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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1698 | |||||||||
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タイトル | Three-dimensional structure of TspO by electron cryo-microscopy of helical crystals. | |||||||||
マップデータ | The map contains 120 Angstrom thick slab through the tube reconstruction. | |||||||||
試料 |
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キーワード | TSPO / PBR / membrane protein / helical crystal | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Korkhov VM / Sachse C / Short JM / Tate CG | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2010 タイトル: Three-dimensional structure of TspO by electron cryomicroscopy of helical crystals. 著者: Vladimir M Korkhov / Carsten Sachse / Judith M Short / Christopher G Tate / 要旨: The 18 kDa TSPO protein is a polytopic mitochondrial outer membrane protein involved in a wide range of physiological functions and pathologies, including neurodegeneration and cancer. The ...The 18 kDa TSPO protein is a polytopic mitochondrial outer membrane protein involved in a wide range of physiological functions and pathologies, including neurodegeneration and cancer. The pharmacology of TSPO has been extensively studied, but little is known about its biochemistry, oligomeric state, and structure. We have expressed, purified, and characterized a homologous protein, TspO from Rhodobacter sphaeroides, and reconstituted it as helical crystals. Using electron cryomicroscopy and single-particle helical reconstruction, we have determined a three-dimensional structure of TspO at 10 A resolution. The structure suggests that monomeric TspO comprises five transmembrane alpha helices that form a homodimer, which is consistent with the dimeric state observed in detergent solution. Furthermore, the arrangement of transmembrane domains of individual TspO subunits indicates a possibility of two substrate translocation pathways per dimer. The structure provides the first insight into the molecular architecture of TSPO/PBR protein family that will serve as a framework for future studies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1698.map.gz | 21.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1698-v30.xml emd-1698.xml | 10.8 KB 10.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1698.tif | 909.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1698 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1698 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1698_validation.pdf.gz | 227.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1698_full_validation.pdf.gz | 226.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1698_validation.xml.gz | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1698 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1698 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1698.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The map contains 120 Angstrom thick slab through the tube reconstruction. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TspO and Escherichia coli polar lipid extract
全体 | 名称: TspO and Escherichia coli polar lipid extract |
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要素 |
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-超分子 #1000: TspO and Escherichia coli polar lipid extract
超分子 | 名称: TspO and Escherichia coli polar lipid extract / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Helical / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 13.5 MDa / 理論値: 13.5 MDa |
-超分子 #1: Lipid extract
超分子 | 名称: Lipid extract / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Lipid extract / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: TspO
分子 | 名称: TspO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TspO / 集合状態: Helical / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 別称: Rhodobacter sphaeroides / 細胞中の位置: Outer membrane |
分子量 | 実験値: 18 KDa / 理論値: 18 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pUI2701 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris, 100 mM NaCl, 2 mM EDTA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 77.2 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Home built / 手法: Back-side blotting |
詳細 | Incubated and dialysed for 3 days with Escherichia coli polar lipid extract |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
日付 | 2007年5月30日 |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 6 µm / 実像数: 36 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.163 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | 2 TspO molecules within dimer are related by an additional 2-fold axis parallel to tube axis. |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 32 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 9.6 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D12 (2回x12回 2面回転対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 詳細: Imposition of 12-fold rotational symmetry |
CTF補正 | 詳細: Segment-specific CTF |
最終 角度割当 | 詳細: 2 degree increments, 0-360 degrees around helical axis, up to 12 degrees out-of-plane tilt |