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- PDB-2xky: Single particle analysis of Kir2.1NC_4 in negative stain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xky
タイトルSingle particle analysis of Kir2.1NC_4 in negative stain
要素INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 2Inward-rectifier potassium channel
キーワードMETAL TRANSPORT / ION CHANNEL (イオンチャネル) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Classical Kir channels / regulation of skeletal muscle contraction via regulation of action potential / cardiac muscle cell action potential / relaxation of skeletal muscle / Phase 4 - resting membrane potential / magnesium ion transport / voltage-gated potassium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential repolarization / membrane repolarization during action potential / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits ...Classical Kir channels / regulation of skeletal muscle contraction via regulation of action potential / cardiac muscle cell action potential / relaxation of skeletal muscle / Phase 4 - resting membrane potential / magnesium ion transport / voltage-gated potassium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential repolarization / membrane repolarization during action potential / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / regulation of membrane repolarization / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / inward rectifier potassium channel activity / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / regulation of cardiac muscle cell contraction / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / relaxation of cardiac muscle / potassium ion import across plasma membrane / regulation of heart rate by cardiac conduction / 介在板 / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transmembrane transport / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / 横行小管 / potassium ion transport / cellular response to mechanical stimulus / postsynaptic membrane / protein homotetramerization / 樹状突起スパイン / 樹状突起 / neuronal cell body / glutamatergic synapse / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir2.1 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, N-terminal / Inward rectifier potassium channel N-terminal / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Inward rectifier potassium channel 2
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 溶液散乱 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 17.2 Å
Model type detailsCA ATOMS ONLY, CHAIN I, J, K, L
データ登録者Fomina, S. / Howard, T.D. / Sleator, O.K. / Golovanova, M. / O'Ryan, L. / Leyland, M.L. / Grossmann, J.G. / Collins, R.F. / Prince, S.M.
引用
ジャーナル: Biochim Biophys Acta / 年: 2011
タイトル: Self-directed assembly and clustering of the cytoplasmic domains of inwardly rectifying Kir2.1 potassium channels on association with PSD-95.
著者: Svetlana Fomina / Tina D Howard / Olivia K Sleator / Marina Golovanova / Liam O'Ryan / Mark L Leyland / J Günter Grossmann / Richard F Collins / Stephen M Prince /
要旨: The interaction of the extra-membranous domain of tetrameric inwardly rectifying Kir2.1 ion channels (Kir2.1NC(4)) with the membrane associated guanylate kinase protein PSD-95 has been studied using ...The interaction of the extra-membranous domain of tetrameric inwardly rectifying Kir2.1 ion channels (Kir2.1NC(4)) with the membrane associated guanylate kinase protein PSD-95 has been studied using Transmission Electron Microscopy in negative stain. Three types of complexes were observed in electron micrographs corresponding to a 1:1 complex, a large self-enclosed tetrad complex and extended chains of linked channel domains. Using models derived from small angle X-ray scattering experiments in which high resolution structures from X-ray crystallographic and Nuclear Magnetic Resonance studies are positioned, the envelopes from single particle analysis can be resolved as a Kir2.1NC(4):PSD-95 complex and a tetrad of this unit (Kir2.1NC(4):PSD-95)(4). The tetrad complex shows the close association of the Kir2.1 cytoplasmic domains and the influence of PSD-95 mediated self-assembly on the clustering of these channels.
#1: ジャーナル: Nat Neurosci / 年: 2005
タイトル: Cytoplasmic domain structures of Kir2.1 and Kir3.1 show sites for modulating gating and rectification.
著者: Scott Pegan / Christine Arrabit / Wei Zhou / Witek Kwiatkowski / Anthony Collins / Paul A Slesinger / Senyon Choe /
要旨: N- and C-terminal cytoplasmic domains of inwardly rectifying K (Kir) channels control the ion-permeation pathway through diverse interactions with small molecules and protein ligands in the cytoplasm. ...N- and C-terminal cytoplasmic domains of inwardly rectifying K (Kir) channels control the ion-permeation pathway through diverse interactions with small molecules and protein ligands in the cytoplasm. Two new crystal structures of the cytoplasmic domains of Kir2.1 (Kir2.1(L)) and the G protein-sensitive Kir3.1 (Kir3.1(S)) channels in the absence of PIP(2) show the cytoplasmic ion-permeation pathways occluded by four cytoplasmic loops that form a girdle around the central pore (G-loop). Significant flexibility of the pore-facing G-loop of Kir2.1(L) and Kir3.1(S) suggests a possible role as a diffusion barrier between cytoplasmic and transmembrane pores. Consistent with this, mutations of the G-loop disrupted gating or inward rectification. Structural comparison shows a di-aspartate cluster on the distal end of the cytoplasmic pore of Kir2.1(L) that is important for modulating inward rectification. Taken together, these results suggest the cytoplasmic domains of Kir channels undergo structural changes to modulate gating and inward rectification.
履歴
登録2010年7月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月10日Group: Database references
改定 1.22017年4月19日Group: Other
改定 1.32017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_software
Item: _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 1.42019年11月13日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1764
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 2
J: INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 2
K: INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 2
L: INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,9214
ポリマ－139,9214
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(-1), (-1), (1)
2given(-1), (1), (1)
3given(1), (-1), (1)

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要素

#1: タンパク質
INWARD RECTIFIER POTASSIUM CHANNEL 2 / Inward-rectifier potassium channel / POTASSIUM CHANNEL / INWARDLY RECTIFYING SUBFAMILY J MEMBER 2 / INWARD RECTIFIER K(+) CHANNEL KIR2.1 / IRK-1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 34980.273 Da / 分子数: 4 / 断片: KIR2.1 CYTOPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 1-67,189-428 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: HOMOTETRAMER OF FUSED N, C TERMINI / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P35561

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実験情報

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実験

実験
手法
電子顕微鏡法
溶液散乱
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MOUSE KIR2.1, CYTOPLASMIC DOMAIN / タイプ: COMPLEX
緩衝液名称: 20MM TRIS/HCL, 150MM NACL, 1MM REDUCED GSH, 1MM EDTA, 50MM L-GLUTAMIC ACID, 50MM L-ARGININE
pH: 7.5
詳細: 20MM TRIS/HCL, 150MM NACL, 1MM REDUCED GSH, 1MM EDTA, 50MM L-GLUTAMIC ACID, 50MM L-ARGININE
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: Uranyl Acetate
試料支持詳細: CARBON

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データ収集

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 10 / 詳細: LOW DOSE
電子銃電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN / 加速電圧: 100 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1250 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ傾斜角・最大: 0.1 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN
画像スキャンデジタル画像の数: 22
放射波長相対比: 1
Soln scatter
タイプIDBuffer nameConc. range (mg/ml)Data reduction software list検出器タイプMean guiner radius (nm)Num. of time framesProtein lengthSource beamlineSource classSource type温度 (K)
x-ray120MM TRIS/HCL, 150MM NACL, 1MM REDUCED GSH, 1MM EDTA, 50MM L-GLUTAMIC ACID, 50MM L-ARGININE0.5-4.8OTOKO/GNOMMULTIWIRE 2-D4.536016STATION 2.1YSRS277
modelling2

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1UCSF Chimeraモデルフィッティング
2EMAN３次元再構成
CTF補正詳細: PARAMETERS DETERMINED USING SCATTERING CURVE
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 17.2 Å / 粒子像の数: 49012 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.93 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.93 Å
詳細: THE COORDINATES DEPOSITED ARE FROM A COMBINED SAXS/EM STUDY. THE DOMAINS IN THE PROTEINS (HIGH RESOLUTION STRUCTURES FROM THE PDB) ARE POSITIONED RELATIVE TO ONE ANOTHER USING A SAXS CURVE, ...詳細: THE COORDINATES DEPOSITED ARE FROM A COMBINED SAXS/EM STUDY. THE DOMAINS IN THE PROTEINS (HIGH RESOLUTION STRUCTURES FROM THE PDB) ARE POSITIONED RELATIVE TO ONE ANOTHER USING A SAXS CURVE, THIS COMPOSITE STRUCTURE IS THEN FITTED INTO AN EM MAP. MODEL GENERATED FROM SAXS REFINEMENT USING BUNCH. PETOUKHOV, M. V. AND SVERGUN, D. I. (2005). BIOPHYS J 89, 1237-50. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1764. (DEPOSITION ID: 7401).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: METHOD--A MAP WAS GENERATED FROM THE SAXS MODEL COORDINATES AT A RESOLUTION MATCHING THE EXPERIMENTAL MAP. T HIS CALCULATED MAP WAS FITTED INTO THE EXPERIMENTAL MAP BY MAXIMIZING THE CROSS- ...詳細: METHOD--A MAP WAS GENERATED FROM THE SAXS MODEL COORDINATES AT A RESOLUTION MATCHING THE EXPERIMENTAL MAP. T HIS CALCULATED MAP WAS FITTED INTO THE EXPERIMENTAL MAP BY MAXIMIZING THE CROSS-CORRELATION WITH THE EXPERIMENTAL MAP. THE COORDINATES WERE THEN REPLACED IN THE CALCULATED MAP TO GENERATE THE FINAL ENTRY. REFINEMENT PROTOCOL--DOCKED USING CHIMERA
原子モデル構築PDB-ID: 1U4F

1u4f

精密化最高解像度: 17.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 17.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1236 0 0 0 1236
Soln scatter model手法: RIGID BODY MODELLING
コンフォーマー選択の基準: CONFORMERS WERE CONSISTENT, BEST AGREEMENT WITH EXPERIMENTAL DATA DEPOSITED (CHI=2.6).
詳細: NUMBER OF TIME FRAMES USED 25(60S, 4.25M CAMERA), 35(60S, 1M CAMERA). PROTEIN CONCENTRATION 0.5 MG/ML (4.25M CAMERA), 4.8 MG/ML (1M CAMERA)
Entry fitting list: PROGRAM PRE-BUNCH, 1U4F, C_4 SYMMETRY + SEQUENCE DATA
Num. of conformers calculated: 20 / Num. of conformers submitted: 1 / Software author list: PETOUKHOV, M. V. & SVERGUN, D. I. / Software list: SASREF7/BUNCH8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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