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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2808 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of the HerA-NurA double strand break resection complex | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the HerA-NurA double strand break resection complex from Sulfolobus solfataricus | |||||||||
試料 |
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キーワード | Helicase / Nuclease / FtsK/HerA ATPase / DNA double-strand break repair / DNA resection | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nuclease activity / helicase activity / DNA helicase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sulfolobus solfataricus (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Byrne RT / Schuller JM / Unverdorben P / Foerster F / Hopfner K-P | |||||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett / 年: 2014 タイトル: Molecular architecture of the HerA-NurA DNA double-strand break resection complex. 著者: Robert Thomas Byrne / Jan Michael Schuller / Pia Unverdorben / Friedrich Förster / Karl-Peter Hopfner / 要旨: DNA double-strand breaks can be repaired by homologous recombination, during which the DNA ends are long-range resected by helicase-nuclease systems to generate 3' single strand tails. In archaea, ...DNA double-strand breaks can be repaired by homologous recombination, during which the DNA ends are long-range resected by helicase-nuclease systems to generate 3' single strand tails. In archaea, this requires the Mre11-Rad50 complex and the ATP-dependent helicase-nuclease complex HerA-NurA. We report the cryo-EM structure of Sulfolobus solfataricus HerA-NurA at 7.4Å resolution and present the pseudo-atomic model of the complex. HerA forms an ASCE hexamer that tightly interacts with a NurA dimer, with each NurA protomer binding three adjacent HerA HAS domains. Entry to NurA's nuclease active sites requires dsDNA to pass through a 23Å wide channel in the HerA hexamer. The structure suggests that HerA is a dsDNA translocase that feeds DNA into the NurA nuclease sites. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2808.map.gz | 2.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2808-v30.xml emd-2808.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2808.tif emd_2808.tif | 1 MB 1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2808 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2808 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2808_validation.pdf.gz | 226 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2808_full_validation.pdf.gz | 225.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2808_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2808 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2808 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2808.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the HerA-NurA double strand break resection complex from Sulfolobus solfataricus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.77 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HerA from Sulfolobus Solfataricus NurA from Sulfolobus Solfataricus
全体 | 名称: HerA from Sulfolobus Solfataricus NurA from Sulfolobus Solfataricus |
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要素 |
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-超分子 #1000: HerA from Sulfolobus Solfataricus NurA from Sulfolobus Solfataricus
超分子 | 名称: HerA from Sulfolobus Solfataricus NurA from Sulfolobus Solfataricus タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse 集合状態: One homohexamer of HerA binds to one homodimer of NurA Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 419 KDa / 理論値: 416 KDa / 手法: SEC-RALS |
-分子 #1: HerA
分子 | 名称: HerA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: SSO2251 / コピー数: 6 / 集合状態: homohexamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 |
分子量 | 理論値: 56 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta / 組換プラスミド: pET-Duet-1 |
配列 | UniProtKB: DNA double-strand break repair helicase HerA |
-分子 #2: NurA
分子 | 名称: NurA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: SSO2248 / コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 |
分子量 | 理論値: 39 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta / 組換プラスミド: pET-Duet-1 |
配列 | UniProtKB: DNA double-strand break repair nuclease NurA |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.05 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 100 mM NaCl, 20 mM Hepes |
グリッド | 詳細: 2:1 holey carbon grids (Quantifoil Micro Tools, Germany) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 93 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 手法: Blot for 2 seconds before plunging, wash twice with water |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF QUANTUM エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
日付 | 2014年8月22日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 863 / 平均電子線量: 25 e/Å2 詳細: Every image is the average of 20 frames recorded by the direct electron detector |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The particles were semi-manually selected in e2boxer and further processed in RELION |
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CTF補正 | 詳細: On the micrograph level |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.35 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: see detailed method in paper / 使用した粒子像数: 100000 |