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- EMDB-27152: Zebrafish MFSD2A isoform B in inward open ligand 2B conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27152
タイトルZebrafish MFSD2A isoform B in inward open ligand 2B conformation
マップデータSingle-particle cryo-EM map of MFSD2A isoform B from zebrafish with a Fab in the inward open ligand 2B conformation at an average resolution of 3.4 A, filtered to local resolution.
試料
  • 複合体: Single-particle cryo-EM map of MFSD2A isoform B from zebrafish with a Fab in the inward open ligand 2B conformation at an average resolution of 3.4 A, filtered to local resolution
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1-B
    • タンパク質・ペプチド: FAB light chainFragment antigen-binding
    • タンパク質・ペプチド: FAB heavy chainFragment antigen-binding
  • リガンド: [(2~{R})-2-oxidanyl-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-propyl] (9~{Z},12~{Z},15~{Z})-octadeca-9,12,15-trienoate
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: water水
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PC / lysophospholipid:sodium symporter activity / lysophospholipid transport / lipid transport across blood-brain barrier / organic substance transport / establishment of blood-brain barrier / symporter activity / transcytosis / carbohydrate transport / fatty acid transport ...Synthesis of PC / lysophospholipid:sodium symporter activity / lysophospholipid transport / lipid transport across blood-brain barrier / organic substance transport / establishment of blood-brain barrier / symporter activity / transcytosis / carbohydrate transport / fatty acid transport / endoplasmic reticulum membrane / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
MFS/sugar transport protein / Lactose permease-like / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1-B
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Nguyen C / Lei HT / Lai LTF / Gallentino MJ / Mu X / Matthies D / Gonen T
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41-GM136508 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)ZIA HD008998-01 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Lipid flipping in the omega-3 fatty-acid transporter.
著者: Chi Nguyen / Hsiang-Ting Lei / Louis Tung Faat Lai / Marc J Gallenito / Xuelang Mu / Doreen Matthies / Tamir Gonen /
要旨: Mfsd2a is the transporter for docosahexaenoic acid (DHA), an omega-3 fatty acid, across the blood brain barrier (BBB). Defects in Mfsd2a are linked to ailments from behavioral and motor dysfunctions ...Mfsd2a is the transporter for docosahexaenoic acid (DHA), an omega-3 fatty acid, across the blood brain barrier (BBB). Defects in Mfsd2a are linked to ailments from behavioral and motor dysfunctions to microcephaly. Mfsd2a transports long-chain unsaturated fatty-acids, including DHA and α-linolenic acid (ALA), that are attached to the zwitterionic lysophosphatidylcholine (LPC) headgroup. Even with the recently determined structures of Mfsd2a, the molecular details of how this transporter performs the energetically unfavorable task of translocating and flipping lysolipids across the lipid bilayer remains unclear. Here, we report five single-particle cryo-EM structures of Danio rerio Mfsd2a (drMfsd2a): in the inward-open conformation in the ligand-free state and displaying lipid-like densities modeled as ALA-LPC at four distinct positions. These Mfsd2a snapshots detail the flipping mechanism for lipid-LPC from outer to inner membrane leaflet and release for membrane integration on the cytoplasmic side. These results also map Mfsd2a mutants that disrupt lipid-LPC transport and are associated with disease.
履歴
登録2022年5月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月10日-
マップ公開2023年5月10日-
更新2023年5月24日-
現状2023年5月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27152.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27152.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single-particle cryo-EM map of MFSD2A isoform B from zebrafish with a Fab in the inward open ligand 2B conformation at an average resolution of 3.4 A, filtered to local resolution.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.844 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-2.2498744 - 5.2825003
平均 (標準偏差)0.0028015564 (±0.04539043)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 324.096 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Single-particle cryo-EM map of MFSD2A isoform B from...

ファイルemd_27152_additional_1.map
注釈Single-particle cryo-EM map of MFSD2A isoform B from zebrafish with a Fab in the inward open ligand 2B conformation at an average resolution of 3.4 A, unsharpened.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Single-particle cryo-EM map of MFSD2A isoform B from...

ファイルemd_27152_additional_2.map
注釈Single-particle cryo-EM map of MFSD2A isoform B from zebrafish with a Fab in the inward open ligand 2B conformation at an average resolution of 3.4 A, sharpened B-115.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Single-particle cryo-EM half map A of MFSD2A isoform...

ファイルemd_27152_half_map_1.map
注釈Single-particle cryo-EM half map A of MFSD2A isoform B from zebrafish with a Fab in the inward open ligand 2B conformation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Single-particle cryo-EM half map B of MFSD2A isoform...

ファイルemd_27152_half_map_2.map
注釈Single-particle cryo-EM half map B of MFSD2A isoform B from zebrafish with a Fab in the inward open ligand 2B conformation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Single-particle cryo-EM map of MFSD2A isoform B from zebrafish wi...

全体名称: Single-particle cryo-EM map of MFSD2A isoform B from zebrafish with a Fab in the inward open ligand 2B conformation at an average resolution of 3.4 A, filtered to local resolution
要素
  • 複合体: Single-particle cryo-EM map of MFSD2A isoform B from zebrafish with a Fab in the inward open ligand 2B conformation at an average resolution of 3.4 A, filtered to local resolution
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1-B
    • タンパク質・ペプチド: FAB light chainFragment antigen-binding
    • タンパク質・ペプチド: FAB heavy chainFragment antigen-binding
  • リガンド: [(2~{R})-2-oxidanyl-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-propyl] (9~{Z},12~{Z},15~{Z})-octadeca-9,12,15-trienoate
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: water水

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超分子 #1: Single-particle cryo-EM map of MFSD2A isoform B from zebrafish wi...

超分子名称: Single-particle cryo-EM map of MFSD2A isoform B from zebrafish with a Fab in the inward open ligand 2B conformation at an average resolution of 3.4 A, filtered to local resolution
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 56 KDa

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分子 #1: Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1-B

分子名称: Sodium-dependent lysophosphatidylcholine symporter 1-B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
分子量理論値: 56.683965 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHHHH HENLYFQGGS DEVKLAKHET KSRLSVCSKL CYAIGGAPYQ ITGCAIGFFL QIYLLDVALL DPFYASIILF VGRAWDAVT DPTVGFLVSR TPWTRFGRMM PWIVLSTPFA VLCYFLIWYV PSVDQGKVVW YLIFYCCFQT LQTCFHVPYS A LTMFISTE ...文字列:
MHHHHHHHHH HENLYFQGGS DEVKLAKHET KSRLSVCSKL CYAIGGAPYQ ITGCAIGFFL QIYLLDVALL DPFYASIILF VGRAWDAVT DPTVGFLVSR TPWTRFGRMM PWIVLSTPFA VLCYFLIWYV PSVDQGKVVW YLIFYCCFQT LQTCFHVPYS A LTMFISTE QKERDSATAY RMTVEVLGTL IGTAIQGQIV GMANAPCIST EIDLQSTGLE VAPDVQITDP HVSLQDLRNA YM IASGVIC AIYVVCAVVL FLGVKEQKDT CRVRTEPMSF FQGICMVMGH GPYAKLVMGF LFTSLAFMLL EGNFALFCIY NLG FRNDFQ NVLLVIMLSA TLAIPFWQWF LTKFGKKTAV YIGTTSVVPF LISVVLVPSS LAVTYIASFA AGVSVAAAFL LPWS MLPDV VDDFKVQNPE SQGHEAIFYS FYVFFTKFAS GVSLGVSTLS LDFAGYVTRG CTQPGEVKLT LKILVSAAPI VLIII GLLI FISYPINEEK RQGNRKLLNE QREQ

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分子 #2: FAB light chain

分子名称: FAB light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 20.674949 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: ALDINSPEAE KNAKGARARI TCNAGNQVGS AVAWFNQRPG DPASLLTYWA ATEKGVAGKQ SAQGASTKFS MSSAGPEAPS LSSYWCLLF EKGAFSFGGS KLNPREGAGP QASILPPSAD LNTSGGAAVV CFLPNWYGNI TVQWKTEAPQ SQANMSWPGQ A GANAAYAM ...文字列:
ALDINSPEAE KNAKGARARI TCNAGNQVGS AVAWFNQRPG DPASLLTYWA ATEKGVAGKQ SAQGASTKFS MSSAGPEAPS LSSYWCLLF EKGAFSFGGS KLNPREGAGP QASILPPSAD LNTSGGAAVV CFLPNWYGNI TVQWKTEAPQ SQANMSWPGQ A GANAAYAM AAVLAITKGD YGPGSFTCNA SNRGTGPFAM SLN

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分子 #3: FAB heavy chain

分子名称: FAB heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 20.568018 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: ASKLELSGPA EPRGSKSAQI TCKAKGFPEA RFWVFWLFQR AAALDWPAAN FSGGPVQFES RFQGNASLKG SQAQANAELN IGALGSSTA TYRCGWKLAN GGFFPSWGGA NVNGAAGAKA PAVYPVEISG AGTGSVTLGC LVKGYNAKPN LTWPGASGAL T FPSELNGA ...文字列:
ASKLELSGPA EPRGSKSAQI TCKAKGFPEA RFWVFWLFQR AAALDWPAAN FSGGPVQFES RFQGNASLKG SQAQANAELN IGALGSSTA TYRCGWKLAN GGFFPSWGGA NVNGAAGAKA PAVYPVEISG AGTGSVTLGC LVKGYNAKPN LTWPGASGAL T FPSELNGA LWNLASAVTG SGFPSATCAV GFGAATDVDK KVAAA

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分子 #4: [(2~{R})-2-oxidanyl-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethox...

分子名称: [(2~{R})-2-oxidanyl-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-propyl] (9~{Z},12~{Z},15~{Z})-octadeca-9,12,15-trienoate
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ZGS
分子量理論値: 518.644 Da
Chemical component information

ChemComp-ZGS:
[(2~{R})-2-oxidanyl-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-propyl] (9~{Z},12~{Z},15~{Z})-octadeca-9,12,15-trienoate / 1-α-リノレノイルリソホスファチジルコリン

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分子 #5: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 15 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 5 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
50.0 mMHEPES
150.0 mMNaCl塩化ナトリウム
0.02 %DDM

詳細: 50 mM HEPES (pH 8), 150 mM NaCl and 0.02% DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 86 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: 400-mesh 1.2/1.3 Cu grids (Quantifoil) were made hydrophilic by glow discharging for two times 60 seconds with a current of 15 mA in a PELCO easiGlow system. The cryo grids were produced ...詳細: 400-mesh 1.2/1.3 Cu grids (Quantifoil) were made hydrophilic by glow discharging for two times 60 seconds with a current of 15 mA in a PELCO easiGlow system. The cryo grids were produced using a Leica EM GP (Leica). The chamber was kept at 4 C and 95% humidity (86-91% measured). 3 microliter sample at 3 mg/ml was applied to a glow-discharged holey grid, blotted for 6 s, and plunge frozen into liquid ethane and stored in liquid nitrogen..
詳細Purified 15A9 FAB fragment was incubated overnight at 4 C with MFSD2A at a 5:1 molar ratio. DrMFSD2A-15A9 complex was injected into the size exclusion column Superdex200 to separate the unbound FAB. The size exclusion column step was also used to exchange the buffer of the MFSD2A-FAB complex into 50 mM HEPES, 150 mM NaCl and 0.02% DDM. SDS-PAGE was used to pool peak fractions containing both MFSD2A and FAB, indicating complex formation. The pooled fractions containing MFSD2A-FAB were concentrated to 3 mg/ml using Amicon spin concentrator with a 30 kDa cutoff.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細Cryo-EM grids were loaded into a 300 keV FEI Titan Krios cryo electron microscope (ThermoFisher Scientific, formerly FEI) at HHMI Janelia Reasearch Campus, Janelia Krios 1, equipped with a Cs corrector, and Gatan energy filter and K3 camera (Gatan Inc.). Movies of 50 frames with 1 e-/A2 per frame (50 e-/A2 total dose) were automatically recorded at a nominal magnification of 81,000x, corresponding to a physical pixel size of 0.844 A/px (superresolution pixel size 0.422 A/px) in CDS mode at a dose rate of 9.5 e-/px/s (~7.5 e-/px/s on the camera through the sample) and a defocus range of -0.5 to -1.8 micrometer using SerialEM. In total, 2,653 and 8,443 movies were collected in two separate imaging sessions, with the first dataset on a 400-mesh copper grid and the second on a 300-mesh UltrAuFoil gold grid.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 11096 / 平均露光時間: 3.75 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: Movies of 50 frames with 1 e-/A2 per frame (50 e-/A2 total dose) were automatically recorded at a nominal magnification of 81,000x, corresponding to a physical pixel size of 0.844 A/px ...詳細: Movies of 50 frames with 1 e-/A2 per frame (50 e-/A2 total dose) were automatically recorded at a nominal magnification of 81,000x, corresponding to a physical pixel size of 0.844 A/px (superresolution pixel size 0.422 A/px) in CDS mode at a dose rate of 9.5 e-/px/s (~7.5 e-/px/s on the camera through the sample) and a defocus range of -0.5 to -1.8 mircometer using SerialEM. In total, 2,653 and 8,443 movies were collected in two separate imaging sessions, with the first dataset on a 400-mesh copper grid and the second on a 300-mesh UltrAuFoil gold grid.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.2) / 詳細: SGD (stochastic gradient descent)
最終 3次元分類クラス数: 5 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.2)
詳細: Individual ligand densities were segmented and extracted with UCSF Chimera. Extracted ligand densities were then subtracted from the MFSD2A-FAB map, generating references with (1)3 ligands ...詳細: Individual ligand densities were segmented and extracted with UCSF Chimera. Extracted ligand densities were then subtracted from the MFSD2A-FAB map, generating references with (1)3 ligands bound, (2) no ligand bound, (3) only ligand 1 bound, (4) only ligand 2 bound, and (5) only ligand 3 bound, respectively. These maps served as references for 3D classification without alignment, with a tight mask covering ligand binding sites included. To avoid reference bias and overfitting, individual particle subsets obtained from 3D classification were subjected to ab-initio reconstruction, followed by non-uniform refinement, resulting in maps at 3.3 A, 3.4 A, 3.3 A, 3.4 A, and 3.4 A, with local resolutions to up to 2.8 A (3-ligands, lower resolution), 2.8 A (ligand-free), 2.8 A (1A), 2.9 A (2B), and 2.9 A (3C), respectively
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.2)
詳細: Individual ligand densities were segmented and extracted with UCSF Chimera. Extracted ligand densities were then subtracted from the MFSD2A-FAB map, generating references with (1)3 ligands ...詳細: Individual ligand densities were segmented and extracted with UCSF Chimera. Extracted ligand densities were then subtracted from the MFSD2A-FAB map, generating references with (1)3 ligands bound, (2) no ligand bound, (3) only ligand 1 bound, (4) only ligand 2 bound, and (5) only ligand 3 bound, respectively. These maps served as references for 3D classification without alignment, with a tight mask covering ligand binding sites included. To avoid reference bias and overfitting, individual particle subsets obtained from 3D classification were subjected to ab-initio reconstruction, followed by non-uniform refinement, resulting in maps at 3.3 A, 3.4 A, 3.3 A, 3.4 A, and 3.4 A, with local resolutions to up to 2.8 A (3-ligands, lower resolution), 2.8 A (ligand-free), 2.8 A (1A), 2.9 A (2B), and 2.9 A (3C), respectively
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.3.2) / 使用した粒子像数: 76700
詳細Movies of 50 frames with 1 e-/A2 per frame (50 e-/A2 total dose) were automatically recorded at a nominal magnification of 81,000x, corresponding to a physical pixel size of 0.844 A/px (superresolution pixel size 0.422 A/px) in CDS mode at a dose rate of 9.5 e-/px/s (~7.5 e-/px/s on the camera through the sample) and a defocus range of -0.5 to -1.8 mircometer using SerialEM. In total, 2,653 and 8,443 movies were collected in two separate imaging sessions, with the first dataset on a 400-mesh copper grid and the second on a 300-mesh UltrAuFoil gold grid.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7mjs

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8d2w:
Zebrafish MFSD2A isoform B in inward open ligand 2B conformation

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

7mjs

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 115
得られたモデル

PDB-8d2w:
Zebrafish MFSD2A isoform B in inward open ligand 2B conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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