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- EMDB-22328: IgA1 Protease in complex with neutralizing mAb -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22328
タイトルIgA1 Protease in complex with neutralizing mAbIgA-specific metalloendopeptidase
マップデータIgA1 Protease with mAb
試料
  • 複合体: murine mAb in complex with Streptoccocus pneumoniae IgA1 Protease
    • 複合体: Immunoglobulin A1 protease
      • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin A1 protease
    • 複合体: mAb
      • タンパク質・ペプチド: mAB Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: mAB Heavy Chain
機能・相同性
機能・相同性情報


IgA-specific metalloendopeptidase / 細胞壁 / metalloendopeptidase activity / membrane => GO:0016020 / タンパク質分解 / zinc ion binding / extracellular region / 生体膜
類似検索 - 分子機能
GLUG / The GLUG motif / Peptidase M26, N-terminal domain / Peptidase M26, C-terminal domain / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase N-terminal region / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase C-terminal region / : / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. ...GLUG / The GLUG motif / Peptidase M26, N-terminal domain / Peptidase M26, C-terminal domain / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase N-terminal region / M26 IgA1-specific Metallo-endopeptidase C-terminal region / : / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin A1 protease / Immunoglobulin A1 protease
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Eisenmesser EZ / Zheng H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI146295 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Mechanism and inhibition of Streptococcus pneumoniae IgA1 protease.
著者: Zhiming Wang / Jeremy Rahkola / Jasmina S Redzic / Ying-Chih Chi / Norman Tran / Todd Holyoak / Hongjin Zheng / Edward Janoff / Elan Eisenmesser /
要旨: Opportunistic pathogens such as Streptococcus pneumoniae secrete a giant metalloprotease virulence factor responsible for cleaving host IgA1, yet the molecular mechanism has remained unknown since ...Opportunistic pathogens such as Streptococcus pneumoniae secrete a giant metalloprotease virulence factor responsible for cleaving host IgA1, yet the molecular mechanism has remained unknown since their discovery nearly 30 years ago despite the potential for developing vaccines that target these enzymes to block infection. Here we show through a series of cryo-electron microscopy single particle reconstructions how the Streptococcus pneumoniae IgA1 protease facilitates IgA1 substrate recognition and how this can be inhibited. Specifically, the Streptococcus pneumoniae IgA1 protease subscribes to an active-site-gated mechanism where a domain undergoes a 10.0 Å movement to facilitate cleavage. Monoclonal antibody binding inhibits this conformational change, providing a direct means to block infection at the host interface. These structural studies explain decades of biological and biochemical studies and provides a general strategy to block Streptococcus pneumoniae IgA1 protease activity to potentially prevent infection.
履歴
登録2020年7月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月9日-
マップ公開2020年12月9日-
更新2020年12月9日-
現状2020年12月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.136
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7jgj
  • 表面レベル: 0.136
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22328.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22328.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈IgA1 Protease with mAb
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.136 / ムービー #1: 0.136
最小 - 最大-0.20760721 - 0.51163584
平均 (標準偏差)0.0010482341 (±0.021387719)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ324324324
Spacing324324324
セルA=B=C: 269.568 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8320.8320.832
M x/y/z324324324
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z269.568269.568269.568
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS324324324
D min/max/mean-0.2080.5120.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : murine mAb in complex with Streptoccocus pneumoniae IgA1 Protease

全体名称: murine mAb in complex with Streptoccocus pneumoniae IgA1 Protease
要素
  • 複合体: murine mAb in complex with Streptoccocus pneumoniae IgA1 Protease
    • 複合体: Immunoglobulin A1 protease
      • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin A1 protease
    • 複合体: mAb
      • タンパク質・ペプチド: mAB Light Chain
      • タンパク質・ペプチド: mAB Heavy Chain

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超分子 #1: murine mAb in complex with Streptoccocus pneumoniae IgA1 Protease

超分子名称: murine mAb in complex with Streptoccocus pneumoniae IgA1 Protease
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Immunoglobulin A1 protease

超分子名称: Immunoglobulin A1 protease / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: mAb

超分子名称: mAb / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Immunoglobulin A1 protease

分子名称: Immunoglobulin A1 protease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
分子量理論値: 145.095812 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: TEPEKKLELR NVSDIELYSQ TNGTYRQHVS LDGIPENTDT YFVKVKSSAF KDVYIPVASI TEEKRNGQSV YKITAKAEKL QQELENKYV DNFTFYLDKK AKEENTNFTS FSNLVKAINQ NPSGTYHLAA SLNANEVELG PDERSYIKDT FTGRLIGEKD G KNYAIYNL ...文字列:
TEPEKKLELR NVSDIELYSQ TNGTYRQHVS LDGIPENTDT YFVKVKSSAF KDVYIPVASI TEEKRNGQSV YKITAKAEKL QQELENKYV DNFTFYLDKK AKEENTNFTS FSNLVKAINQ NPSGTYHLAA SLNANEVELG PDERSYIKDT FTGRLIGEKD G KNYAIYNL KKPLFENLSG ATVEKLSLKN VAISGKNDIG SLANEATNGT KIKQVHVDGV LAGERGVGGL LAKADQSSIA ES SFKGRIV NTYETTDAYN IGGLVGHLTG KNASIAKSKA TVTISSNTNR SDQTVGGLAG LVDQDAHIQN SYAEGDINNV KHF GKVAGV AGYLWDRTSG EEKHAGELTN VLSDVNVTNG NAITGYHYTG MKVANTFSSK ANRVFNVTLE KDEVVSKESF EERG TMLDA SQIVSKKAEI NPLTLPTVEP LSTSGKKDSD FSKIAHYQAN RALVYKNIEK LLPFYNKSTI VKYGNLVKEN SLLYQ KELL SAVMMKDDQV ITDIVSNKQT ANKLLLHYND HSSEKFDLKY QTDFANLAEY NLGNTGLLYT PNQFLYDRDS IVKEVL PEL QKLDYQSDAI RKTLGISPEV KLTELYLEDQ FSKTKQNLGD SLKKLLSADA GLASDNSVTR GYLVDKIKNN KEALLLG LT YLERWYNFNY GQVNVKDLVM YHPDFFGKGN TSPLDTLIEL GKSGFNNLLA KNNVDTYGIS LASQHGATDL FSTLEHYR K VFLPNTSNND WFKSETKAYI VEEKSTIEEV KTKQGLAGTK YSIGVYDRIT SATWKYRNMV LPLLTLPERS VFVISTMSS LGFGAYDRYR SSDHKAGKAL NDFVEENARE TAKRQRDHYD YWYRILDEQS REKLYRTILL YDAYKFGDDT TSGKATAEAK FDSSNPAMK NFFGPVGNKV VHNQHGAYAT GDGVYYMSYR MLDKDGAITY THEMTHDSDQ DIYLGGYGRR NGLGPEFFAK G LLQAPDQP SDATITINSI LKHSKSDSTE GSRLQVLDPT ERFQNAADLQ NYVHNMFDLI YMMEYLEGQS IVNKLSVYQK MA ALRKIEN KYVKDPADGN EVYATNVVKE LTEAEARNLN SFESLIDHNI LSAREYQSGD YERNGYYTIK LFAPIYSALS SEK GTPGDL MGRRIAYELL AAKGFKDGMV PYISNQYEED AKQQGQTINL YGKERGLVTD ELVLKKVFDG KYKTWAEFKT AMYQ ERVDQ FGNLKQVTFK DPTKPWPSYG TKTINNVDEL QALMDQAVLK DAEGPRWSNY DPEIDSAVHK LKRAIFKAYL DQTND FRSS IFENKK

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分子 #2: mAB Light Chain

分子名称: mAB Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.270615 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EEVLTQSPAI MSASPGEKVT MTCSASSSVS YIHWYQQKSN TSPKLWIYAT SKLASGVPGR FSGSGSGNSY SLTISSMEAE DVATYYCFQ GSGYPFTFGS GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK ...文字列:
EEVLTQSPAI MSASPGEKVT MTCSASSSVS YIHWYQQKSN TSPKLWIYAT SKLASGVPGR FSGSGSGNSY SLTISSMEAE DVATYYCFQ GSGYPFTFGS GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK DSTYSMSSTL TLTKDEYERH NSYTCEATHK TSTSPIVKSF NRNEC

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分子 #3: mAB Heavy Chain

分子名称: mAB Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.212004 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLQQSGPE LEKPGASMKI SCKASGYSFT GYNMNWVKQS NGKSLEWIGS IDPYTGGSNY NQKFMGKATL TVDKSSSTAY MQLKSLTSE DSAVYYCATV VGRVYAMDYW GQGTSVTVSS AKTTPPSVYP LAPGSAAQTN SMVTLGCLVK GYFPEPVTVT W NSGSLSSG ...文字列:
EVQLQQSGPE LEKPGASMKI SCKASGYSFT GYNMNWVKQS NGKSLEWIGS IDPYTGGSNY NQKFMGKATL TVDKSSSTAY MQLKSLTSE DSAVYYCATV VGRVYAMDYW GQGTSVTVSS AKTTPPSVYP LAPGSAAQTN SMVTLGCLVK GYFPEPVTVT W NSGSLSSG VHTFPAVLQS DLYTLSSSVT VPSSTWPSET VTCNVAHPAS STKVDKKIVP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 濃度: 20.0 millimolar / 構成要素 - 名称: HEPES / 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.4 150 mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / 使用した粒子像数: 64968

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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