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CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2

単粒子 (正20面体対称) 再構成法による, 9Å分解能

ムービー

方向:

#1: 登録構造単位, Jmolにより作成

#2: EMマップデータ( EMDB-1563 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolにより作成

エントリ情報
概要
データベース名・IDPORTEIN DATA BANK (PDB) / 3epf
タイトルCryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2
2型ポリオウイルスに結合した ポリオウイルス受容体
記述子Poliovirus receptor
Protein VP1
Protein VP2
Protein VP4
Protein VP3
キーワードVIRAL PROTEIN, CD155 structure Immunoglobulin Superfamily, poliovirus capsid jelly role, Cell adhesion, Cell membrane, Glycoprotein, Host-virus interaction, Immunoglobulin domain, Membrane, Receptor, Secreted, Transmembrane
著者・データ登録者Zhang, P., Mueller, S., Morais, M.C., Bator, C.M., Bowman, V.D., Hafenstein, S., Wimmer, E., Rossmann, M.G.
日付登録: 2008-09-29, 公開: 2008-11-11
PDBj Mine pagesSummary, Structural Details, Experimental Details, Functional Details
その他のデータベースRCSB-PDB, PDBe, CATH, CE, FSSP, SCOP, VAST
構造の表現
ムービームービーページ

#1: 登録構造単位, Jmolにより作成

#2: EMマップデータ( EMDB-1563 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolにより作成

構造ビューア万見, jV4, Jmol, 生物学的単位 (画像, jV)
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CiteFit

Cite: 同じ文献を引用しているデータ

Fit: あてはめのターゲットとして利用したマップ

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文献
引用 - primary
文献Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., Vol. 105, Issue 47, Page 18284-9, Year 2008
タイトルCrystal structure of CD155 and electron microscopic studies of its complexes with polioviruses.
著者Ping Zhang, Steffen Mueller, Marc C Morais, Carol M Bator, Valorie D Bowman, Susan Hafenstein, Eckard Wimmer, Michael G Rossmann
Department of Biological Sciences, Purdue University, 915 West State Street, West Lafayette, IN 47907-2054, USA.
キーワードAmino Acid Sequence, Cell Fusion, Cryoelectron Microscopy, Crystallography, X-Ray, HeLa Cells, Humans, Models, Molecular, Molecular Sequence Data, Mutagenesis, Poliovirus (physiology), Protein Conformation, Receptors, Virus (chemistry), poliovirus receptor
リンクDOI: 10.1073/pnas.0807848105, PubMed: 19011098, PMC: PMC2587566
構成要素
ID 1 : Nectin-like protein 5, Necl-5
画像
ID1
分子量23330.672 Da
説明Poliovirus receptor
フラグメントPoliovirus receptor CD155 D1D2
変異N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a genetically manipulated source
遺伝子: human, PVR, PVS, ID:9606, Homo sapiens
ホスト: ID:562, Escherichia coli

リンクUniProt: P15151, Sequence view
ID 2 : Protein VP1
画像
ID2
分子量30734.809 Da
説明Protein VP1
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a genetically manipulated source
遺伝子: ID:12084, Poliovirus type 2
ホスト: ID:562, Escherichia coli
リンクUniProt: P06210, Sequence view
ID 3 : Protein VP2
画像
ID3
分子量29046.006 Da
説明Protein VP2
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a genetically manipulated source
遺伝子: ID:12084, Poliovirus type 2
ホスト: ID:562, Escherichia coli
リンクUniProt: P06210, Sequence view
ID 4 : Protein VP4
画像
ID4
分子量7347.032 Da
説明Protein VP4
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a genetically manipulated source
遺伝子: ID:12084, Poliovirus type 2
ホスト: ID:562, Escherichia coli
リンクUniProt: P06210, Sequence view
ID 5 : Protein VP3
画像
ID5
分子量26115.982 Da
説明Protein VP3
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a genetically manipulated source
遺伝子: ID:12084, Poliovirus type 2
ホスト: ID:562, Escherichia coli
リンクUniProt: P06210, Sequence view
ID 6 : 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE
画像
ID6
分子量423.723 Da
説明1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE
分子の数1
タイプnon-polymer
由来手法: Obtained synthetically
ID 7 : MYRISTIC ACID
画像
ID7
分子量228.374 Da
説明MYRISTIC ACID
分子の数1
タイプnon-polymer
由来手法: Obtained synthetically
ID 8 : water
画像
ID8
分子量18.015 Da
説明water
分子の数271
タイプwater
由来手法: Isolated from a natural source
試料
実験
手法ELECTRON MICROSCOPY
電子顕微鏡
解析
投影像の選択・粒子像の拾い上げ
ソフトウェアEMfit
3次元再構成
ピクセルサイズ(実際の値)2.66 A/pix
ピクセルサイズ(公称値)2.69 A/pix
分解能9.0 A
3次元あてはめ
精密化に使用した空間REAL
ソフトウェアEMfit
精密化
Cycle idLAST
Refine idELECTRON MICROSCOPY
溶媒原子271
合計8461
リガンド原子38
タンパク質原子8152
ダウンロード
PDB形式
すべてpdb3epf.ent.gz
pdb3epf.ent (非圧縮ファイル)
ヘッダのみpdb3epf.ent.gz
mmcif形式
mmCIF3epf.cif.gz
XML形式
すべて3epf.xml.gz
No-atom3epf-noatom.xml.gz
Ext-atom3epf-extatom.xml.gz
ムービー関連ファイル
ムービー #1
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 2.5 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 3.4 MB
ムービー #2
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.1 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.1 MB