[日本語] English
万見
- EMDB-1618: 3D reconstruction of heterodimeric yeast Pol alpha using electron... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1618
タイトル3D reconstruction of heterodimeric yeast Pol alpha using electron microscopy
マップデータ3D reconstruction of heterodimeric yeast Pol alpha using electron microscopy
試料
  • 試料: Yeast DNA polymerase alphaDNAポリメラーゼ
  • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alphaDNAポリメラーゼ
  • タンパク質・ペプチド: B subunit
キーワードDNA replication (DNA複製) / DNA Polymerase alpha (DNAポリメラーゼ) / Electron microscopy (電子顕微鏡)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein binding / RNA-templated DNA biosynthetic process / premeiotic DNA replication / nucleoside binding / alpha DNA polymerase:primase complex / lagging strand elongation / telomere capping / DNA synthesis involved in DNA repair / DNA replication initiation / 核膜 ...protein binding / RNA-templated DNA biosynthetic process / premeiotic DNA replication / nucleoside binding / alpha DNA polymerase:primase complex / lagging strand elongation / telomere capping / DNA synthesis involved in DNA repair / DNA replication initiation / 核膜 / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / ミトコンドリア / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal / DNA polymerase alpha, subunit B / Zinc finger, DNA-directed DNA polymerase, family B, alpha / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA-directed DNA polymerase, family B
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.9 Å
データ登録者Klinge S / Nunez-Ramirez R / Llorca O / Pellegrini L
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2009
タイトル: 3D architecture of DNA Pol alpha reveals the functional core of multi-subunit replicative polymerases.
著者: Sebastian Klinge / Rafael Núñez-Ramírez / Oscar Llorca / Luca Pellegrini /
要旨: Eukaryotic DNA replication requires the coordinated activity of the multi-subunit DNA polymerases: Pol alpha, Pol delta and Pol epsilon. The conserved catalytic and regulatory B subunits associate in ...Eukaryotic DNA replication requires the coordinated activity of the multi-subunit DNA polymerases: Pol alpha, Pol delta and Pol epsilon. The conserved catalytic and regulatory B subunits associate in a constitutive heterodimer that represents the functional core of all three replicative polymerases. Here, we combine X-ray crystallography and electron microscopy (EM) to describe subunit interaction and 3D architecture of heterodimeric yeast Pol alpha. The crystal structure of the C-terminal domain (CTD) of the catalytic subunit bound to the B subunit illustrates a conserved mechanism of accessory factor recruitment by replicative polymerases. The EM reconstructions of Pol alpha reveal a bilobal shape with separate catalytic and regulatory modules. Docking of the B-CTD complex in the EM reconstruction shows that the B subunit is tethered to the polymerase domain through a structured but flexible linker. Our combined findings provide a structural template for the common functional architecture of the three major replicative DNA polymerases.
履歴
登録2009年5月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年5月7日-
マップ公開2011年5月6日-
更新2011年5月6日-
現状2011年5月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1618.tif

emd_1618.tif

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1618.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of heterodimeric yeast Pol alpha using electron microscopy
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.8 Å/pix.
x 64 pix.
= 243.2 Å		3.8 Å/pix.
x 64 pix.
= 243.2 Å		3.8 Å/pix.
x 64 pix.
= 243.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.0982105 - 0.13849
平均 (標準偏差)0.00211433 (±0.0123166)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 243.2 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.83.83.8
M x/y/z646464
origin x/y/z-0.000-0.000-0.000
length x/y/z243.200243.200243.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-17-17-200
NX/NY/NZ123123401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-0.0980.1380.002

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Yeast DNA polymerase alpha

全体名称: Yeast DNA polymerase alphaDNAポリメラーゼ
要素
  • 試料: Yeast DNA polymerase alphaDNAポリメラーゼ
  • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase alphaDNAポリメラーゼ
  • タンパク質・ペプチド: B subunit

-
超分子 #1000: Yeast DNA polymerase alpha

超分子名称: Yeast DNA polymerase alpha / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One monomer of DNA polymerase alpha binds to a monomer of B-subunit
Number unique components: 2
分子量理論値: 185 KDa / 手法: Gel Filtration

-
分子 #1: DNA polymerase alpha

分子名称: DNA polymerase alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: DNA polymerase alpha / コピー数: 1 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 130 KDa / 理論値: 130 KDa
配列GO: alpha DNA polymerase:primase complex, ミトコンドリア, DNA binding, DNA-directed DNA polymerase activity, nucleoside binding, nucleotide binding, protein binding, DNA replication ...GO: alpha DNA polymerase:primase complex, ミトコンドリア, DNA binding, DNA-directed DNA polymerase activity, nucleoside binding, nucleotide binding, protein binding, DNA replication initiation, DNA synthesis involved in DNA repair, lagging strand elongation, premeiotic DNA replication, RNA-templated DNA biosynthetic process
InterPro: DNA-directed DNA polymerase, family B, DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain, INTERPRO: IPR017966, DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site, DNA- ...InterPro: DNA-directed DNA polymerase, family B, DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain, INTERPRO: IPR017966, DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site, DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain, INTERPRO: IPR004578, Zinc finger, DNA-directed DNA polymerase, family B, alpha

-
分子 #2: B subunit

分子名称: B subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: B subunit / コピー数: 1 / 集合状態: Dimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量実験値: 55 KDa / 理論値: 55 KDa
配列GO: alpha DNA polymerase:primase complex, 核膜, DNA binding, DNA-directed DNA polymerase activity, protein binding, DNA replication initiation, lagging strand elongation, telomere capping
InterPro: DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B, DNA polymerase alpha, subunit B, DNA polymerase alpha, subunit B, N-terminal

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 100mM TrisHCl pH 8.0, 500 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: A diluted solution of Pol alpha complex was adsorbed onto glow-discharged carbon coated grids, stained with 2% uranyl formate
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 1230
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.9 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: JEOL
温度最低: 293 K / 最高: 293 K / 平均: 293 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 120,000 times magnification
詳細Microscope used JEOL-1230
日付2009年8月20日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 170 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8

-
画像解析

CTF補正詳細: reverse phases
最終 2次元分類クラス数: 190
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN, Xmipp / 使用した粒子像数: 12913

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3flo

ソフトウェア名称: adpem
詳細Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation

-
原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2vwj

ソフトウェア名称: adpem
詳細Protocol: Rigid Body
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: cross-correlation

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る