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万見
- EMDB-1996: Bubblegrams reveal the inner body of bacteriophage phiKZ -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1996
タイトルBubblegrams reveal the inner body of bacteriophage phiKZ
マップデータThis is the inner body structure of bacteriophage phiKZ.
試料
  • 試料: phiKZ mature phage
  • ウイルス: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
キーワードinner body / core protein (カプシド) / asymmetric reconstruction / phiKZ / protein mapping
生物種Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 37.0 Å
データ登録者Wu W / Thomas JA / Cheng N / Black LW / Steven AC
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Bubblegrams reveal the inner body of bacteriophage φKZ.
著者: Weimin Wu / Julie A Thomas / Naiqian Cheng / Lindsay W Black / Alasdair C Steven /
要旨: Dense packing of macromolecules in cellular compartments and higher-order assemblies makes it difficult to pick out even quite large components in electron micrographs, despite nominally high ...Dense packing of macromolecules in cellular compartments and higher-order assemblies makes it difficult to pick out even quite large components in electron micrographs, despite nominally high resolution. Immunogold labeling and histochemical procedures offer ways to map certain components but are limited in their applicability. Here, we present a differential mapping procedure, based on the physical principle of protein's greater sensitivity to radiation damage compared with that of nucleic acid.
履歴
登録2011年11月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年1月13日-
マップ公開2012年1月13日-
更新2012年9月26日-
現状2012年9月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 750
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 750
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1996.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1996.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the inner body structure of bacteriophage phiKZ.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.026 Å
密度
表面レベル登録者による: 750.0 / ムービー #1: 750
最小 - 最大-5409.600000000000364 - 9004.459999999999127
平均 (標準偏差)10.7033 (±238.579000000000008)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-80-80-80
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 1604.16 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z10.02610.02610.026
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1604.1601604.1601604.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-80-80-80
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-5409.5959004.45910.703

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : phiKZ mature phage

全体名称: phiKZ mature phage
要素
  • 試料: phiKZ mature phage
  • ウイルス: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)

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超分子 #1000: phiKZ mature phage

超分子名称: phiKZ mature phage / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: Inner body inside the capsid surrounding by DNA
Number unique components: 5

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超分子 #1: Pseudomonas phage phiKZ

超分子名称: Pseudomonas phage phiKZ / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: phiKZ / NCBI-ID: 169683 / 生物種: Pseudomonas phage phiKZ / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: phiKZ
宿主生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 40 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 38000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 38000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: condenser and objective lens astigmatism
詳細Image pairs. First low dose image, 12 electrons per angstrom squared, then high dose to get radiation damage (same dose but longer time), dose about 5-fold of low dose.
日付2011年1月20日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 95 / 平均電子線量: 12 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16

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画像解析

CTF補正詳細: Micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 37.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN
詳細: Projection match method was used to determine the unique vertex and the orientation of tail. The inner body was solved directly from 2D data without using any initial model.
使用した粒子像数: 2775

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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