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万見
- PDB-2ob7: Structure of tmRNA-(SmpB)2 complex as inferred from cryo-EM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ob7
タイトルStructure of tmRNA-(SmpB)2 complex as inferred from cryo-EM
要素
  • 16S ribosomal RNA16SリボソームRNA
  • SsrA-binding protein
  • transfer-messenger RNATmRNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / tmRNA (TmRNA) / SmpB / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


TmRNA / RNA binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
SsrA-binding protein / SsrA-binding protein, conserved site / Small protein B / SmpB protein / SsrA-binding protein.
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / SsrA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.6 Å
データ登録者Frank, J. / Felden, B. / Gillet, R. / Li, W.
引用
ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2007
タイトル: Scaffolding as an organizing principle in trans-translation. The roles of small protein B and ribosomal protein S1.
著者: Reynald Gillet / Sukhjit Kaur / Wen Li / Marc Hallier / Brice Felden / Joachim Frank /
要旨: A eubacterial ribosome stalled on a defective mRNA can be released through a quality control mechanism referred to as trans-translation, which depends on the coordinating binding actions of transfer- ...A eubacterial ribosome stalled on a defective mRNA can be released through a quality control mechanism referred to as trans-translation, which depends on the coordinating binding actions of transfer-messenger RNA, small protein B, and ribosome protein S1. By means of cryo-electron microscopy, we obtained a map of the complex composed of a stalled ribosome and small protein B, which appears near the decoding center. This result suggests that, when lacking a codon, the A-site on the small subunit is a target for small protein B. To investigate the role of S1 played in trans-translation, we obtained a cryo-electron microscopic map, including a stalled ribosome, transfer-messenger RNA, and small protein Bs but in the absence of S1. In this complex, several connections between the 30 S subunit and transfer-messenger RNA that appear in the +S1 complex are no longer found. We propose the unifying concept of scaffolding for the roles of small protein B and S1 in binding of transfer-messenger RNA to the ribosome during trans-translation, and we infer a pathway of sequential binding events in the initial phase of trans-translation.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: Cryo-EM visualization of transfer messenger RNA with two SmpBs in a stalled ribosome
著者: Kaur, S. / Gillet, R. / Li, W. / Gursky, R. / Frank, J.
#2: ジャーナル: Science / 年: 2003
タイトル: Visualizing tmRNA entry into a stalled ribosome
著者: Valle, M. / Gillet, R. / Kaur, K. / Henne, A. / Ramakrishnan, V. / Frank, J.
履歴
登録2006年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type
Remark 999SEQUENCE The deposited entry is a model to fit the cryo-EM map of tmRNA+SmpB(2) from Thermus ...SEQUENCE The deposited entry is a model to fit the cryo-EM map of tmRNA+SmpB(2) from Thermus thermophilus. The deposition includes 4 chains: chain A: tmRNA model chains B,C: SmpB (from 1P6V.pdb chain A, for SmpB from AQUIFEX AEOLICUS); chain D: helix 44 of 30S ribosomal subunit (from 1N34.pdb chain A:1406-1496. X-ray structure of 1N34 is from Thermus thermophilus). The E.coli model eschcolitm3D-model-72.pdb (http://www.ag.auburn.edu/mirror/tmRDB/rna/tmrna.html/) was used as a template to build the model by replacing several fragments which have x-ray crystal as alternatives, and by fitting all the structures into the cryo-EM maps. Nucleotide numbering in this model follows E.coli sequence. Considering the differences between tmRNA sequences from E.coli and T.thermophilus, a small number of nucleotides in the template model are not included in this model.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1310
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1311
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1310
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: transfer-messenger RNA
D: 16S ribosomal RNA
B: SsrA-binding protein
C: SsrA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,5984
ポリマ－170,5984
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: RNA鎖 transfer-messenger RNA / TmRNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 105728.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
#2: RNA鎖 16S ribosomal RNA / 16SリボソームRNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 27987.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: helix 44 of 30S ribosomal subunit
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
#3: タンパク質 SsrA-binding protein / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 18440.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
参照: UniProt: O66640*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pre-accommodated ribosomal trans-translation complex: T. thermophilus 70S-mRNA-(P-site tRNA)-tmRNA-(SmpB)2-(EF-Tu)-GDP-kirromycin
タイプ: RIBOSOME
詳細: see Experimental Procedures in Kaur et al. (PNAS). [Deposition refers to structure of tmRNA-(SmpB)2 complex derived by fitting of EM map from Kaur et al. Fitting was modified in Gillet et al.]
緩衝液名称: polimix / pH: 7.5 / 詳細: polimix
試料濃度: 32 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: This grid plus sample was kept at -80 degree C for several days before use.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE
詳細: Blot for 5 seconds before plunging. Rapid plunge freezing in liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2004年6月1日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 55000 X / 倍率（補正後）: 49000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3635 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1475 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 296 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 15 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Oモデルフィッティング
2SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: CTF correction of each defocus group reconstruction, by Wiener filtering
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: single particle reconstruction単粒子解析法 / 解像度: 13.6 Å / 粒子像の数: 52829 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.82 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
詳細: METHOD--manual fitting using stereo visualization REFINEMENT PROTOCOL--Manual
原子モデル構築PDB-ID: 1P6V

1p6v


Accession code: 1P6V / 詳細: 1P6V FOR SMPB AND TLD OF TMRNA / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数237 414 0 0 651

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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