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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3izy | ||||||
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タイトル | Mammalian mitochondrial translation initiation factor 2 | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA (リボ核酸) / RIBOSOMAL PROTEIN / translation initiation factor 2 / IF2 / E coli | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial translational initiation / translation factor activity, RNA binding / ribosome disassembly / ribosomal small subunit binding / translation initiation factor activity / ミトコンドリアマトリックス / GTPase activity / GTP binding / ミトコンドリア / 核質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.8 Å | ||||||
データ登録者 | Yassin, A.S. / Haque, E. / Datta, P.P. / Elmore, K. / Banavali, N.K. / Spremulli, L.L. / Agrawal, R.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2011 タイトル: Insertion domain within mammalian mitochondrial translation initiation factor 2 serves the role of eubacterial initiation factor 1. 著者: Aymen S Yassin / Md Emdadul Haque / Partha P Datta / Kevin Elmore / Nilesh K Banavali / Linda L Spremulli / Rajendra K Agrawal / 要旨: Mitochondria have their own translational machineries for the synthesis of thirteen polypeptide chains that are components of the complexes that participate in the process of oxidative ...Mitochondria have their own translational machineries for the synthesis of thirteen polypeptide chains that are components of the complexes that participate in the process of oxidative phosphorylation (or ATP generation). Translation initiation in mammalian mitochondria requires two initiation factors, IF2(mt) and IF3(mt), instead of the three that are present in eubacteria. The mammalian IF2(mt) possesses a unique 37 amino acid insertion domain, which is known to be important for the formation of the translation initiation complex. We have obtained a three-dimensional cryoelectron microscopic map of the mammalian IF2(mt) in complex with initiator fMet-tRNA(iMet) and the eubacterial ribosome. We find that the 37 amino acid insertion domain interacts with the same binding site on the ribosome that would be occupied by the eubacterial initiation factor IF1, which is absent in mitochondria. Our finding suggests that the insertion domain of IF2(mt) mimics the function of eubacterial IF1, by blocking the ribosomal aminoacyl-tRNA binding site (A site) at the initiation step. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3izy.cif.gz | 142 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3izy.ent.gz | 102.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3izy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/3izy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iz/3izy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 24518.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 59602.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P46198 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Mammalian mitochondrial translation initiation factor 2 interaction with tRNA タイプ: RIBOSOME |
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緩衝液 | 詳細: 0.5mM GDPNP, 50mM Tris-HCl pH 7.6, 5mM MgCl2, 80mM KCl, 1mM dithiothreitol |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 50000 X / 倍率(補正後): 50760 X |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM |
-解析
EMソフトウェア | 名称: SPIDER / カテゴリ: 3次元再構成 | ||||||||||||
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CTF補正 | 詳細: Every Micrograph | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Back Projection / 解像度: 10.8 Å / 粒子像の数: 121742 / ピクセルサイズ(実測値): 2.76 Å / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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