+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33522 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The pre-fusion structure of Thogotovirus dhori envelope glycoprotein | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Viral surface protein / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | Baculovirus Gp64, envelope glycoprotein / Baculovirus gp64 envelope glycoprotein family / modulation by virus of host process / エンベロープ (ウイルス) / virion membrane / 生体膜 / Envelope glycoprotein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Dhori thogotovirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Shan YY / Zhang MF / Pei DQ | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Pre- and post-fusion class III glycoprotein structures reveal viral fusion mechanism 著者: Shan YY / Zhang MF / Pei DQ | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33522.map.gz | 398.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-33522-v30.xml emd-33522.xml | 12.5 KB 12.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33522_fsc.xml | 15.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33522.png | 33.8 KB | ||
その他 | emd_33522_half_map_1.map.gz emd_33522_half_map_2.map.gz | 391.9 MB 391.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33522 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33522 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xymMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33522.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.849 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33522_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33522_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Thogotovirus dhori envelope glycoprotein
全体 | 名称: Thogotovirus dhori envelope glycoprotein |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Thogotovirus dhori envelope glycoprotein
超分子 | 名称: Thogotovirus dhori envelope glycoprotein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Dhori thogotovirus (ウイルス) |
-分子 #1: Envelope glycoprotein
分子 | 名称: Envelope glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Dhori thogotovirus (ウイルス) / 株: Indian/1313/61 |
分子量 | 理論値: 58.674496 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDSTIRLVAT IFLISLTQQI EVCNKAQQQG PYTLVDYQEK PLNISRIQIK VVKTSVATKG LNFHIGYRAV WRSYCYNGGS LDKNTGCYN DLIPKSPTES ELRTWSKSQK CCTGPDAVDA WGSDARICWA EWKMELCHTA KELKKYSNNN HFAYHTCNLS W RCGLKSTH ...文字列: MDSTIRLVAT IFLISLTQQI EVCNKAQQQG PYTLVDYQEK PLNISRIQIK VVKTSVATKG LNFHIGYRAV WRSYCYNGGS LDKNTGCYN DLIPKSPTES ELRTWSKSQK CCTGPDAVDA WGSDARICWA EWKMELCHTA KELKKYSNNN HFAYHTCNLS W RCGLKSTH IEVRLQASGG LVSMVAVMPN GTLIPIEGTR PTYWTEDSFA YLYDPAGTEK KTESTFLWCF KEHIRPTTEL SG AVYDTHY LGGTYDKNPQ FNYYCRDNGY YFELPANRLV CLPTSCYKRE GAIVNTMHPD TWKVSEKLHS ASQFDVNNVV HSL VYETEG LRLALSQLDH RFATLSRLFN RLTQSLAKID DRLLGTLLGQ DVSSKFISPT KFMLSPCLST PEGDSNCHNH SIYR DGRWV HNSDPTQCFS LSKSQPVDLY SFKELWLPQL LDVNVEGVVA DEEGWSFVAQ SKQALIDTMT YTKNGGKGTS LEDVL GYPS GWINGKLQGL LLNGAISWVV VIGVVLVGVC LMRRVF UniProtKB: Envelope glycoprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |