[日本語] English
万見
- EMDB-26622: The V1 region of bovine V-ATPase in complex with human mEAK7 (foc... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26622
タイトルThe V1 region of bovine V-ATPase in complex with human mEAK7 (focused refinement)
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of the V1 region of bovine V-ATPase in complex with human mEAK7
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase catalytic subunit A
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit D
    • タンパク質・ペプチド: KIAA1609 protein, isoform CRA_a
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit E 1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit G
キーワードproton transport (プロトンポンプ) / mTOR signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


ROS and RNS production in phagocytes / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / Ion channel transport / pH reduction / cellular response to increased oxygen levels / synaptic vesicle lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / clathrin-coated vesicle membrane ...ROS and RNS production in phagocytes / Insulin receptor recycling / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / Ion channel transport / pH reduction / cellular response to increased oxygen levels / synaptic vesicle lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / clathrin-coated vesicle membrane / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / cell projection organization / vacuolar acidification / Neutrophil degranulation / 微絨毛 / ATP metabolic process / ATP合成酵素 / 小胞 / ruffle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / 繊毛 / synaptic vesicle membrane / メラノソーム / intracellular iron ion homeostasis / リソソーム / エンドソーム / apical plasma membrane / lysosomal membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
TLDc domain profile. / TLDc domain / TLD / domain in TBC and LysM domain containing proteins / ATPase, V1 complex, subunit A / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / ATPase, V1 complex, subunit B / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily ...TLDc domain profile. / TLDc domain / TLD / domain in TBC and LysM domain containing proteins / ATPase, V1 complex, subunit A / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / ATPase, V1 complex, subunit B / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / ATPase, V1 complex, subunit D / ATP synthase subunit D / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
V-type proton ATPase subunit D / KIAA1609 protein, isoform CRA_a / V-type proton ATPase subunit E 1 / V-type proton ATPase catalytic subunit A / V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-type proton ATPase subunit G 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Wang R / Li X
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM135343 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01 HL020948 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL072304 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Molecular basis of mEAK7-mediated human V-ATPase regulation.
著者: Rong Wang / Yu Qin / Xiao-Song Xie / Xiaochun Li /
要旨: The activity of V-ATPase is well-known to be regulated by reversible dissociation of its V and V domains in response to growth factor stimulation, nutrient sensing, and cellular differentiation. The ...The activity of V-ATPase is well-known to be regulated by reversible dissociation of its V and V domains in response to growth factor stimulation, nutrient sensing, and cellular differentiation. The molecular basis of its regulation by an endogenous modulator without affecting V-ATPase assembly remains unclear. Here, we discover that a lysosome-anchored protein termed (mammalian Enhancer-of-Akt-1-7 (mEAK7)) binds to intact V-ATPase. We determine cryo-EM structure of human mEAK7 in complex with human V-ATPase in native lipid-containing nanodiscs. The structure reveals that the TLDc domain of mEAK7 engages with subunits A, B, and E, while its C-terminal domain binds to subunit D, presumably blocking V-V torque transmission. Our functional studies suggest that mEAK7, which may act as a V-ATPase inhibitor, does not affect the activity of V-ATPase in vitro. However, overexpression of mEAK7 in HCT116 cells that stably express subunit a4 of V-ATPase represses the phosphorylation of ribosomal protein S6. Thus, this finding suggests that mEAK7 potentially links mTOR signaling with V-ATPase activity.
履歴
登録2022年4月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月15日-
マップ公開2022年6月15日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_26622.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26622.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.04042345 - 0.0764316
平均 (標準偏差)0.00009773329 (±0.003705038)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 398.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_26622_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_26622_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Cryo-EM structure of the V1 region of bovine V-ATPase in complex ...

全体名称: Cryo-EM structure of the V1 region of bovine V-ATPase in complex with human mEAK7
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of the V1 region of bovine V-ATPase in complex with human mEAK7
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase catalytic subunit A
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit D
    • タンパク質・ペプチド: KIAA1609 protein, isoform CRA_a
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit E 1
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
    • タンパク質・ペプチド: V-type proton ATPase subunit G

-
超分子 #1: Cryo-EM structure of the V1 region of bovine V-ATPase in complex ...

超分子名称: Cryo-EM structure of the V1 region of bovine V-ATPase in complex with human mEAK7
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

-
分子 #1: V-type proton ATPase catalytic subunit A

分子名称: V-type proton ATPase catalytic subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ATP合成酵素
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 68.420914 KDa
配列文字列: MDFSKLPKIR DEDKESTFGY VHGVSGPVVT ACDMAGAAMY ELVRVGHSEL VGEIIRLEGD MATIQVYEET SGVSVGDPVL RTGKPLSVE LGPGIMGAIF DGIQRPLSDI SSQTQSIYIP RGVNVSALSR DVKWDFTPCK NLRVGSHITG GDIYGIVNEN S LIKHKIML ...文字列:
MDFSKLPKIR DEDKESTFGY VHGVSGPVVT ACDMAGAAMY ELVRVGHSEL VGEIIRLEGD MATIQVYEET SGVSVGDPVL RTGKPLSVE LGPGIMGAIF DGIQRPLSDI SSQTQSIYIP RGVNVSALSR DVKWDFTPCK NLRVGSHITG GDIYGIVNEN S LIKHKIML PPRNRGTVTY IAPPGNYDTS DVVLELEFEG IKEKFSMVQV WPVRQVRPVT EKLPANHPLL TGQRVLDALF PC VQGGTTA IPGAFGCGKT VISQSLSKYS NSDVIIYVGC GERGNEMSEV LRDFPELTME VDGKVESIMK RTALVANTSN MPV AAREAS IYTGITLSEY FRDMGYHVSM MADSTSRWAE ALREISGRLA EMPADSGYPA YLGARLASFY ERAGRVKCLG NPER EGSVS IVGAVSPPGG DFSDPVTSAT LGIVQVFWGL DKKLAQRKHF PSVNWLISYS KYMRALDEYY DKHFTEFVPL RTKAK EILQ EEEDLAEIVQ LVGKASLAET DKITLEVAKL IKDDFLQQNG YTPYDRFCPF YKTVGMLSNM IAFYDMARRA VETTAQ SDN KITWSIIREH MGEILYKLSS MKFKDPVKDG EAKIKADYAQ LLEDMQNAFR SLED

UniProtKB: V-type proton ATPase catalytic subunit A

-
分子 #2: V-type proton ATPase subunit D

分子名称: V-type proton ATPase subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 28.297893 KDa
配列文字列: MSGKDRIEIF PSRMAQTIMK ARLKGAQTGR NLLKKKSDAL TLRFRQILKK IIETKMLMGE VMREAAFSLA EAKFTAGDFS TTVIQNVNK AQVKIRAKKD NVAGVTLPVF EHYHEGTDSY ELTGLARGGE QLAKLKRNYA KAVELLVELA SLQTSFVTLD E AIKITNRR ...文字列:
MSGKDRIEIF PSRMAQTIMK ARLKGAQTGR NLLKKKSDAL TLRFRQILKK IIETKMLMGE VMREAAFSLA EAKFTAGDFS TTVIQNVNK AQVKIRAKKD NVAGVTLPVF EHYHEGTDSY ELTGLARGGE QLAKLKRNYA KAVELLVELA SLQTSFVTLD E AIKITNRR VNAIEHVIIP RIERTLAYII TELDEREREE FYRLKKIQEK KKILKEKSDK DLEQRRAAGE VIEPANLLAE EK DEDLLFE

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit D

-
分子 #3: KIAA1609 protein, isoform CRA_a

分子名称: KIAA1609 protein, isoform CRA_a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 51.982465 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGHHHHHHGN SRSRVGRSFC SQFLPEEQAE IDQLFDALSS DKNSPNVSSK SFSLKALQNH VGEALPPEMV TRLYDGMRRV DLTGKAKGP SENVSQEQFT ASMSHLLKGN SEEKSLMIMK MISATEGPVK AREVQKFTED LVGSVVHVLS HRQELRGWTG K EAPGPNPR ...文字列:
MGHHHHHHGN SRSRVGRSFC SQFLPEEQAE IDQLFDALSS DKNSPNVSSK SFSLKALQNH VGEALPPEMV TRLYDGMRRV DLTGKAKGP SENVSQEQFT ASMSHLLKGN SEEKSLMIMK MISATEGPVK AREVQKFTED LVGSVVHVLS HRQELRGWTG K EAPGPNPR VQVLAAQLLS DMKLQDGKRL LGPQWLDYDC DRAVIEDWVF RVPHVAIFLS VVICKGFLVL CSSLDLTTLV PE RQVDQGR GFESILDVLS VMYINAQLPR EQRHRWRLLF SSELHGHSFS QLCGHITHRG PCVAVLEDHD KHVFGGFASC SWE VKPQFQ GDNRCFLFSI CPSMAVYTHT GYNDHYMYLN HGQQTIPNGL GMGGQHNYFG LWVDVDFGKG HSRAKPTCTT YNSP QLSAQ ENFQFDKMEV WAVGDPSEEQ LAKGNKSILD ADPEAQALLE ISGHSRHSEG LREVPDDE

UniProtKB: KIAA1609 protein, isoform CRA_a

-
分子 #4: V-type proton ATPase subunit E 1

分子名称: V-type proton ATPase subunit E 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 26.178371 KDa
配列文字列: MALSDADVQK QIKHMMAFIE QEANEKAEEI DAKAEEEFNI EKGRLVQTQR LKIMEYYEKK EKQIEQQKKI QMSNLMNQAR LKVLRARDD LITDLLNEAK QRLSKVVKDT TRYQVLLDGL VLQGLYQLLE PRMIVRCRKQ DFPLVKAAVQ KAIPVYKVAT K RDVDVQID ...文字列:
MALSDADVQK QIKHMMAFIE QEANEKAEEI DAKAEEEFNI EKGRLVQTQR LKIMEYYEKK EKQIEQQKKI QMSNLMNQAR LKVLRARDD LITDLLNEAK QRLSKVVKDT TRYQVLLDGL VLQGLYQLLE PRMIVRCRKQ DFPLVKAAVQ KAIPVYKVAT K RDVDVQID QEAYLPEEIA GGVEIYNGDR KIKVSNTLES RLDLIAQQMM PEVRGALFGA NANRKFLD

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit E 1

-
分子 #5: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform

分子名称: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 56.637555 KDa
配列文字列: MALRAMRGIV NGAAPELPVP TSGPLAGSRE QALAVSRNYL SQPRLTYKTV SGVNGPLVIL DHVKFPRYAE IVHLTLPDGT KRSGQVLEV SGSKAVVQVF EGTSGIDAKK TSCEFTGDIL RTPVSEDMLG RVFNGSGKPI DRGPVVLAED FLDIMGQPIN P QCRIYPEE ...文字列:
MALRAMRGIV NGAAPELPVP TSGPLAGSRE QALAVSRNYL SQPRLTYKTV SGVNGPLVIL DHVKFPRYAE IVHLTLPDGT KRSGQVLEV SGSKAVVQVF EGTSGIDAKK TSCEFTGDIL RTPVSEDMLG RVFNGSGKPI DRGPVVLAED FLDIMGQPIN P QCRIYPEE MIQTGISAID GMNSIARGQK IPIFSAAGLP HNEIAAQICR QAGLVKKSKD VVDYSEENFA IVFAAMGVNM ET ARFFKSD FEENGSMDNV CLFLNLANDP TIERIITPRL ALTTAEFLAY QCEKHVLVIL TDMSSYAEAL REVSAAREEV PGR RGFPGY MYTDLATIYE RAGRVEGRNG SITQIPILTM PNDDITHPIP DLTGYITEGQ IYVDRQLHNR QIYPPINVLP SLSR LMKSA IGEGMTRKDH ADVSNQLYAC YAIGKDVQAM KAVVGEEALT SDDLLYLEFL QKFERNFIAQ GPYENRTVYE TLDIG WQLL RIFPKEMLKR IPQSTLSEFY PRDSAKH

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform

-
分子 #6: V-type proton ATPase subunit G

分子名称: V-type proton ATPase subunit G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 13.588344 KDa
配列文字列:
MASQSQGIQQ LLQAEKRAAE KVADARKRKA RRLKQAKEEA QMEVDQYRRE REQEFQSKQQ AAMGSQGNLS AEVEQATRRQ VQGMQSSQQ RNRERVLAQL LGMVCDVRPQ VHPNYRIAA

UniProtKB: V-type proton ATPase subunit G 2

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 13841
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る