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- EMDB-36013: Cryo-EM structure of the single CAF-1 bound right-handed Di-tetrasome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-36013
タイトルCryo-EM structure of the single CAF-1 bound right-handed Di-tetrasome
マップデータ
試料
  • 複合体: The CAF-1 bound right-handed Di-tetrasome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1ヒストンH3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
    • DNA: Widom 601 DNA (147-MER)
  • タンパク質・ペプチド: Chromatin assembly factor 1 subunit B
  • タンパク質・ペプチド: Chromatin assembly factor 1 subunit A
  • DNA: Widom 601 DNA (147-MER)
キーワードREPLICATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


CAF-1 complex / chromo shadow domain binding / DNA replication-dependent chromatin assembly / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / epigenetic regulation of gene expression / Packaging Of Telomere Ends ...CAF-1 complex / chromo shadow domain binding / DNA replication-dependent chromatin assembly / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / epigenetic regulation of gene expression / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / unfolded protein binding / ヌクレオソーム / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / 遺伝子発現 / chromatin organization / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / HATs acetylate histones / histone binding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / DNA複製 / chromosome, telomeric region / cadherin binding / 細胞周期 / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / DNA修復 / chromatin binding / クロマチン / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Chromatin assembly factor 1 subunit B, C-terminal domain / Chromatin assembly factor 1 subunit Cac2/CHAF1B/FAS2 / Chromatin assembly factor 1 complex p150 subunit, N-terminal / Chromatin assembly factor complex 1 subunit p60, C-terminal / Chromatin assembly factor 1 subunit p150, N-terminal / Chromatin assembly factor 1 subunit p150, C-terminal / CAF1 complex subunit p150, region binding to CAF1-p60 at C-term / CAF1 complex subunit p150, region binding to PCNA / Chromatin assembly factor 1 subunit A / Chromatin assembly factor 1 subunit A ...Chromatin assembly factor 1 subunit B, C-terminal domain / Chromatin assembly factor 1 subunit Cac2/CHAF1B/FAS2 / Chromatin assembly factor 1 complex p150 subunit, N-terminal / Chromatin assembly factor complex 1 subunit p60, C-terminal / Chromatin assembly factor 1 subunit p150, N-terminal / Chromatin assembly factor 1 subunit p150, C-terminal / CAF1 complex subunit p150, region binding to CAF1-p60 at C-term / CAF1 complex subunit p150, region binding to PCNA / Chromatin assembly factor 1 subunit A / Chromatin assembly factor 1 subunit A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / G-protein, beta subunit / Histone-fold / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ヒストンH4 / ヒストンH3 / Chromatin assembly factor 1 subunit A / Chromatin assembly factor 1 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Liu CP / Yu ZY / Xu RM
資金援助 中国, 10件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31991162 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91853204 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92153302 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31300614 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508900 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFE0203300 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0506600 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37010100 中国
Chinese Academy of Sciences2018125 中国
Chinese Academy of Sciences2017131 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structural insights into histone binding and nucleosome assembly by chromatin assembly factor-1.
著者: Chao-Pei Liu / Zhenyu Yu / Jun Xiong / Jie Hu / Aoqun Song / Dongbo Ding / Cong Yu / Na Yang / Mingzhu Wang / Juan Yu / Peini Hou / Kangning Zeng / Zhenyu Li / Zhuqiang Zhang / Xinzheng Zhang ...著者: Chao-Pei Liu / Zhenyu Yu / Jun Xiong / Jie Hu / Aoqun Song / Dongbo Ding / Cong Yu / Na Yang / Mingzhu Wang / Juan Yu / Peini Hou / Kangning Zeng / Zhenyu Li / Zhuqiang Zhang / Xinzheng Zhang / Wei Li / Zhiguo Zhang / Bing Zhu / Guohong Li / Rui-Ming Xu /
要旨: Chromatin inheritance entails de novo nucleosome assembly after DNA replication by chromatin assembly factor-1 (CAF-1). Yet direct knowledge about CAF-1's histone binding mode and nucleosome assembly ...Chromatin inheritance entails de novo nucleosome assembly after DNA replication by chromatin assembly factor-1 (CAF-1). Yet direct knowledge about CAF-1's histone binding mode and nucleosome assembly process is lacking. In this work, we report the crystal structure of human CAF-1 in the absence of histones and the cryo-electron microscopy structure of CAF-1 in complex with histones H3 and H4. One histone H3-H4 heterodimer is bound by one CAF-1 complex mainly through the p60 subunit and the acidic domain of the p150 subunit. We also observed a dimeric CAF-1-H3-H4 supercomplex in which two H3-H4 heterodimers are poised for tetramer assembly and discovered that CAF-1 facilitates right-handed DNA wrapping of H3-H4 tetramers. These findings signify the involvement of DNA in H3-H4 tetramer formation and suggest a right-handed nucleosome precursor in chromatin replication.
履歴
登録2023年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2023年9月6日-
現状2023年9月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36013.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36013.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.17128664 - 0.44490227
平均 (標準偏差)0.00051532924 (±0.017210284)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 256.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: sharpened map

ファイルemd_36013_additional_1.map
注釈sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36013_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36013_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The CAF-1 bound right-handed Di-tetrasome

全体名称: The CAF-1 bound right-handed Di-tetrasome
要素
  • 複合体: The CAF-1 bound right-handed Di-tetrasome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1ヒストンH3
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
    • DNA: Widom 601 DNA (147-MER)
  • タンパク質・ペプチド: Chromatin assembly factor 1 subunit B
  • タンパク質・ペプチド: Chromatin assembly factor 1 subunit A
  • DNA: Widom 601 DNA (147-MER)

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超分子 #1: The CAF-1 bound right-handed Di-tetrasome

超分子名称: The CAF-1 bound right-handed Di-tetrasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.437167 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEACEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: ヒストンH3

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分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: ヒストンH4

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分子 #5: Chromatin assembly factor 1 subunit B

分子名称: Chromatin assembly factor 1 subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.567348 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKVITCEIAW HNKEPVYSLD FQHGTAGRIH RLASAGVDTN VRIWKVEKGP DGKAIVEFLS NLARHTKAVN VVRFSPTGEI LASGGDDAV ILLWKVNDNK EPEQIAFQDE DEAQLNKENW TVVKTLRGHL EDVYDICWAT DGNLMASASV DNTAIIWDVS K GQKISIFN ...文字列:
MKVITCEIAW HNKEPVYSLD FQHGTAGRIH RLASAGVDTN VRIWKVEKGP DGKAIVEFLS NLARHTKAVN VVRFSPTGEI LASGGDDAV ILLWKVNDNK EPEQIAFQDE DEAQLNKENW TVVKTLRGHL EDVYDICWAT DGNLMASASV DNTAIIWDVS K GQKISIFN EHKSYVQGVT WDPLGQYVAT LSCDRVLRVY SIQKKRVAFN VSKMLSGIGA EGEARSYRMF HDDSMKSFFR RL SFTPDGS LLLTPAGCVE SGENVMNTTY VFSRKNLKRP IAHLPCPGKA TLAVRCCPVY FELRPVVETG VELMSLPYRL VFA VASEDS VLLYDTQQSF PFGYVSNIHY HTLSDISWSS DGAFLAISST DGYCSFVTFE KDELGIPLKE KPVLNMRTPD TAKK TKSQT HRGSSPGPRP VEGTPASRTQ DPSSPGTTPP QARQAPAPTV IRDPPSITPA VKSPLPGPSE EKTLQPSSQN TKAHP SRRV TLNTLQAWSK TTPRRINLTP LKTDTPPSSV PTSVISTPST EEIQSETPGD AQGSPPELKR PRLDENKGGT ESLDP

UniProtKB: Chromatin assembly factor 1 subunit B

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分子 #6: Chromatin assembly factor 1 subunit A

分子名称: Chromatin assembly factor 1 subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 107.08032 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLEELECGAP GARGAATAMD CKDRPAFPVK KLIQARLPFK RLNLVPKGKA DDMSDDQGTS VQSKSPDLEA SLDTLENNCH VGSDIDFRP KLVNGKGPLD NFLRNRIETS IGQSTVIIDL TEDSNEQPDS LVDHNKLNSE ASPSREAING QREDTGDQQG L LKAIQNDK ...文字列:
MLEELECGAP GARGAATAMD CKDRPAFPVK KLIQARLPFK RLNLVPKGKA DDMSDDQGTS VQSKSPDLEA SLDTLENNCH VGSDIDFRP KLVNGKGPLD NFLRNRIETS IGQSTVIIDL TEDSNEQPDS LVDHNKLNSE ASPSREAING QREDTGDQQG L LKAIQNDK LAFPGETLSD IPCKTEEEGV GCGGAGRRGD SQECSPRSCP ELTSGPRMCP RKEQDSWSEA GGILFKGKVP MV VLQDILA VRPPQIKSLP ATPQGKNMTP ESEVLESFPE EDSVLSHSSL SSPSSTSSPE GPPAPPKQHS STSPFPTSTP LRR ITKKFV KGSTEKNKLR LQRDQERLGK QLKLRAEREE KEKLKEEAKR AKEEAKKKKE EEKELKEKER REKREKDEKE KAEK QRLKE ERRKERQEAL EAKLEEKRKK EEEKRLREEE KRIKAEKAEI TRFFQKPKTP QAPKTLAGSC GKFAPFEIKE HMVLA PRRR TAFHPDLCSQ LDQLLQQQSG EFSFLKDLKG RQPLRSGPTH VSTRNADIFN SDVVIVERGK GDGVPERRKF GRMKLL QFC ENHRPAYWGT WNKKTALIRA RDPWAQDTKL LDYEVDSDEE WEEEEPGESL SHSEGDDDDD MGEDEDEDDG FFVPHGY LS EDEGVTEECA DPENHKVRQK LKAKEWDEFL AKGKRFRVLQ PVKIGCVWAA DRDCAGDDLK VLQQFAACFL ETLPAQEE Q TPKASKRERR DEQILAQLLP LLHGNVNGSK VIIREFQEHC RRGLLSNHTG SPRSPSTTYL HTPTPSEDAA IPSKSRLKR LISENSVYEK RPDFRMCWYV HPQVLQSFQQ EHLPVPCQWS YVTSVPSAPK EDSGSVPSTG PSQGTPISLK RKSAGSMCIT QFMKKRRHD GQIGAEDMDG FQADTEEEEE EEGDCMIVDV PDAAEVQAPC GAASGAGGGV GVDTGKATLT ASPLGAS

UniProtKB: Chromatin assembly factor 1 subunit A

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分子 #3: Widom 601 DNA (147-MER)

分子名称: Widom 601 DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.105727 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)

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分子 #4: Widom 601 DNA (147-MER)

分子名称: Widom 601 DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.64407 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 67319
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8j6s:
Cryo-EM structure of the single CAF-1 bound right-handed Di-tetrasome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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