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Structure of the E. coli ribosome in the Pre-accommodation state

単粒子再構成法による, 9Å分解能

ムービー

方向:

#1: 登録構造単位, Jmolによる画像

エントリ情報
概要
データベース名・IDPORTEIN DATA BANK (PDB) / 4v65
タイトルStructure of the E. coli ribosome in the Pre-accommodation state
記述子Ribosome
キーワードRIBOSOME, ribosome, translation, accommodation, tRNA selection, Ribonucleoprotein, Ribosomal protein, RNA-binding, rRNA-binding, tRNA-binding, Endonuclease, Hydrolase, Nuclease, Antibiotic resistance, Repressor, Transcription, Transcription regulation, Transcription termination, Translation regulation
著者・登録者Devkota, B., Caulfield, T.R., Tan, R.-Z., Harvey, S.C.
日付登録: 2008-08-03, 公開: 2014-07-09
PDBj Mine pagesSummary, Structural Details, Experimental Details, Functional Details
その他のデータベースRCSB-PDB, PDBe, FSSP, SCOP
構造の表現
ムービームービーページ

#1: 登録構造単位, Jmolによる画像

構造ビューア万見, jV4, Jmol, 生物学的単位 (画像, jV)
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文献
引用 - primary
文献To be Published, Vol. , Page: - , Year: ,
タイトルThe Structure of the E. coli Ribosome Before and After Accommodation: Implications for Proofreading
著者・登録者Devkota, B., Caulfield, T.R., Tan, R.-Z., Harvey, S.C.
構成要素
ID 1 : A/T, P and E-site tRNAs
画像
ID1
分子量24518.570 Da
説明A/T, P and E-site tRNAs
分子の数3
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli

リンクSequence view
ID 2 : mRNA model
画像
ID2
分子量6078.359 Da
説明mRNA model
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクSequence view
ID 3 : 16S rRNA
画像
ID3
分子量495927.719 Da
説明16S rRNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクSequence view
ID 4 : 30S ribosomal protein S2
画像
ID4
分子量26781.670 Da
説明30S ribosomal protein S2
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7V0, Sequence view
ID 5 : 30S ribosomal protein S11
画像
ID5
分子量13870.975 Da
説明30S ribosomal protein S11
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7R9, Sequence view
ID 6 : 30S ribosomal protein S12
画像
ID6
分子量13768.157 Da
説明30S ribosomal protein S12
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7S3, Sequence view
ID 7 : 30S ribosomal protein S13
画像
ID7
分子量13128.467 Da
説明30S ribosomal protein S13
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7S9, Sequence view
ID 8 : 30S ribosomal protein S14
画像
ID8
分子量11606.560 Da
説明30S ribosomal protein S14
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG59, Sequence view
ID 9 : 30S ribosomal protein S15
画像
ID9
分子量10319.882 Da
説明30S ribosomal protein S15
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: Q8X9M2, Sequence view
ID 10 : 30S ribosomal protein S16
画像
ID10
分子量9207.572 Da
説明30S ribosomal protein S16
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7T3, Sequence view
ID 11 : 30S ribosomal protein S17
画像
ID11
分子量9724.491 Da
説明30S ribosomal protein S17
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG63, Sequence view
ID 12 : 30S ribosomal protein S18
画像
ID12
分子量9006.500 Da
説明30S ribosomal protein S18
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7T7, Sequence view
ID 13 : 30S ribosomal protein S19
画像
ID13
分子量10455.355 Da
説明30S ribosomal protein S19
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7U3, Sequence view
ID 14 : 30S ribosomal protein S20
画像
ID14
分子量9708.464 Da
説明30S ribosomal protein S20
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7U7, Sequence view
ID 15 : 30S ribosomal protein S3
画像
ID15
分子量26031.316 Da
説明30S ribosomal protein S3
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7V3, Sequence view
ID 16 : 30S ribosomal protein S21
画像
ID16
分子量8524.039 Da
説明30S ribosomal protein S21
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P68679, Sequence view
ID 17 : 30S ribosomal protein S4
画像
ID17
分子量23514.199 Da
説明30S ribosomal protein S4
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7V8, Sequence view
ID 18 : 30S ribosomal protein S5
画像
ID18
分子量16772.412 Da
説明30S ribosomal protein S5
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7W1, Sequence view
ID 19 : 30S ribosomal protein S6
画像
ID19
分子量15727.512 Da
説明30S ribosomal protein S6
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P02358, Sequence view
ID 20 : 30S ribosomal protein S7
画像
ID20
分子量20055.156 Da
説明30S ribosomal protein S7
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P02359, Sequence view
ID 21 : 30S ribosomal protein S8
画像
ID21
分子量14146.557 Da
説明30S ribosomal protein S8
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: Q3YWV3, Sequence view
ID 22 : 30S ribosomal protein S9
画像
ID22
分子量14886.270 Da
説明30S ribosomal protein S9
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7X3, Sequence view
ID 23 : 30S ribosomal protein S10
画像
ID23
分子量11755.597 Da
説明30S ribosomal protein S10
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7R5, Sequence view
ID 24 : 5S rRNA
画像
ID24
分子量37848.555 Da
説明5S rRNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクGenBank: 170517292, Sequence view
ID 25 : 23S rRNA
画像
ID25
分子量941306.188 Da
説明23S rRNA
分子の数1
タイプpolyribonucleotide
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクGenBank: 169887498, Sequence view
ID 26 : 50S ribosomal protein L25
画像
ID26
分子量10713.465 Da
説明50S ribosomal protein L25
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P68919, Sequence view
ID 27 : 50S ribosomal protein L14
画像
ID27
分子量13565.067 Da
説明50S ribosomal protein L14
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0ADY3, Sequence view
ID 28 : 50S ribosomal protein L15
画像
ID28
分子量15008.471 Da
説明50S ribosomal protein L15
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P02413, Sequence view
ID 29 : 50S ribosomal protein L16
画像
ID29
分子量15312.269 Da
説明50S ribosomal protein L16
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0ADY7, Sequence view
ID 30 : 50S ribosomal protein L17
画像
ID30
分子量14393.657 Da
説明50S ribosomal protein L17
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG44, Sequence view
ID 31 : 50S ribosomal protein L18
画像
ID31
分子量12794.668 Da
説明50S ribosomal protein L18
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0C018, Sequence view
ID 32 : 50S ribosomal protein L19
画像
ID32
分子量13159.278 Da
説明50S ribosomal protein L19
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7K6, Sequence view
ID 33 : 50S ribosomal protein L20
画像
ID33
分子量13528.024 Da
説明50S ribosomal protein L20
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7L3, Sequence view
ID 34 : 50S ribosomal protein L21
画像
ID34
分子量11586.374 Da
説明50S ribosomal protein L21
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG48, Sequence view
ID 35 : 50S ribosomal protein L22
画像
ID35
分子量12253.359 Da
説明50S ribosomal protein L22
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P61175, Sequence view
ID 36 : 50S ribosomal protein L23
画像
ID36
分子量11093.047 Da
説明50S ribosomal protein L23
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0ADZ0, Sequence view
ID 37 : 50S ribosomal protein L2
画像
ID37
分子量29550.166 Da
説明50S ribosomal protein L2
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P60422, Sequence view
ID 38 : 50S ribosomal protein L24
画像
ID38
分子量11210.069 Da
説明50S ribosomal protein L24
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P60624, Sequence view
ID 39 : 50S ribosomal protein L27
画像
ID39
分子量9146.540 Da
説明50S ribosomal protein L27
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7L8, Sequence view
ID 40 : 50S ribosomal protein L29
画像
ID40
分子量7286.464 Da
説明50S ribosomal protein L29
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7M6, Sequence view
ID 41 : 50S ribosomal protein L30
画像
ID41
分子量6554.820 Da
説明50S ribosomal protein L30
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG51, Sequence view
ID 42 : 50S ribosomal protein L31
画像
ID42
分子量7887.117 Da
説明50S ribosomal protein L31
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7M9, Sequence view
ID 43 : 50S ribosomal protein L32
画像
ID43
分子量6463.445 Da
説明50S ribosomal protein L32
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7N4, Sequence view
ID 44 : 50S ribosomal protein L33
画像
ID44
分子量6257.436 Da
説明50S ribosomal protein L33
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:624
名称: Shigella sonnei
リンクUniProt: P0A7N9, Sequence view
ID 45 : 50S ribosomal protein L34
画像
ID45
分子量5397.463 Da
説明50S ribosomal protein L34
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:624
名称: Shigella sonnei
リンクUniProt: P0A7P5, Sequence view
ID 46 : 50S ribosomal protein L35
画像
ID46
分子量7181.835 Da
説明50S ribosomal protein L35
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:624
名称: Shigella sonnei
リンクUniProt: P0A7Q1, Sequence view
ID 47 : 50S ribosomal protein L36
画像
ID47
分子量4377.390 Da
説明50S ribosomal protein L36
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7Q6, Sequence view
ID 48 : 50S ribosomal protein L3
画像
ID48
分子量22277.535 Da
説明50S ribosomal protein L3
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P60438, Sequence view
ID 49 : 50S ribosomal protein L1P
画像
ID49
分子量23978.031 Da
説明50S ribosomal protein L1P
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:2285
名称: Sulfolobus acidocaldarius
リンクUniProt: P35024, Sequence view
ID 50 : 50S ribosomal protein L4
画像
ID50
分子量22121.566 Da
説明50S ribosomal protein L4
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P60723, Sequence view
ID 51 : 50S ribosomal protein L5
画像
ID51
分子量20202.416 Da
説明50S ribosomal protein L5
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P62399, Sequence view
ID 52 : 50S ribosomal protein L6
画像
ID52
分子量18932.791 Da
説明50S ribosomal protein L6
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AG55, Sequence view
ID 53 : 50S ribosomal protein L9
画像
ID53
分子量15789.020 Da
説明50S ribosomal protein L9
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7R1, Sequence view
ID 54 : 50S ribosomal protein L11
画像
ID54
分子量14894.362 Da
説明50S ribosomal protein L11
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0A7J7, Sequence view
ID 55 : 50S ribosomal protein L13
画像
ID55
分子量15822.360 Da
説明50S ribosomal protein L13
分子の数1
タイプpolypeptide(L)
由来手法: Isolated from a natural source
Src id: 1
NCBI taxonomy: ID:562
名称: Escherichia coli
リンクUniProt: P0AA10, Sequence view
試料
実験
手法ELECTRON MICROSCOPY
電子顕微鏡
解析
投影像の選択・粒子像の拾い上げ
ソフトウェアYup.scx
3次元再構成
手法Single Particle
ピクセルサイズ(公称値)2.82 A/pix
分解能9.0 A
3次元あてはめ
手法Flexible fitting
精密化に使用した空間REAL
ソフトウェアYup.scx
当てはまり具合の基準cross-correlation
3次元あてはめリスト
あてはめID1
PDB-ID2I2P, 1EHZ
精密化
Cycle idLAST
Refine idELECTRON MICROSCOPY
合計56576
核酸原子38047
タンパク質原子18529
ダウンロード
PDB形式
すべてpdb4v65.ent.gz
pdb4v65.ent (非圧縮ファイル)
ヘッダのみpdb4v65.ent.gz
mmcif形式
mmCIF4v65.cif.gz
XML形式
すべて4v65.xml.gz
No-atom4v65-noatom.xml.gz
Ext-atom4v65-extatom.xml.gz
ムービー関連ファイル
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.mp4 (H.264/MPEG-4 AVC 形式), 3.4 MB
.webm (WebM/VP8 形式), 4.1 MB