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万見
- EMDB-1069: Visualization of the domain structure of an L-type Ca2+ channel u... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1069
タイトルVisualization of the domain structure of an L-type Ca2+ channel using electron cryo-microscopy.
マップデータ3D reconstruction of the skeletal muscle dihydropyridin receptor (DHPR, L-type calcium channel) from single particle images. Low-pass filtered at 23A resolution. Ref.: J Mol Biol. 2003 Sep 5;332(1):171-82 If displayed with chimera (http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download) threshold level for published protein surface (white transparent) = 0.0626 threshold level for published core density (red) = 0.0763
試料
  • 試料: skeletal muscle dihydropyridine receptor
  • タンパク質・ペプチド: DHPR with subunits alpha1, alpha2, beta, gamma, delta
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Wolf M / Eberhart A / Glossmann H / Striessnig J / Grigorieff N
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2003
タイトル: Visualization of the domain structure of an L-type Ca2+ channel using electron cryo-microscopy.
著者: M Wolf / A Eberhart / H Glossmann / J Striessnig / N Grigorieff /
要旨: The three-dimensional structure of the skeletal muscle voltage-gated L-type calcium channel (Ca(v)1.1; dihydropyridine receptor, DHPR) was determined using electron cryo-microscopy and single- ...The three-dimensional structure of the skeletal muscle voltage-gated L-type calcium channel (Ca(v)1.1; dihydropyridine receptor, DHPR) was determined using electron cryo-microscopy and single-particle averaging. The structure shows a single channel complex with an approximate total molecular mass of 550 kDa, corresponding to the five known subunits of the DHPR, and bound detergent and lipid. Features visible in our structure together with antibody labeling of the beta and alpha(2) subunits allowed us to assign locations for four of the five subunits within the structure. The most striking feature of the structure is the extra-cellular alpha(2) subunit that protrudes from the membrane domain in close proximity to the alpha(1) subunit. The cytosolic beta subunit is located close to the membrane and adjacent to subunits alpha(1), gamma and delta. Our structure correlates well with the functional and biochemical data available for this channel and suggests a three-dimensional model for the excitation-contraction coupling complex consisting of DHPR tetrads and the calcium release channel.
履歴
登録2004年3月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2004年3月11日-
マップ公開2004年3月11日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.062
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.062
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1069.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1069.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of the skeletal muscle dihydropyridin receptor (DHPR, L-type calcium channel) from single particle images. Low-pass filtered at 23A resolution. Ref.: J Mol Biol. 2003 Sep 5;332(1):171-82 If displayed with chimera (http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download) threshold level for published protein surface (white transparent) = 0.0626 threshold level for published core density (red) = 0.0763
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.39 Å/pix.
x 128 pix.
= 433.92 Å		3.39 Å/pix.
x 128 pix.
= 433.92 Å		3.39 Å/pix.
x 128 pix.
= 433.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.39 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 0.0148 / ムービー #1: 0.062
最小 - 最大-0.0164905 - 0.0980307
平均 (標準偏差)0.0013486 (±0.00896609)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 433.92 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.393.393.39
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z433.920433.920433.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0160.0980.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : skeletal muscle dihydropyridine receptor

全体名称: skeletal muscle dihydropyridine receptor
要素
  • 試料: skeletal muscle dihydropyridine receptor
  • タンパク質・ペプチド: DHPR with subunits alpha1, alpha2, beta, gamma, delta

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超分子 #1000: skeletal muscle dihydropyridine receptor

超分子名称: skeletal muscle dihydropyridine receptor / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: channel complex is solubilized in Digitonin
集合状態: monodisperse channel-detergent complex consisting of 5 subunits
Number unique components: 1
分子量実験値: 800 KDa / 理論値: 550 KDa / 手法: gel filtration chromatography

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分子 #1: DHPR with subunits alpha1, alpha2, beta, gamma, delta

分子名称: DHPR with subunits alpha1, alpha2, beta, gamma, delta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
Name.synonym: DHPR, dihydropyridine receptor, CAv1.1, L type calcium channel
詳細: additional MW due to detergent and residual lipid; solubilized in Digitonin
コピー数: 1
集合状態: monodisperse channel detergent complex with 5 subunits
組換発現: No
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 別称: Rabbit / 組織: rabbit skeletal muscle / 細胞: animal tissue / Organelle: sarcoplasmatic reticulum / 細胞中の位置: t tubular junction
分子量実験値: 550 KDa / 理論値: 800 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.35 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 50mM Tris-HCl pH7.4, 150mM NaCl, 25uM CaCl2, 1mM Iodoacetamide, 0.1mM Benzamidine, 0.1mM PMSF, 0.1% (w/v) Digitonin.
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: 5ul sample on holey carbon grids (Quantifoil) were vitrified by plunging into liqid ethane after blotting with filter paper.
グリッド詳細: Quantifoil (R) holey carbon copper grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 20 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: custom plunger
手法: Blot 5ul sample on negative glow-discharged grids for 5-10sec with Whatman filter paper before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 90 K / 最高: 95 K / 平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: obj lens astigmatism was corrected at 270,000x magnification
日付2002年2月5日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 180 / 平均電子線量: 9 e/Å2
詳細: full scan resolution was downsampled by 3x3 pixel averaging.
Od range: 1 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 62000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: per micrograph, CTFFIT3
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: MRC, IMAGIC, FREALIGN
詳細: FREALIGN does not use class averages but performs an orientation search of each individual particle incl. CTF correction. The final map was reconstructed from contributions of 14,056 ...詳細: FREALIGN does not use class averages but performs an orientation search of each individual particle incl. CTF correction. The final map was reconstructed from contributions of 14,056 particles and sharpened with a negative temperature factor of 500. The absolute handedness of the reconstruction was not determined.
使用した粒子像数: 14056

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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