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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1753 | |||||||||
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タイトル | YEAST RNA POLYMERASE III | |||||||||
マップデータ | RNA-Polymerase III in its free form | |||||||||
試料 |
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キーワード | Transcription / RNA polymerase / tRNA | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Vannini A / Ringel R / Kusser AG / Berninghausen O / Kassavetis GA / Cramer P | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2010 タイトル: Molecular basis of RNA polymerase III transcription repression by Maf1. 著者: Alessandro Vannini / Rieke Ringel / Anselm G Kusser / Otto Berninghausen / George A Kassavetis / Patrick Cramer / 要旨: RNA polymerase III (Pol III) transcribes short RNAs required for cell growth. Under stress conditions, the conserved protein Maf1 rapidly represses Pol III transcription. We report the crystal ...RNA polymerase III (Pol III) transcribes short RNAs required for cell growth. Under stress conditions, the conserved protein Maf1 rapidly represses Pol III transcription. We report the crystal structure of Maf1 and cryo-electron microscopic structures of Pol III, an active Pol III-DNA-RNA complex, and a repressive Pol III-Maf1 complex. Binding of DNA and RNA causes ordering of the Pol III-specific subcomplex C82/34/31 that is required for transcription initiation. Maf1 binds the Pol III clamp and rearranges C82/34/31 at the rim of the active center cleft. This impairs recruitment of Pol III to a complex of promoter DNA with the initiation factors Brf1 and TBP and thus prevents closed complex formation. Maf1 does however not impair binding of a DNA-RNA scaffold and RNA synthesis. These results explain how Maf1 specifically represses transcription initiation from Pol III promoters and indicate that Maf1 also prevents reinitiation by binding Pol III during transcription elongation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1753.map.gz | 2.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1753-v30.xml emd-1753.xml | 7.6 KB 7.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1753.tif | 1.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1753 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1753 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1753_validation.pdf.gz | 191.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1753_full_validation.pdf.gz | 191.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1753_validation.xml.gz | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1753 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1753 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1753.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | RNA-Polymerase III in its free form | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.31 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : RNA polymerase III
全体 | 名称: RNA polymerase III |
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要素 |
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-超分子 #1000: RNA polymerase III
超分子 | 名称: RNA polymerase III / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / 集合状態: Monomeric / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa / 手法: Native Mass Spectrometry |
-分子 #1: RNA polymerase III
分子 | 名称: RNA polymerase III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: RNA polymerase III / コピー数: 1 / 集合状態: Monomeric / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: NZ-16 / 別称: Baker's Yeast / 細胞中の位置: Nucleus |
分子量 | 実験値: 700 KDa / 理論値: 700 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 詳細: 20mM Hepes pH 7.8, 50 mM Ammonium Sulfate, 0.1 mM MgCl2, 0.01 mM ZnCl2, 5mM DTT |
グリッド | 詳細: Quantifoil R3/3 2nm carbon pre-coated holey grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 184 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot, FEI |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 20480 |
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