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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1917 | |||||||||
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タイトル | Intermediate binding positions of RRF and EF-G on the post-termination complex | |||||||||
マップデータ | E. coli 70S post-termination complex with bound Thermus thermophilus RRF and E. coli EF-G. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ribosome recycling factor / Elongation Factor G (EF-G) / T. thermophilus ribosome recycling factor / 70S / E. coli Post Termination Complex / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / translational elongation / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / translational termination / translation elongation factor activity / positive regulation of RNA splicing / maintenance of translational fidelity ...ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / translational elongation / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / translational termination / translation elongation factor activity / positive regulation of RNA splicing / maintenance of translational fidelity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Yokoyama T / Shaikh TR / Iwakura N / Kaji H / Kaji A / Agrawal RK | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2012 タイトル: Structural insights into initial and intermediate steps of the ribosome-recycling process. 著者: Takeshi Yokoyama / Tanvir R Shaikh / Nobuhiro Iwakura / Hideko Kaji / Akira Kaji / Rajendra K Agrawal / 要旨: The ribosome-recycling factor (RRF) and elongation factor-G (EF-G) disassemble the 70S post-termination complex (PoTC) into mRNA, tRNA, and two ribosomal subunits. We have determined cryo-electron ...The ribosome-recycling factor (RRF) and elongation factor-G (EF-G) disassemble the 70S post-termination complex (PoTC) into mRNA, tRNA, and two ribosomal subunits. We have determined cryo-electron microscopic structures of the PoTC·RRF complex, with and without EF-G. We find that domain II of RRF initially interacts with universally conserved residues of the 23S rRNA helices 43 and 95, and protein L11 within the 50S ribosomal subunit. Upon EF-G binding, both RRF and tRNA are driven towards the tRNA-exit (E) site, with a large rotational movement of domain II of RRF towards the 30S ribosomal subunit. During this intermediate step of the recycling process, domain II of RRF and domain IV of EF-G adopt hitherto unknown conformations. Furthermore, binding of EF-G to the PoTC·RRF complex reverts the ribosome from ratcheted to unratcheted state. These results suggest that (i) the ribosomal intersubunit reorganizations upon RRF binding and subsequent EF-G binding could be instrumental in destabilizing the PoTC and (ii) the modes of action of EF-G during tRNA translocation and ribosome-recycling steps are markedly different. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1917.map.gz | 1.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1917-v30.xml emd-1917.xml | 11.6 KB 11.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-1917.tif | 278.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1917 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1917 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1917.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | E. coli 70S post-termination complex with bound Thermus thermophilus RRF and E. coli EF-G. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.78 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : T. thermophilus Ribosome Recyling Factor and E. coli Elongation F...
全体 | 名称: T. thermophilus Ribosome Recyling Factor and E. coli Elongation Factor G bound to E. coli Post Termination Complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: T. thermophilus Ribosome Recyling Factor and E. coli Elongation F...
超分子 | 名称: T. thermophilus Ribosome Recyling Factor and E. coli Elongation Factor G bound to E. coli Post Termination Complex タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Trimer / Number unique components: 3 |
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分子量 | 理論値: 2.5 MDa |
-超分子 #1: 70S E. coli Post-Termination Complex
超分子 | 名称: 70S E. coli Post-Termination Complex / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 70S PoTC / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: LSU 50S, SSU 30S |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 2.5 MDa |
-分子 #1: Ribosome Recyling Factor
分子 | 名称: Ribosome Recyling Factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RRF / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) |
-分子 #2: Elongation Factor G
分子 | 名称: Elongation Factor G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: EF-G / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.08 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 50mM Tris-HCl (pH 7.5), 10mM Mg(OAc)2, 25mM KCl |
グリッド | 詳細: 300 mesh copper grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50310 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.4 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen cooled cryo holder 試料ホルダーモデル: OTHER |
温度 | 平均: 80 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective correct at 200kX mag |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 383 / ビット/ピクセル: 12 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 338823 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: 2avy |
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ソフトウェア | 名称: MDFF |
詳細 | Protocol: Flexible Fitting |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-3j0e: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: 2aw4 |
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ソフトウェア | 名称: MDFF |
詳細 | Protocol: Flexible Fitting |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-3j0e: |