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