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Structure of the 50S subunit of E. coli ribosome in Pre-accommodation state

単粒子再構成法による, 9Å分解能

ムービー

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#1: 登録構造単位, Jmolによる画像

#2: PDB-3e1a, PDB-4v65 との合成表示, Jmolによる画像

エントリ情報
概要
データベース名・IDPORTEIN DATA BANK (PDB) / 3e1b
タイトルStructure of the 50S subunit of E. coli ribosome in Pre-accommodation state
E. coli(大腸菌)由来 収容前状態のリボソーム中の 50Sサブユニット
記述子Ribosome
50S subunit
キーワードRIBOSOME, ribosome, translation, accommodation, tRNA selection, Ribonucleoprotein, Ribosomal protein, RNA-binding, rRNA-binding, Methylation, tRNA-binding, Phosphoprotein, Antibiotic resistance, Metal-binding, Repressor, Translation regulation
著者・データ登録者Devkota, B., Caulfield, T.R., Tan, R.-Z., Harvey, S.C.
日付登録: 2008-08-03, 公開: 2009-08-18
PDBj Mine pagesSummary, Structural Details, Experimental Details, Functional Details
その他のデータベースRCSB-PDB, PDBe, CATH, CE, FSSP, SCOP, VAST
構造の表現
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構造ビューア万見, jV4, Jmol, 生物学的単位 (画像, jV)
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文献
引用 - primary
文献To be Published, Vol. , Page: - , Year: ,
タイトルThe Structure of the E. coli Ribosome Before and After Accommodation: Implications for Proofreading
著者・データ登録者Devkota, B., Caulfield, T.R., Tan, R.-Z., Harvey, S.C.
構成要素
ID 1 : 5S rRNA
画像
ID1
分子量37848.766 Da
説明5S rRNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli

リンクGenBank: 170517292, Sequence view
ID 2 : 23S rRNA
画像
ID2
分子量941307.500 Da
説明23S rRNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクGenBank: 169887498, Sequence view
ID 3 : 50S ribosomal protein L25
画像
ID3
分子量10713.566 Da
説明50S ribosomal protein L25
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P68919, Sequence view
ID 4 : 50S ribosomal protein L14
画像
ID4
分子量13565.172 Da
説明50S ribosomal protein L14
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0ADY3, Sequence view
ID 5 : 50S ribosomal protein L15
画像
ID5
分子量15008.598 Da
説明50S ribosomal protein L15
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P02413, Sequence view
ID 6 : 50S ribosomal protein L16
画像
ID6
分子量15312.394 Da
説明50S ribosomal protein L16
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0ADY7, Sequence view
ID 7 : 50S ribosomal protein L17
画像
ID7
分子量14393.774 Da
説明50S ribosomal protein L17
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG44, Sequence view
ID 8 : 50S ribosomal protein L18
画像
ID8
分子量12794.793 Da
説明50S ribosomal protein L18
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0C018, Sequence view
ID 9 : 50S ribosomal protein L19
画像
ID9
分子量13159.399 Da
説明50S ribosomal protein L19
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7K6, Sequence view
ID 10 : 50S ribosomal protein L20
画像
ID10
分子量13528.153 Da
説明50S ribosomal protein L20
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7L3, Sequence view
ID 11 : 50S ribosomal protein L21
画像
ID11
分子量11586.485 Da
説明50S ribosomal protein L21
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG48, Sequence view
ID 12 : 50S ribosomal protein L22
画像
ID12
分子量12253.464 Da
説明50S ribosomal protein L22
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P61175, Sequence view
ID 13 : 50S ribosomal protein L23
画像
ID13
分子量11093.154 Da
説明50S ribosomal protein L23
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0ADZ0, Sequence view
ID 14 : 50S ribosomal protein L2
画像
ID14
分子量29550.385 Da
説明50S ribosomal protein L2
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P60422, Sequence view
ID 15 : 50S ribosomal protein L24
画像
ID15
分子量11210.181 Da
説明50S ribosomal protein L24
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P60624, Sequence view
ID 16 : 50S ribosomal protein L27
画像
ID16
分子量9146.618 Da
説明50S ribosomal protein L27
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7L8, Sequence view
ID 17 : 50S ribosomal protein L29
画像
ID17
分子量7286.531 Da
説明50S ribosomal protein L29
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7M6, Sequence view
ID 18 : 50S ribosomal protein L30
画像
ID18
分子量6554.875 Da
説明50S ribosomal protein L30
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG51, Sequence view
ID 19 : 50S ribosomal protein L31
画像
ID19
分子量7887.165 Da
説明50S ribosomal protein L31
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7M9, Sequence view
ID 20 : 50S ribosomal protein L32
画像
ID20
分子量6463.500 Da
説明50S ribosomal protein L32
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7N4, Sequence view
ID 21 : 50S ribosomal protein L33
画像
ID21
分子量6257.510 Da
説明50S ribosomal protein L33
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:624
名称: Shigella sonnei
リンクUniProt: P0A7N9, Sequence view
ID 22 : 50S ribosomal protein L34
画像
ID22
分子量5397.506 Da
説明50S ribosomal protein L34
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:624
名称: Shigella sonnei
リンクUniProt: P0A7P5, Sequence view
ID 23 : 50S ribosomal protein L35
画像
ID23
分子量7181.907 Da
説明50S ribosomal protein L35
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:624
名称: Shigella sonnei
リンクUniProt: P0A7Q1, Sequence view
ID 24 : 50S ribosomal protein L36
画像
ID24
分子量4377.415 Da
説明50S ribosomal protein L36
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7Q6, Sequence view
ID 25 : 50S ribosomal protein L3
画像
ID25
分子量22277.709 Da
説明50S ribosomal protein L3
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P60438, Sequence view
ID 26 : 50S ribosomal protein L1P
画像
ID26
分子量23978.254 Da
説明50S ribosomal protein L1P
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:2285
名称: Sulfolobus acidocaldarius
リンクUniProt: P35024, Sequence view
ID 27 : 50S ribosomal protein L4
画像
ID27
分子量22121.723 Da
説明50S ribosomal protein L4
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P60723, Sequence view
ID 28 : 50S ribosomal protein L5
画像
ID28
分子量20202.566 Da
説明50S ribosomal protein L5
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P62399, Sequence view
ID 29 : 50S ribosomal protein L6
画像
ID29
分子量18932.957 Da
説明50S ribosomal protein L6
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG55, Sequence view
ID 30 : 50S ribosomal protein L9
画像
ID30
分子量15789.174 Da
説明50S ribosomal protein L9
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7R1, Sequence view
ID 31 : 50S ribosomal protein L11
画像
ID31
分子量14894.478 Da
説明50S ribosomal protein L11
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7J7, Sequence view
ID 32 : 50S ribosomal protein L13
画像
ID32
分子量15822.503 Da
説明50S ribosomal protein L13
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AA10, Sequence view
試料
実験
手法ELECTRON MICROSCOPY
電子顕微鏡
解析
投影像の選択・粒子像の拾い上げ
ソフトウェアYup.scx
3次元再構成
手法Single Particle
ピクセルサイズ(公称値)2.82 A/pix
分解能9.0 A
3次元あてはめ
手法Flexible fitting
精密化に使用した空間REAL
ソフトウェアYup.scx
当てはまり具合の基準cross-correlation
3次元あてはめリスト
あてはめID1
PDB-ID2I2V
精密化
Cycle idLAST
Refine idELECTRON MICROSCOPY
合計92672
核酸原子64821
タンパク質原子27851
ダウンロード
PDB形式
すべてpdb3e1b.ent.gz
pdb3e1b.ent (非圧縮ファイル)
ヘッダのみpdb3e1b.ent.gz
mmcif形式
mmCIF3e1b.cif.gz
XML形式
すべて3e1b.xml.gz
No-atom3e1b-noatom.xml.gz
Ext-atom3e1b-extatom.xml.gz
ムービー関連ファイル
ムービー #1
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.1 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4 MB
ムービー #2
.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.3 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.2 MB