PDB-3epf: 2型ポリオウイルスに結合したポリオウイルス受容体

エントリ情報
概要
データベース名・ID	PORTEIN DATA BANK (PDB) / 3epf
タイトル	CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2 2型ポリオウイルスに結合したポリオウイルス受容体
記述子	Poliovirus receptor Protein VP1 Protein VP2 Protein VP4 Protein VP3
キーワード	VIRAL PROTEIN, CD155 structure Immunoglobulin Superfamily, poliovirus capsid jelly role, Cell adhesion, Cell membrane, Glycoprotein, Host-virus interaction, Immunoglobulin domain, Membrane, Receptor, Secreted, Transmembrane
著者・データ登録者	Zhang, P., Mueller, S., Morais, M.C., Bator, C.M., Bowman, V.D., Hafenstein, S., Wimmer, E., Rossmann, M.G.
日付	登録: 2008-09-29, 公開: 2008-11-11
PDBj Mine pages	Summary, Structural Details, Experimental Details, Functional Details
その他のデータベース	RCSB-PDB, PDBe, CATH, CE, FSSP, SCOP, VAST
構造の表現
ムービー	ムービーページ #1: 登録構造単位, Jmolにより作成 #2: EMマップデータ( EMDB-1563 )の単純化した表面モデルとの重ね合わせ, Jmolにより作成
構造ビューア	万見, jV4, Jmol, 生物学的単位 (画像, jV)
関連構造データ
関連するエントリ	EMDB-1563 CiteFit EMDB-1562 Cite EMDB-1570 Cite PDB-3epc Cite PDB-3epd Cite PDB-3uro Cite PDB-3eow Cite: 同じ文献を引用しているデータ Fit: あてはめのターゲットとして利用したマップ
類似構造 (beta)	分布図 PDB-3epd PDB-3epc PDB-3iyp PDB-3iz0 類似構造データの一覧 Omokageシステムについて

文献
引用 - primary
文献	Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., Vol. 105, Issue 47, Page 18284-9, Year 2008
タイトル	Crystal structure of CD155 and electron microscopic studies of its complexes with polioviruses.
著者	Ping Zhang, Steffen Mueller, Marc C Morais, Carol M Bator, Valorie D Bowman, Susan Hafenstein, Eckard Wimmer, Michael G Rossmann Department of Biological Sciences, Purdue University, 915 West State Street, West Lafayette, IN 47907-2054, USA.
キーワード	Amino Acid Sequence, Cell Fusion, Cryoelectron Microscopy, Crystallography, X-Ray, HeLa Cells, Humans, Models, Molecular, Molecular Sequence Data, Mutagenesis, Poliovirus (physiology), Protein Conformation, Receptors, Virus (chemistry), poliovirus receptor
リンク	DOI: 10.1073/pnas.0807848105, PubMed: 19011098, PMC: PMC2587566

構成要素
ID 1 : Nectin-like protein 5, Necl-5
画像
分子量	23330.672 Da
説明	Poliovirus receptor
フラグメント	Poliovirus receptor CD155 D1D2
変異	N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S
分子の数	1
タイプ	polymer
由来	手法: Isolated from a genetically manipulated source 遺伝子: human, PVR, PVS, ID:9606, Homo sapiens ホスト: ID:562, Escherichia coli
リンク	UniProt: P15151, Sequence view
ID 2 : Protein VP1
画像
分子量	30734.809 Da
説明	Protein VP1
分子の数	1
タイプ	polymer
由来	手法: Isolated from a genetically manipulated source 遺伝子: ID:12084, Poliovirus type 2 ホスト: ID:562, Escherichia coli
リンク	UniProt: P06210, Sequence view
ID 3 : Protein VP2
画像
分子量	29046.006 Da
説明	Protein VP2
分子の数	1
タイプ	polymer
由来	手法: Isolated from a genetically manipulated source 遺伝子: ID:12084, Poliovirus type 2 ホスト: ID:562, Escherichia coli
リンク	UniProt: P06210, Sequence view
ID 4 : Protein VP4
画像
分子量	7347.032 Da
説明	Protein VP4
分子の数	1
タイプ	polymer
由来	手法: Isolated from a genetically manipulated source 遺伝子: ID:12084, Poliovirus type 2 ホスト: ID:562, Escherichia coli
リンク	UniProt: P06210, Sequence view
ID 5 : Protein VP3
画像
分子量	26115.982 Da
説明	Protein VP3
分子の数	1
タイプ	polymer
由来	手法: Isolated from a genetically manipulated source 遺伝子: ID:12084, Poliovirus type 2 ホスト: ID:562, Escherichia coli
リンク	UniProt: P06210, Sequence view
ID 6 : 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE
画像
分子量	423.723 Da
説明	1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE
分子の数	1
タイプ	non-polymer
由来	手法: Obtained synthetically
ID 7 : MYRISTIC ACID
画像
分子量	228.374 Da
説明	MYRISTIC ACID
分子の数	1
タイプ	non-polymer
由来	手法: Obtained synthetically
ID 8 : water
画像
分子量	18.015 Da
説明	water
分子の数	271
タイプ	water
由来	手法: Isolated from a natural source

試料

電子顕微鏡

解析
投影像の選択・粒子像の拾い上げ
ソフトウェア	EMfit
3次元再構成
ピクセルサイズ（実際の値）	2.66 A/pix
ピクセルサイズ（公称値）	2.69 A/pix
分解能	9.0 A
3次元あてはめ
精密化に使用した空間	REAL
ソフトウェア	EMfit
精密化
溶媒原子	271
合計	8461
リガンド原子	38
タンパク質原子	8152