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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1611 | |||||||||
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タイトル | 7.5 Amstrong resolution cryo-electron microscopy reconstruction of Penicillium chrysogenum virus (PcV) | |||||||||
マップデータ | Density map of Penicillium chrysogenum virus (PcV) empty capsid | |||||||||
試料 |
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キーワード | PcV / dsRNA viruses / T2 capsid / structural duplication / empty capsid | |||||||||
生物種 | Penicillium chrysogenum virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 7.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Luque D / Gonzalez JM / Garriga D / Ghabrial SA / Trus B / Verdaguer N / Carrascosa JL / Caston JR | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2010 タイトル: The T=1 capsid protein of Penicillium chrysogenum virus is formed by a repeated helix-rich core indicative of gene duplication. 著者: Daniel Luque / José M González / Damiá Garriga / Said A Ghabrial / Wendy M Havens / Benes Trus / Nuria Verdaguer / José L Carrascosa / José R Castón / 要旨: Penicillium chrysogenum virus (PcV), a member of the Chrysoviridae family, is a double-stranded RNA (dsRNA) fungal virus with a multipartite genome, with each RNA molecule encapsidated in a separate ...Penicillium chrysogenum virus (PcV), a member of the Chrysoviridae family, is a double-stranded RNA (dsRNA) fungal virus with a multipartite genome, with each RNA molecule encapsidated in a separate particle. Chrysoviruses lack an extracellular route and are transmitted during sporogenesis and cell fusion. The PcV capsid, based on a T=1 lattice containing 60 subunits of the 982-amino-acid capsid protein, remains structurally undisturbed throughout the viral cycle, participates in genome metabolism, and isolates the virus genome from host defense mechanisms. Using three-dimensional cryoelectron microscopy, we determined the structure of the PcV virion at 8.0 A resolution. The capsid protein has a high content of rod-like densities characteristic of alpha-helices, forming a repeated alpha-helical core indicative of gene duplication. Whereas the PcV capsid protein has two motifs with the same fold, most dsRNA virus capsid subunits consist of dimers of a single protein with similar folds. The spatial arrangement of the alpha-helical core resembles that found in the capsid protein of the L-A virus, a fungal totivirus with an undivided genome, suggesting a conserved basic fold. The encapsidated genome is organized in concentric shells; whereas the inner dsRNA shells are well defined, the outermost layer is dense due to numerous interactions with the inner capsid surface, specifically, six interacting areas per monomer. The outermost genome layer is arranged in an icosahedral cage, sufficiently well ordered to allow for modeling of an A-form dsRNA. The genome ordering might constitute a framework for dsRNA transcription at the capsid interior and/or have a structural role for capsid stability. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1611.map.gz | 140.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1611-v30.xml emd-1611.xml | 8.3 KB 8.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1611.gif EMD-1611.png | 119.1 KB 512.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1611 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1611 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1611_validation.pdf.gz | 293.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1611_full_validation.pdf.gz | 292.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1611_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1611 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1611 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1611.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 147.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Density map of Penicillium chrysogenum virus (PcV) empty capsid | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Penicillium chrysogenum virus (PcV) empty particles
全体 | 名称: Penicillium chrysogenum virus (PcV) empty particles |
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要素 |
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-超分子 #1000: Penicillium chrysogenum virus (PcV) empty particles
超分子 | 名称: Penicillium chrysogenum virus (PcV) empty particles / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 6.5 MDa |
-超分子 #1: Penicillium chrysogenum virus
超分子 | 名称: Penicillium chrysogenum virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: PcV / NCBI-ID: 158372 / 生物種: Penicillium chrysogenum virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: PcV |
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宿主 | 生物種: Penicillium chrysogenum (菌類) / 別称: FUNGI |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: CP / 直径: 400 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl pH 7.8, 5 mM EDTA,150 mM NaCl |
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染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Samples of empty- and full-enriched particles fractions were applied to one side of a holey carbon grid, blotted and plunged into liquid ethane |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 56 / ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT2,EM3DR2 / 使用した粒子像数: 5692 |