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- EMDB-28795: Voltage-gated potassium channel Kv3.1 apo -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28795
タイトルVoltage-gated potassium channel Kv3.1 apo
マップデータ
試料
  • 複合体: potassium voltage-gated channelVoltage-gated potassium channel
    • タンパク質・ペプチド: Potassium voltage-gated channel subfamily C member 1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
  • リガンド: POTASSIUM IONカリウム
キーワードion channel (イオンチャネル) / positive modulator / voltage gated / voltage gated potassium channel / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


response to nerve growth factor / globus pallidus development / response to light intensity / response to potassium ion / response to auditory stimulus / response to fibroblast growth factor / corpus callosum development / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / Voltage gated Potassium channels ...response to nerve growth factor / globus pallidus development / response to light intensity / response to potassium ion / response to auditory stimulus / response to fibroblast growth factor / corpus callosum development / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / positive regulation of potassium ion transmembrane transport / Voltage gated Potassium channels / delayed rectifier potassium channel activity / optic nerve development / neuronal cell body membrane / voltage-gated potassium channel activity / response to amine / kinesin binding / ヘルト萼状シナプス / axolemma / axon terminus / potassium ion transmembrane transport / voltage-gated potassium channel complex / dendrite membrane / cerebellum development / protein tetramerization / protein homooligomerization / potassium ion transport / response to toxic substance / cellular response to xenobiotic stimulus / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / transmembrane transporter binding / 細胞膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv3.1 / Potassium channel, voltage dependent, Kv3 / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium voltage-gated channel subfamily C member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Chen Y / Ishchenko A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Merck & Co. 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Identification, structural, and biophysical characterization of a positive modulator of human Kv3.1 channels.
著者: Yun-Ting Chen / Mee Ra Hong / Xin-Jun Zhang / James Kostas / Yuxing Li / Richard L Kraus / Vincent P Santarelli / Deping Wang / Yacob Gomez-Llorente / Alexei Brooun / Corey Strickland / ...著者: Yun-Ting Chen / Mee Ra Hong / Xin-Jun Zhang / James Kostas / Yuxing Li / Richard L Kraus / Vincent P Santarelli / Deping Wang / Yacob Gomez-Llorente / Alexei Brooun / Corey Strickland / Stephen M Soisson / Daniel J Klein / Anthony T Ginnetti / Michael J Marino / Shawn J Stachel / Andrii Ishchenko /
要旨: Voltage-gated potassium channels (Kv) are tetrameric membrane proteins that provide a highly selective pathway for potassium ions (K) to diffuse across a hydrophobic cell membrane. These unique ...Voltage-gated potassium channels (Kv) are tetrameric membrane proteins that provide a highly selective pathway for potassium ions (K) to diffuse across a hydrophobic cell membrane. These unique voltage-gated cation channels detect changes in membrane potential and, upon activation, help to return the depolarized cell to a resting state during the repolarization stage of each action potential. The Kv3 family of potassium channels is characterized by a high activation potential and rapid kinetics, which play a crucial role for the fast-spiking neuronal phenotype. Mutations in the Kv3.1 channel have been shown to have implications in various neurological diseases like epilepsy and Alzheimer's disease. Moreover, disruptions in neuronal circuitry involving Kv3.1 have been correlated with negative symptoms of schizophrenia. Here, we report the discovery of a novel positive modulator of Kv3.1, investigate its biophysical properties, and determine the cryo-EM structure of the compound in complex with Kv3.1. Structural analysis reveals the molecular determinants of positive modulation in Kv3.1 channels by this class of compounds and provides additional opportunities for rational drug design for the treatment of associated neurological disorders.
履歴
登録2022年11月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月25日-
マップ公開2023年10月25日-
更新2023年10月25日-
現状2023年10月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28795.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28795.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.21
最小 - 最大-1.3215805 - 1.8449188
平均 (標準偏差)0.011574551 (±0.042495485)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 251.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28795_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28795_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : potassium voltage-gated channel

全体名称: potassium voltage-gated channelVoltage-gated potassium channel
要素
  • 複合体: potassium voltage-gated channelVoltage-gated potassium channel
    • タンパク質・ペプチド: Potassium voltage-gated channel subfamily C member 1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
  • リガンド: POTASSIUM IONカリウム

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超分子 #1: potassium voltage-gated channel

超分子名称: potassium voltage-gated channel / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 240 KDa

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分子 #1: Potassium voltage-gated channel subfamily C member 1

分子名称: Potassium voltage-gated channel subfamily C member 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 62.745266 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MADYKDHDGD YKDHDIDYKD DDDKLEVLFQ GPGSMGQGDE SERIVINVGG TRHQTYRSTL RTLPGTRLAW LAEPDAHSHF DYDPRADEF FFDRHPGVFA HILNYYRTGK LHCPADVCGP LYEEELAFWG IDETDVEPCC WMTYRQHRDA EEALDSFGGA P LDNSADDA ...文字列:
MADYKDHDGD YKDHDIDYKD DDDKLEVLFQ GPGSMGQGDE SERIVINVGG TRHQTYRSTL RTLPGTRLAW LAEPDAHSHF DYDPRADEF FFDRHPGVFA HILNYYRTGK LHCPADVCGP LYEEELAFWG IDETDVEPCC WMTYRQHRDA EEALDSFGGA P LDNSADDA DADGPGDSGD GEDELEMTKR LALSDSPDGR PGGFWRRWQP RIWALFEDPY SSRYARYVAF ASLFFILVSI TT FCLETHE RFNPIVNKTE IENVRNGTQV RYYREAETEA FLTYIEGVCV VWFTFEFLMR VIFCPNKVEF IKNSLNIIDF VAI LPFYLE VGLSGLSSKA AKDVLGFLRV VRFVRILRIF KLTRHFVGLR VLGHTLRAST NEFLLLIIFL ALGVLIFATM IYYA ERIGA QPNDPSASEH THFKNIPIGF WWAVVTMTTL GYGDMYPQTW SGMLVGALCA LAGVLTIAMP VPVIVNNFGM YYSLA MAKQ KLPKKKKKHI PRPPQLGSPN YCKSVVNSPH HSTQSDTCPL AQEEILEINR AGRKPLRGMS ILEVLFQG

UniProtKB: Potassium voltage-gated channel subfamily C member 1

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

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分子 #4: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 3 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 42.5 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1937733
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab-initio model from cryoSPARC
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 140000

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8f1d:
Voltage-gated potassium channel Kv3.1 apo

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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