[日本語] English
万見
- EMDB-15607: Structure of the SFTSV L protein bound to 5' cRNA hook [5' HOOK] -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15607
タイトルStructure of the SFTSV L protein bound to 5' cRNA hook [5' HOOK]
マップデータ
試料
  • 複合体: SFTSV L protein in complex with 5' vRNA hook
    • 複合体: RNA-dependent RNA-polymerase L protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-dependent RNA-polymerase L protein
    • 複合体: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*C)-3')
      • RNA: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*C)-3')
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase L, PA-C-like domain / RNA-directed RNA polymerase L, PA-C-like domain / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Williams HM / Thorkelsson SR / Vogel D / Milewski M / Busch C / Cusack S / Grunewald K / Quemin ERJ / Rosenthal M
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
Leibniz AssociationK72/2017 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 152/772-1, 774-1, 775-1 and 776-1 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research01KI2019 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Structural insights into viral genome replication by the severe fever with thrombocytopenia syndrome virus L protein.
著者: Harry M Williams / Sigurdur R Thorkelsson / Dominik Vogel / Morlin Milewski / Carola Busch / Stephen Cusack / Kay Grünewald / Emmanuelle R J Quemin / Maria Rosenthal /
要旨: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is a phenuivirus that has rapidly become endemic in several East Asian countries. The large (L) protein of SFTSV, which includes the RNA- ...Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is a phenuivirus that has rapidly become endemic in several East Asian countries. The large (L) protein of SFTSV, which includes the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), is responsible for catalysing viral genome replication and transcription. Here, we present 5 cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the L protein in several states of the genome replication process, from pre-initiation to late-stage elongation, at a resolution of up to 2.6 Å. We identify how the L protein binds the 5' viral RNA in a hook-like conformation and show how the distal 5' and 3' RNA ends form a duplex positioning the 3' RNA terminus in the RdRp active site ready for initiation. We also observe the L protein stalled in the early and late stages of elongation with the RdRp core accommodating a 10-bp product-template duplex. This duplex ultimately splits with the template binding to a designated 3' secondary binding site. The structural data and observations are complemented by in vitro biochemical and cell-based mini-replicon assays. Altogether, our data provide novel key insights into the mechanism of viral genome replication by the SFTSV L protein and will aid drug development against segmented negative-strand RNA viruses.
履歴
登録2022年8月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月18日-
マップ公開2023年1月18日-
更新2023年3月1日-
現状2023年3月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_15607.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15607.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.006
最小 - 最大-0.02241932 - 0.044679575
平均 (標準偏差)6.700608e-06 (±0.0016077114)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15607_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_15607_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : SFTSV L protein in complex with 5' vRNA hook

全体名称: SFTSV L protein in complex with 5' vRNA hook
要素
  • 複合体: SFTSV L protein in complex with 5' vRNA hook
    • 複合体: RNA-dependent RNA-polymerase L protein
      • タンパク質・ペプチド: RNA-dependent RNA-polymerase L protein
    • 複合体: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*C)-3')
      • RNA: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*C)-3')

-
超分子 #1: SFTSV L protein in complex with 5' vRNA hook

超分子名称: SFTSV L protein in complex with 5' vRNA hook / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 238 KDa

-
超分子 #2: RNA-dependent RNA-polymerase L protein

超分子名称: RNA-dependent RNA-polymerase L protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)

-
超分子 #3: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*C)-3')

超分子名称: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*C)-3')
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)

-
分子 #1: RNA-dependent RNA-polymerase L protein

分子名称: RNA-dependent RNA-polymerase L protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA依存性RNAポリメラーゼ
由来(天然)生物種: SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)
分子量理論値: 235.6985 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNLEVLCGRI NVENGLSLGE PGLYDQIYDR PGLPDLDVTV DATGVTVDIG AVPDSASQLG SSINAGLITI QLSEAYKINH DFTFSGLSK TTDRRLSEVF PITHDGSDGM TPAVIHTRLD GTIVVVEFST TRSHNIGGLE AAYRTKIEKY RDPISRRVDI M ENPRVFFG ...文字列:
MNLEVLCGRI NVENGLSLGE PGLYDQIYDR PGLPDLDVTV DATGVTVDIG AVPDSASQLG SSINAGLITI QLSEAYKINH DFTFSGLSK TTDRRLSEVF PITHDGSDGM TPAVIHTRLD GTIVVVEFST TRSHNIGGLE AAYRTKIEKY RDPISRRVDI M ENPRVFFG VIVVSSGGVL SNMPLTQDEA EELMYRFCIA NEIYTKARSM DADIELQKSE EELEAISRAL SFFSLFEPNI ER VEGTFPN SEIKMLEQFL STPADVDFIT KTLKAKEVEA YADLCDSHYL KPEKTIQERL EINRCEAIDK TQDLLAGLHA RSN KQTSLN RGTVKLPPWL PKPSSESIDI KTDSGFGSLM DHGAYGELWA KCLLDVSLGN VEGVVSDPAK ELDIAISDDP EKDT PKEAK ITYRRFKPAL SSSARQEFSL QGVEGKKWKR MAANQKKEKE SHETLSPFLD VEDIGDFLTF NNLLTDSRYG DESIQ RAVS ILLEKASAMQ DTELTHALND SFKRNLSSNV VQWSLWVSCL AQELASALKQ HCRAGEFIIK KLKFWPIYVI IKPTKS SSH IFYSLGIRKA DVTRRLTGRV FSDTIDAGEW ELTEFKSLKT CKLTNLVNLP CTMLNSIAFW REKLGVAPWL VRKPCSE LR EQVGLTFLIS LEDKSKTEEI ITLTRYTQME GFVSPPMLPK PQKMLGKLDG PLRTKLQVYL LRKHLDCMVR IASQPFSL I PREGRVEWGG TFHAISGRST NLENMVNSWY IGYYKNKEES TELNALGEMY KKIVEMEEDK PSSPEFLGWG DTDSPKKHE FSRSFLRAAC SSLEREIAQR HGRQWKQNLE ERVLREIGTK NILDLASMKA TSNFSKDWEL YSEVQTKEYH RSKLLEKMAT LIEKGVMWY IDAVGQAWKA VLDDGCMRIC LFKKNQHGGL REIYVMDANA RLVQFGVETM ARCVCELSPH ETVANPRLKN S IIENHGLK SARSLGPGSI NINSSNDAKK WNQGHYTTKL ALVLCWFMPA KFHRFIWAAI SMFRRKKMMV DLRFLAHLSS KS ESRSSDP FREAMTDAFH GNRDVSWMDK GRTYIKTETG MMQGILHFTS SLLHSCVQSF YKSYFVSKLK EGYMGESISG VVD VIEGSD DSAIMISIRP KSDMDEVRSR FFVANLLHSV KFLNPLFGIY SSEKSTVNTV YCVEYNSEFH FHRHLVRPTL RWIA ASHQI SETEALASRQ EDYSNLLTQC LEGGASFSLT YLIQCAQLLH HYMLLGLCLH PLFGTFMGML ISDPDPALGF FLMDN PAFA GGAGFRFNLW RACKTTDLGR KYAYYFNEIQ GKTKGDEDYR ALDATSGGTL SHSVMVYWGD RKKYQALLNR MGLPED WVE QIDENPGVLY RRAANKKELL LKLAEKVHSP GVTSSLSKGH VVPRVVAAGV YLLSRHCFRF SSSIHGRGST QKASLIK LL MMSSISAMKH GGSLNPNQER MLFPQAQEYD RVCTLLEEVE HLTGKFVVRE RNIVRSRIDL FQEPVDLRCK AEDLVSEV W FGLKRTKLGP RLLKEEWDKL RASFAWLSTD PSETLRDGPF LSHVQFRNFI AHVDAKSRSV RLLGAPVKKS GGVTTISQV VRMNFFPGFS LEAEKSLDNQ ERLESISILK HVLFMVLNGP YTEEYKLEMI IEAFSTLVIP QPSEVIRKSR TMTLCLLSNY LSSRGGSIL DQIERAQSGT LGGFSKPQKT FVRPGGGVGY KGKGVWTGVM EDTHVQILID GDGTSNWLEE IRLSSDARLY D VIESIRRL CDDLGINNRV ASAYRGHCMV RLSGFKIKPA SRTDGCPVRI MERGFRIREL QNPDEVKMRV RGDILNLSVT IQ EGRVMNI LSYRPRDTDI SESAAAYLWS NRDLFSFGKK EPSCSWICLK TLDNWAWSHA SVLLANDRKT QGIDNRAMGN IFR DCLEGS LRKQGLMRSK LTEMVEKNVV PLTTQELVDI LEEDIDFSDV IAVELSEGSL DIESIFDGAP ILWSAEVEEF GEGV VAVSY SSKYYHLTLM DQAAITMCAI MGKEGCRGLL TEKRCMAAIR EQVRPFLIFL QIPEDSISWV SDQFCDSRGL DEEST IMWG

-
分子 #2: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*C)-3')

分子名称: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*C)-3')
タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: SFTS virus AH12 (重症熱性血小板減少症候群ウイルス)
分子量理論値: 6.451975 KDa
配列文字列:
ACACAGAGAC GCCCAGAUGA

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7alp

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 60000
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る