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万見
- EMDB-1895: Cryo-electron Microscopy Structure of the 30S Subunit in Complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1895
タイトルCryo-electron Microscopy Structure of the 30S Subunit in Complex with the YjeQ Biogenesis Factor
マップデータYjeQ in complex with the 30S ribosomal subunit
試料
  • 試料: Escherichia coli 30S ribosomal subunit in complex with the YjeQ protein
  • 複合体: 30S ribosomal subunitProkaryotic small ribosomal subunit
  • タンパク質・ペプチド: RsgA, YjeQ
キーワードRibosome assembly (リボソーム) / 30S subunit / YjeQ protein / RsgA protein / GTPase (GTPアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability ...mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / misfolded RNA binding / transcription antitermination factor activity, RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / four-way junction DNA binding / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / DNA endonuclease activity / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / リボソーム生合成 / regulation of translation / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosome biogenesis GTPase RsgA / RsgA GTPase domain / RsgA GTPase / EngC GTPase domain profile. / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily ...Ribosome biogenesis GTPase RsgA / RsgA GTPase domain / RsgA GTPase / EngC GTPase domain profile. / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / KHドメイン / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / : / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / KHドメイン / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14 signature. / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S17, conserved site / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S19 / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S13 / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S4, conserved site / Type-2 KH domain profile. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S19 signature. / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S8
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S14 / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 ...Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / 30S ribosomal protein S14 / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit biogenesis GTPase RsgA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.5 Å
データ登録者Jomaa A / Stewart G / Mears JA / Kireeva I / Brown ED / Ortega J
引用ジャーナル: RNA / 年: 2011
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the 30S subunit in complex with the YjeQ biogenesis factor.
著者: Ahmad Jomaa / Geordie Stewart / Jason A Mears / Inga Kireeva / Eric D Brown / Joaquin Ortega /
要旨: YjeQ is a protein broadly conserved in bacteria containing an N-terminal oligonucleotide/oligosaccharide fold (OB-fold) domain, a central GTPase domain, and a C-terminal zinc-finger domain. YjeQ ...YjeQ is a protein broadly conserved in bacteria containing an N-terminal oligonucleotide/oligosaccharide fold (OB-fold) domain, a central GTPase domain, and a C-terminal zinc-finger domain. YjeQ binds tightly and stoichiometrically to the 30S subunit, which stimulates its GTPase activity by 160-fold. Despite growing evidence for the involvement of the YjeQ protein in bacterial 30S subunit assembly, the specific function and mechanism of this protein remain unclear. Here, we report the costructure of YjeQ with the 30S subunit obtained by cryo-electron microscopy. The costructure revealed that YjeQ interacts simultaneously with helix 44, the head and the platform of the 30S subunit. This binding location of YjeQ in the 30S subunit suggests a chaperone role in processing of the 3' end of the rRNA as well as in mediating the correct orientation of the main domains of the 30S subunit. In addition, the YjeQ binding site partially overlaps with the interaction site of initiation factors 2 and 3, and upon binding, YjeQ covers three inter-subunit bridges that are important for the association of the 30S and 50S subunits. Hence, our structure suggests that YjeQ may assist in ribosome maturation by preventing premature formation of the translation initiation complex and association with the 50S subunit. Together, these results support a role for YjeQ in the late stages of 30S maturation.
履歴
登録2011年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年5月27日-
マップ公開2011年10月28日-
更新2013年12月11日-
現状2013年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0088
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0088
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4a2i
  • 表面レベル: 0.0088
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

YjeQ+30S.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1895.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈YjeQ in complex with the 30S ribosomal subunit
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.54 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0088 / ムービー #1: 0.0088
最小 - 最大-0.0217409 - 0.0623605
平均 (標準偏差)0.000295723 (±0.00440148)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 325.12 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.542.542.54
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z325.120325.120325.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0220.0620.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia coli 30S ribosomal subunit in complex with the YjeQ p...

全体名称: Escherichia coli 30S ribosomal subunit in complex with the YjeQ protein
要素
  • 試料: Escherichia coli 30S ribosomal subunit in complex with the YjeQ protein
  • 複合体: 30S ribosomal subunitProkaryotic small ribosomal subunit
  • タンパク質・ペプチド: RsgA, YjeQ

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超分子 #1000: Escherichia coli 30S ribosomal subunit in complex with the YjeQ p...

超分子名称: Escherichia coli 30S ribosomal subunit in complex with the YjeQ protein
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: 30S was mixed with YjeQ in 1-to-5 molar ratio / Number unique components: 2
分子量理論値: 900 KDa

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超分子 #1: 30S ribosomal subunit

超分子名称: 30S ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 30S subunit / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: SSU 30S
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 900 KDa

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分子 #1: RsgA, YjeQ

分子名称: RsgA, YjeQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Assembly factor / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BW25113 / 細胞: Cytoplasm
分子量実験値: 39 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pDEST17-YjeQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 10 mM Tris-HCl pH 7.5, 10 mM magnesium acetate, 60 mM NH4Cl, 3 mM 2-mercaptoethanol.
グリッド詳細: 200 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Vitrification instrument: FEI Vitrobot III / 手法: Blot for 7 seconds

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2010F
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 1.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.9 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.65 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder.This holder operates in the temperature range from -175 C to ambient
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Corrected at 200000 times magnification
日付2010年5月12日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 2.54 µm / 実像数: 150 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Xmipp / 使用した粒子像数: 16228
詳細Particles were picked with Boxer.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2avy
PDB 未公開エントリ

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid Body. Each domain of YjeQ was fitted separately
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: R-factor
得られたモデル

PDB-4a2i:
Cryo-electron Microscopy Structure of the 30S Subunit in Complex with the YjeQ Biogenesis Factor

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2rcn

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid Body. Each domain of YjeQ was fitted separately
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: R-factor
得られたモデル

PDB-4a2i:
Cryo-electron Microscopy Structure of the 30S Subunit in Complex with the YjeQ Biogenesis Factor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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