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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4806
タイトルCryoEM structure of Polytomella F-ATP synthase, focussed refinement of Fo and peripheral stalk, C2 symmetry
マップデータ
試料
  • 複合体: Polytomella F-ATP synthase, focussed refinement of Fo and peripheral stalk, C2 symmetry
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
  • リガンド: x 4種
キーワードmitochondrial ATP synthase dimer flexible coupling cryoEM / PROTON TRANSPORT (プロトンポンプ)
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / ミトコンドリア / 生体膜
類似検索 - 分子機能
ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 14 kDa protein / ASA-9: Polytomella F-ATP synthase associated subunit 9 / ASA-10: Polytomella F-ATP synthase associated subunit 10 / Mitochondrial ATP synthase subunit ASA6 / Mitochondrial ATP synthase subunit ASA8 / F-ATPase protein 6 / Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 32 kDa protein / ATP synthase associated protein ASA1
類似検索 - 構成要素
生物種Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Murphy BJ / Klusch N
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
European Molecular Biology OrganizationALTF 702 2016 ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Rotary substates of mitochondrial ATP synthase reveal the basis of flexible F-F coupling.
著者: Bonnie J Murphy / Niklas Klusch / Julian Langer / Deryck J Mills / Özkan Yildiz / Werner Kühlbrandt /
要旨: FF-adenosine triphosphate (ATP) synthases make the energy of the proton-motive force available for energy-consuming processes in the cell. We determined the single-particle cryo-electron microscopy ...FF-adenosine triphosphate (ATP) synthases make the energy of the proton-motive force available for energy-consuming processes in the cell. We determined the single-particle cryo-electron microscopy structure of active dimeric ATP synthase from mitochondria of sp. at a resolution of 2.7 to 2.8 angstroms. Separation of 13 well-defined rotary substates by three-dimensional classification provides a detailed picture of the molecular motions that accompany -ring rotation and result in ATP synthesis. Crucially, the F head rotates along with the central stalk and -ring rotor for the first ~30° of each 120° primary rotary step to facilitate flexible coupling of the stoichiometrically mismatched F and F subcomplexes. Flexibility is mediated primarily by the interdomain hinge of the conserved OSCP subunit. A conserved metal ion in the proton access channel may synchronize -ring protonation with rotation.
履歴
登録2019年4月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月3日-
マップ公開2019年7月3日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6rd5
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6rd5
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4806.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4806.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.053 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.14779738 - 0.32990515
平均 (標準偏差)-0.000017805423 (±0.0053946623)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 505.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0531.0531.053
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z505.440505.440505.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ480480480
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.1480.330-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_4806_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_4806_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Polytomella F-ATP synthase, focussed refinement of Fo and periphe...

全体名称: Polytomella F-ATP synthase, focussed refinement of Fo and peripheral stalk, C2 symmetry
要素
  • 複合体: Polytomella F-ATP synthase, focussed refinement of Fo and peripheral stalk, C2 symmetry
    • タンパク質・ペプチド: ASA-10: Polytomella F-ATP synthase associated subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase associated protein ASA1
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 32 kDa protein
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 14 kDa protein
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA6
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA8
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA9
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial ATP synthase subunit 6
  • リガンド: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Polytomella F-ATP synthase, focussed refinement of Fo and periphe...

超分子名称: Polytomella F-ATP synthase, focussed refinement of Fo and peripheral stalk, C2 symmetry
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
詳細: Generated by focussed refinement of the Fo and peripheral stalk region, with C2 symmetry applied
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)

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分子 #1: ASA-10: Polytomella F-ATP synthase associated subunit 10

分子名称: ASA-10: Polytomella F-ATP synthase associated subunit 10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 8.731866 KDa
配列文字列:
MSYSAYFAKA GFQFPAGLSA LVAGIVALNV CTGRPTKGTK EISNAEYNAT PIGYLQSPDQ HPTAFPKVPG MKDVHGSPHH HH

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分子 #2: ATP synthase associated protein ASA1

分子名称: ATP synthase associated protein ASA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 68.679906 KDa
配列文字列: MMRAAQKAKQ ELPATVLTQT RSYLAPLRSD FTEEITAPKV ASASNLVNEW NNKKQATENL MKLLQAYKDI GDAKSEPLLK NHNPRTFED RDYPVPDFRT QNLKAGDVPK FFDTVISTRA SAAIASKDKF WAGRKTEAEA ASAKASAAFP RVAVPEWKKG K TVSIENLN ...文字列:
MMRAAQKAKQ ELPATVLTQT RSYLAPLRSD FTEEITAPKV ASASNLVNEW NNKKQATENL MKLLQAYKDI GDAKSEPLLK NHNPRTFED RDYPVPDFRT QNLKAGDVPK FFDTVISTRA SAAIASKDKF WAGRKTEAEA ASAKASAAFP RVAVPEWKKG K TVSIENLN TVTDKYAAAL VPKRKLALPV LPEGVKKAVE DFAASVGQAK NASEVSELLA KSLAEKAVVT EGGKVVEGFS YV SKAVAAK VIATRRAEVH ERLLKLWAKR LLVSPELAIV PLNEFDAQLA SKFEGISPKY QELLSAVAQG NKTFAQRLNS SPA FSSFLL KREKAESEVP PSELELEAAQ KAAELEDPEV ALRTLLGPQM EALGASDLLL SEQIRVITEH RYTPDRLQYK EGMK LADKI AAQEAALKEE LKVIYGDNVD VKHFQASPRT PVQQLFDSLK NAAANKERAA KEAAAAASPY LAYAVTKKQE VQADP SNIP FDEVLYPQLS EELLELELSD IREDEIALEK AEEEELWLLT LTQQFKHIQK HFGIDLPHSV VAHMDPLLIK KIDWET TNA LEDFDITLDD MGAEDAKEQW GAENLSHHFL PLIRYRRDLA RKNGDRYGPD LVNGN

UniProtKB: ATP synthase associated protein ASA1

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分子 #3: Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 32 kDa protein

分子名称: Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 32 kDa protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 34.850363 KDa
配列文字列: MRQASRLALS IRQAGNVEAA SAVPAMTRQF SAPGSHEHHE TPLSKVMPTV VSIPRKVACL ALGATKKVVC GLASSGPSQN LVSTFANKV IVEENLVNVA EIDVPFWSYW LSSAGFTSKD AFVKFAEAVK PKVAALSTSD ITNLTVAFKR ANYYDKDLFT G IEANVSAN ...文字列:
MRQASRLALS IRQAGNVEAA SAVPAMTRQF SAPGSHEHHE TPLSKVMPTV VSIPRKVACL ALGATKKVVC GLASSGPSQN LVSTFANKV IVEENLVNVA EIDVPFWSYW LSSAGFTSKD AFVKFAEAVK PKVAALSTSD ITNLTVAFKR ANYYDKDLFT G IEANVSAN FTKFETEQLL QIVATFDAFN HSSVAFLDDV ADSITYCNHY LAPVRAGADE LATLLTYYAK NGHERADLLA TV ARGFSEV SLGKLSAAQR KDTVLSALKA FQTFGFYPES IEAVIGAALV SPAEYSAEEL KEVEAVKVAA ENALGGEFVL IQE GAHGH

UniProtKB: Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 32 kDa protein

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分子 #4: Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 14 kDa protein

分子名称: Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 14 kDa protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 14.004376 KDa
配列文字列:
MKLLPESLQQ EAATAAVVAS WVLWHLDTQL LPTIMREHKL HACWAAAAKR YNEKLFKLNP SYDRVLSLPA VSKNQVLENV FHTAPKAPV EHLEKMVSAN SKVYDALNLQ SKRVLIWQVK PALF

UniProtKB: Mitochondrial F1F0 ATP synthase associated 14 kDa protein

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分子 #5: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA6

分子名称: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 15.90429 KDa
配列文字列:
MMLRTLTRSS AVAGQAVRLF KTSAAAAEGN SVAGIIKSVN ETSGANLLSS LKTIKAQAAP IYPAAASSTG YSTQAKIALF GALSWILYR ADGQSKAHEW IVDLNLNVLQ AAWLISFSSL IPFRAVYFAF RGMAPATAST LNGLKTFSSI SL

UniProtKB: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA6

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分子 #6: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA8

分子名称: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 9.883389 KDa
配列文字列:
MVLGEVYLKD ILRTPPTGAI PANVPHPFQT SFYTYATKKL IPRHWYLLGG FTFTITLYGI LDGLRDSGKK KAYDEAIHAG KTPYTAGGH

UniProtKB: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA8

+
分子 #7: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA9

分子名称: Mitochondrial ATP synthase subunit ASA9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 11.001712 KDa
配列文字列:
MAVTSFLGKA FEKYFYDFSA YEQFGLNRFL SSKGQYVALR HVGFVMVGVN VLLAANFPFN PPFPTIGMCP AGWEGTWVCQ ADKAKALEM YKEWKKSN

+
分子 #8: Mitochondrial ATP synthase subunit 6

分子名称: Mitochondrial ATP synthase subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 34.802344 KDa
配列文字列: MSVLSSVSMG SRIGSSLLGR SSAYLAQCGF STRSNLNGSI DTSSSVFQAL SSDNENKPAA SPLNVKLPGM SCSSILLPKT SRIAVPFGN QTMAMSSVRD VKTGSLPTNF LTGVYRFWRS QNPAEKPHDP VNDRLLPAVV DASDKRASIG TWATTFFCTI I SCNLLGLM ...文字列:
MSVLSSVSMG SRIGSSLLGR SSAYLAQCGF STRSNLNGSI DTSSSVFQAL SSDNENKPAA SPLNVKLPGM SCSSILLPKT SRIAVPFGN QTMAMSSVRD VKTGSLPTNF LTGVYRFWRS QNPAEKPHDP VNDRLLPAVV DASDKRASIG TWATTFFCTI I SCNLLGLM PFNEAPTSGL GFATGLGVSV WATATILGLS KTGFKFPGHF IPGGTPWPMA FIFVPLETIS YTFRAVSLGV RL WVNMLAG HTLLHILTGM ALALPFSLGF FSMVPATFGV CCLLSALVGL EYLVAVLQSG VFSILSTVYV GEFNHDKFIG PAA KIVKKI H

UniProtKB: F-ATPase protein 6

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分子 #9: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY...

分子名称: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 11 / 式: PEV
分子量理論値: 720.012 Da
Chemical component information

ChemComp-PEV:
(1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / POPE, リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

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分子 #10: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 8 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

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分子 #11: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #12: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 55 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.4 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3840 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3712 pixel / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 735197
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.69 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 388670
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6rd5:
CryoEM structure of Polytomella F-ATP synthase, focussed refinement of Fo and peripheral stalk, C2 symmetry

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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