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万見
- EMDB-1641: Helical reconstruction of the bacterial L-type flagella filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1641
タイトルHelical reconstruction of the bacterial L-type flagella filament
マップデータThis is a cryo-EM map of L-type flagellin including data up to 4 Angstrom resolution.
試料
  • 試料: S. enterica serovar Typhimurium L-type flagella filament
  • タンパク質・ペプチド: Flagella filament
キーワードbacterial flagellum (鞭毛)
機能・相同性
機能・相同性情報


TLR5 cascade / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / NFkB and MAPK activation mediated by TRAF6 / The IPAF inflammasome / bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Flagellin, barrel domain / Flagellin D3 / Flagellin D3 domain / Flagellin, C-terminal domain, subdomain 2 / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / フラジェリン / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region
類似検索 - ドメイン・相同性
フラジェリン
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Maki-Yonekura S / Yonekura K / Namba K
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2010
タイトル: Conformational change of flagellin for polymorphic supercoiling of the flagellar filament.
著者: Saori Maki-Yonekura / Koji Yonekura / Keiichi Namba /
要旨: The bacterial flagellar filament is a helical propeller rotated by the flagellar motor for bacterial locomotion. The filament is a supercoiled assembly of a single protein, flagellin, and is formed ...The bacterial flagellar filament is a helical propeller rotated by the flagellar motor for bacterial locomotion. The filament is a supercoiled assembly of a single protein, flagellin, and is formed by 11 protofilaments. For bacterial taxis, the reversal of motor rotation switches the supercoil between left- and right-handed, both of which arise from combinations of two distinct conformations and packing interactions of the L-type and R-type protofilaments. Here we report an atomic model of the L-type straight filament by electron cryomicroscopy and helical image analysis. Comparison with the R-type structure shows interesting features: an orientation change of the outer core domains (D1) against the inner core domains (D0) showing almost invariant orientation and packing, a conformational switching within domain D1, and the conformational flexibility of domains D0 and D1 with their spoke-like connection for tight molecular packing.
履歴
登録2009年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年1月26日-
マップ公開2011年8月19日-
更新2012年10月10日-
現状2012年10月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 550
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 550
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3a5x
  • 表面レベル: 550
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

em-1641.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1641.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 32 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a cryo-EM map of L-type flagellin including data up to 4 Angstrom resolution.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 251 pix.
= 251. Å		1 Å/pix.
x 131 pix.
= 261. Å		1 Å/pix.
x 261 pix.
= 131. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 550.0 / ムービー #1: 550
最小 - 最大-948.452999999999975 - 2134.489999999999782
平均 (標準偏差)4.55795 (±60.600900000000003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ131261251
Spacing131261251
セルA: 131 Å / B: 261 Å / C: 251 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z131261251
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z131.000261.000251.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS261131251
D min/max/mean-948.4532134.4914.558

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : S. enterica serovar Typhimurium L-type flagella filament

全体名称: S. enterica serovar Typhimurium L-type flagella filament
要素
  • 試料: S. enterica serovar Typhimurium L-type flagella filament
  • タンパク質・ペプチド: Flagella filament

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超分子 #1000: S. enterica serovar Typhimurium L-type flagella filament

超分子名称: S. enterica serovar Typhimurium L-type flagella filament
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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分子 #1: Flagella filament

分子名称: Flagella filament / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Flagella filament / 集合状態: Helical assembly / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: SJW1660
別称: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium
細胞中の位置: Outside cell

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3000SFF
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダー: Top entry / 試料ホルダーモデル: JEOL
温度平均: 4 K
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm

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画像解析

CTF補正詳細: Each filament
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Handmade

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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